孟德尔随机化+肠道菌群联合

今天给同学们分享一篇肠道菌群+孟德尔随机化的生信文章“No Evidence of a Genetic Causal Relationship between Ankylosing Spondylitis and Gut Microbiota: A Two-Sample Mendelian Randomization Study”，这篇文章于2023年2月20日发表在Nutrients期刊上，影响因子为5.9。

强直性脊柱炎（AS）与多种肠道微生物有关。作者旨在从基因层面分析两者之间的因果关系。研究方法孟德尔随机化（Mendelian randomization，MR）是工具变量（IVs）分析的一种；MR遵循 "亲代等位基因随机分配给子代 "的孟德尔遗传规则，以遗传变异为IVs，推断观察性研究中暴露因素与研究结果之间的因果关系。

1. IV 选择

通过筛选与暴露相关的 SNPs 并剔除 LD，作者得到了与 Bacteroides 相关的 12 个 SNPs、与链球菌相关的 17 个 SNPs、与变形菌相关的 14 个 SNPs 和与 Lachnospiraceae 相关的 19 个 SNPs。作者进一步确定了 12 个乳酸菌和强直性脊柱炎共有的 SNPs，并排除了一个与强直性脊柱炎相关的 SNPs（rs28757219），没有混杂 SNPs，11 个 SNPs 被用作 IV（F 统计量大于 10），并且有两个 palindromic SNPs（rs2366421、rs495004）。作者进一步发现了链球菌和强直性脊柱炎共有的 16 个 SNPs，其中没有与强直性脊柱炎或混杂因素相关的 SNPs，这 16 个 SNPs 被用作 IV（F 统计量大于 10），并且有两个 palindromic SNPs（rs395407、rs6563952）。作者进一步发现了 14 个蛋白细菌和强直性脊柱炎共有的 SNPs，没有 SNPs 与强直性脊柱炎或混杂因素相关，这 14 个 SNPs 被用作 IV（F 统计量 > 10），有两个 pal