下面内容摘录自《用R探索医药数据科学》专栏文章的部分内容。栏目后续章节的文章将深入概括R语言在临床研究和新药创新领域的应用,填补了国内R教材中尚未广泛覆盖的部分内容。
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3、使用R的函数安装和查看扩展包
提醒大家,初学R语言时,常见的书写错误包括中文字符的使用、变量命名不规范和括号配对不匹配。代码中使用中文字符可能导致解析错误,因此应只使用英文字符。在变量命名时,应遵循以字母开头且可以包含字母、数字和下划线的规范,以避免潜在的错误。此外,确保每对括号都正确配对,以避免函数调用时出现语法错误。
另外,初学者也常犯语法错误、数据类型处理不当和函数参数使用错误等问题。例如,错别字或遗漏关键字会导致语法错误,混合使用不同数据类型可能导致计算错误。应熟悉R语言的基本语法规则,并确保在操作数据时使用正确的数据类型,函数调用时参数应符合函数的要求。
最后,处理NA值或缺失值以及不使用向量化操作也是常见的错误。忽略数据中的缺失值会影响计算结果,而在需要进行向量化操作时使用循环会降低代码效率。应检查并处理缺失值,并利用R语言的向量化操作来提高代码效率。
在R中,可以使用函数来安装和管理包。要第一次安装一个包,可以使用 install.packages()
函数(注意括号内需要用英文字符的双引号 " "
)。例如,要安装 ggpubr
扩展包,只需输入以下代码:
install.packages("ggpubr")
由于安装包的过程是从某个CRAN镜像站点下载并将其放入库中,安装完成后,还需要使用 library()
命令来加载这个包。加载包的代码如下:
library(ggpubr)
在执行这两个步骤之后,您就可以使用 ggpubr
扩展包的相关功能了。扩展包通常会提供示例数据和代码,帮助用户熟悉新功能。此外,包内还包含每个函数的描述以及每个数据集的信息。您可以使用以下命令来获取 ggpubr
包的简短描述,并查看包中函数和数据集的列表:
help(package = "ggpubr")
同时,您可以通过选择需要更新的包来进行升级,或者直接使用以下命令来更新特定的包:
update.packages("gtsummary")
如果在使用过程中遇到问题,可以利用R的帮助功能。调用 help.start()
函数将打开一个浏览器窗口,您可以在其中查看入门指南、高级手册、常见问题集以及其他参考材料:
help.start()
此外,在某些特殊情况下,例如由于兼容性问题,使用新版扩展包时可能会出现警告,或者新版中某些功能可能会被删除。此时,您可能需要使用旧版本的包。在更新扩展包之前,最好查看相关的更新信息,以确保新版本与您的工作环境兼容。
以下是常用命令及其用法:
# 查看所有已安装的R包
installed_packages <- installed.packages()
head(installed_packages) # 查看前几行数据
# 查看特定包的详细信息(例如ggplot2)
packageDescription("ggplot2")
# 查看所有已加载的包及其版本
sessionInfo()
# 查看R会话中所有已加载的包(不包括未加载的包)
search()
# 查看包的帮助文档(例如dplyr)
help(package = "dplyr")
# 查看包的vignette文档(例如tidyverse)
vignette(package = "tidyverse")
# 查找已安装的包的路径(例如dplyr)
find.package("dplyr")
4、同时下载多个扩展包
如果您需要同时下载多个扩展包,可以使用 c()
函数来将包名组合在一起。例如,要同时下载 ggpubr
、MASS
和 Matching
扩展包,可以使用以下代码:
install.packages(c("ggpubr", "MASS", "Matching"))
如果在RStudio界面安装或使用 install.packages()
函数时遇到“Error in install.packages: 读取链接时发生了错误”的信息,这通常是由于网络问题引起的。您可以尝试在RStudio的“Tools”选项卡中选择“Global Options”,点击“Packages”选项后,再点击“Change…”选择一个国内镜像站点来解决此问题,如下图。
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第一章:认识数据科学和R
1章1节:数据科学的发展历程,何 R 备受青睐及我们专栏的独特之处(更新20240822)-CSDN博客
1章2节:关于人工智能、机器学习、统计学连和机器学习、R 与 ChatGPT 的探究 (更新20240814)-CSDN博客
1章3节:R 语言的产生与发展轨迹(更新2024/08/14)-CSDN博客
1章4节:数据可视化, R 语言的静态绘图和 Shiny 的交互可视化演示(更新20240814)-CSDN博客
第二章:R的安装和数据读取
2章1节:R和RStudio的下载和安装(Windows 和 Mac)_rst语言选择哪个镜像-CSDN博客
2章2节:RStudio 四大区应用全解,兼谈 R 的代码规范与相关文件展示_rstudio的console和terminal-CSDN博客
2章3节:RStudio的高效使用技巧,自定义RStudio环境(更新20240823)_rstudio如何使用-CSDN博客
2章4节:用RStudio做项目管理,静态图和动态图的演示,感受ggplot2的魅力-CSDN博客
2章5节:认识和安装R的扩展包,什么是模糊搜索安装,工作目录和空间的区别与设置(更新20240807 )-CSDN博客
2章6节:R的数据集读取和利用,如何高效地直接复制黏贴数据到R(更新20240807 )_r语言 复制数据集-CSDN博客
2章7节:读写RDS,CSV,TXT,Excel,SPSS、SAS、Stata、Minitab等的数据文件(更新20240807)_r语言读取rds文件-CSDN博客
2章8节:一文学会 R Markdown 的文档核心操作,切记文末有R资源的分享_r markdown文件(.rmd)-CSDN博客
2章9节:认识R与数据库连接和网络爬虫,学会在R中使用SQL语言_sql和r语言-CSDN博客
2章10节:用 R 直接下载并分析 NHANES 数据库的数据,文末示例自创便捷下载函数(更新20240807)_nhanes数据分析-CSDN博客
第三章:认识数据
3章1节:数据的基本概念以及 R 中的数据结构、向量与矩阵的创建及运算-CSDN博客
3章2节:继续讲R的数据结构,数组、数据框和列表-CSDN博客
3章3节:R的赋值操作与算术运算_r里面的赋值-CSDN博客
第四章:数据的预处理
4章1节:全面了解 R 中的数据预处理,通过 R 基本函数实施数据查阅_r数据预处理-CSDN博客
4章2节:从排序到分组和筛选,通过 R 的 dplyr 扩展包来操作-CSDN博客
4章3节:处理医学类原始数据的重要技巧,R语言中的宽长数据转换,tidyr包的使用指南-CSDN博客
4章4节:临床数据科学中如何用R来进行缺失值的处理_临床生存分析缺失值r语言-CSDN博客
4章5节:数据科学中的缺失值的处理,删除和填补的选择,K最近邻填补法-CSDN博客
4章6节:R的多重填补法中随机回归填补法的应用,MICE包的实际应用和统计与可视化评估-CSDN博客
4章7节:用R做数据重塑,数据去重和数据的匹配-CSDN博客
4章8节:用R做数据重塑,行列命名和数据类型转换-CSDN博客
4章9节:用R做数据重塑,增加变量和赋值修改,和mutate()函数的复杂用法_r语言如何在数据集中添加变量-CSDN博客
4章10节:用R做数据重塑,变体函数应用详解和可视化的数据预处理介绍-CSDN博客
4章11节:用R做数据重塑,数据的特征缩放和特征可视化-CSDN博客
4章12节:R语言中字符串的处理,正则表达式的基础要点和特殊字符-CSDN博客
4章13节:R语言中Stringr扩展包进行字符串的查阅、大小转换和排序-CSDN博客
4章14节:R语言中字符串的处理,提取替换,分割连接和填充插值_r语言替换字符串-CSDN博客
4章15节:字符串处理,提取匹配的相关操作扩展,和Stringr包不同函数的重点介绍和举例-CSDN博客
4章16节:R 语言中日期时间数据的关键处理要点_r语言 时刻数据-CSDN博客
第五章:定量数据的统计描述
5章1节:用R语言进行定量数据的统计描述,文末有众数的自定义函数-CSDN博客
5章2节:离散趋势的描述,文末1个简单函数同时搞定20个结果-CSDN博客
5章3节:在R语言中,从实际应用的角度认识假设检验-CSDN博客
5章4节:从R语言的角度认识正态分布与正态性检验-CSDN博客
5章5节:认识方差和方差齐性检验(三种方法全覆盖)-CSDN博客
5章9节:组间差异的非参数检验,Wilcoxon秩和检验和Kruskal-Wallis检验-CSDN博客
第六章:定性数据的统计描述
6章1节:定性数据的统计描述之列联表,文末有优势比计算介绍-CSDN博客
6章2节:认识birthwt数据集,EpiDisplay和Gmodels扩展包的应用-CSDN博客
6章3节:独立性检验,卡方检验,费希尔精确概率检验和Cochran-Mantel-Haenszel检验-CSDN博客
6章4节:相关关系和连续型变量的Pearson相关分析-CSDN博客
6章5节:分类型变量的Spearman相关分析,偏相关分析和相关图分析-CSDN博客
6章6节:相关图的GGally扩展包,和制表的Tableone扩展包-CSDN博客