9+代谢+分型，基于代谢通路对肝癌进行分型从而开展实验。

今天给同学们分享一篇代谢+分型的生信文章“Bulk and single-cell transcriptome profiling reveal extracellular matrix mechanical regulation of lipid metabolism reprograming through YAP/TEAD4/ACADL axis in hepatocellular carcinoma”，这篇文章于2023年04月09日发表在Int J Biol Sci期刊上，影响因子为9.2。

肝细胞癌（HCC）是全球第三大癌症相关死亡原因。这种令人沮丧的结果被归因于HCC患者在晚期被诊断和转移的高频率。即使在可切除的HCC患者中（大多数属于早期），高达70%的患者在切除后也会经历肝内或肝外复发性转移。作为一种高度异质性的肿瘤，尽管已经确定了一些导致HCC进展的调节因子，但HCC细胞快速增殖和转移的分子机制在很大程度上是未知的。迫切需要更全面地了解HCC细胞增殖失调的分子机制，这有助于改进治疗策略。

1. 大量转录组分析揭示HCC代谢失调

为了研究HCC代谢重编程背后的机制，作者从京都基因和基因组百科全书（KEGG）数据库中选择了2886个与86种代谢途径相关的人类基因。为了揭示肝癌的代谢异质性，作者基于基因集变异分析（GSVA）估计了癌症基因组图谱（TCGA）队列中每个样本中74条代谢途径的富集分数，其中12条因样本量相对较低而被筛选出。基于层次亚型结果，发现TCGA数据集的三亚型解决方案是最优的，并拟合在亚型模型中。根据74种代谢途径的富集评分，将所有374种HCC肿瘤分为三种异质性亚型（图1A-E）。亚型1（占所有肿瘤的34.5%，n=129）的特征是聚糖代谢途径相对上调，包括n-甘氨酸生物合成、O-甘氨酸生物合成和硫酸软骨素生物合成，这些途径都与细胞外基质（ECM）的产生有关，但三种主要营养素（碳水化合物、脂质和氨基酸）代谢途径下调。亚型3（占所有肿瘤的34.2%，n=128）的特征是脂质、氨基酸和碳水化合物代谢途径显著上调，包括脂肪酸降解、精氨酸生物合成、组氨酸代谢和丙酮酸代谢。亚型2（占所有肿瘤的31.3%，n=117）的特征是每个主要类别的联合失调。使用GSE14520和ICGC数据库的数据，在外部独立队列中观察到类似的模式。肿瘤纯度被认为是异质性研究中的一个常见因素，因为肿瘤纯度的变化可能导致对异质性的偏差估计。使用“Estimate”R软件包进行肿瘤纯度分析。三个亚型的肿瘤纯度没有统计学上的显著差异。主成分分析（PCA）显示存在三个不同的转录组亚型（图1D）。此外，这三种亚型表现出不同的临床特征。

值得注意的是，亚型3的大多数患者是男性（p＜0.001），老年患者的比例更高（p＜0.05）。亚型1的患者肿瘤分级百分比更高（p＜0.001）和临床分期更晚期（p＜0.05），亚型1的总生存率（OS）（p<0.01）和无病生存率（DFS）（p<0.01（图1F、1F、G）。此外，作者接下来进行了GSVA，以找出每个亚型的Hallmark基因集的生物学过程和途径的动力学。GSVA/特征信号通路分析显示亚型1中wntβ-catenin信号、TGF-β信号和PI3K/Akt-mTOR信号显著上调，表明多种癌症相关通路被激活。

总之，作者的研究结果表明，HCC的代谢异质性分为三种代谢表型。通过不同的分析方法，发现ECM受体相关途径在亚型1中显著富集，脂肪酸代谢途径下调。总的来说，脂肪酸代谢的下调与肿瘤的侵袭性相关。