铜死亡+铁死亡，搭配WGCNA+单细胞+分型+实验

今天给同学们分享一篇铜死亡+铁死亡+WGCNA+单细胞+分型+实验的生信文章“Cross-talk between cuproptosis and ferroptosis regulators defines the tumor microenvironment for the prediction of prognosis and therapies in lung adenocarcinoma”，这篇文章于2023年1月17日发表在Front Immunol期刊上，影响因子为7.3。

铜死亡是一种新发现的程序性细胞死亡形式，在肿瘤发生中起着重要作用。然而，铜死亡与铁死亡之间的相互关系尚不清楚。在作者的研究中，作者探索了来自癌症基因组图谱（TCGA）和基因表达数据库（GEO）的1162个肺腺癌（LUAD）样本中的基因组改变，全面评估了铜死亡调节因子。

1. LUAD中的铜死亡调节因子的遗传和转录改变

这项研究的工作流程如图1所示。作者的研究分析了14个铜死亡调节因子。为了揭示铜死亡调节因子的遗传变异，作者简要概述了恶性肿瘤中非沉默性体细胞突变的发生情况。在TCGA的UCEC、BLCA和CESC队列中，铜死亡调节因子的突变发生率适中，但在UVM中较低。在561个LUAD样本中，67个（11.94%）携带了铜死亡调节因子的突变（图2A）。最高的突变频率出现在ATP7A（4%）和ATP7B（3%），而LIAS、LIPT1、GCSH、PDHB、LIPT2和SLC31A1没有发现突变。GCSH、ATP7B、DBT、ATP7A和DLST之间存在显著的突变共存。然而，在TCGA-LUAD队列中，患者是否携带突变与生存差异无关。作者检测了铜死亡调节因子的染色体位置，如图2B所示。在TCGA-LUAD队列中，作者分析了铜死亡调节因子在癌旁非肿瘤组织和LUAD样本中的mRNA表达（图2C）。在非小细胞肺癌（A549）和正常肺上皮细胞（BEAS-2B）中分析了铜死亡调节因子的表达（图2D）。此外，通过CNV改变频率的研究发现，在LIPT2、SLC31A1和DLD中存在高频率的CNV增益。为了发现遗传变异与mRNA表达之间的关系，作者发现CNV增益的LIAS表现出高的mRNA表达（图2C）。有趣的是，CNV损失频率较高的DBT和FDX1表达也较高。

图1 工作流程

图2 LUAD中铜死亡调节因子的遗传和表达变异景观

单细胞组织分析已成为评估恶性肿瘤中不同细胞类型临床相关性的重要工具。经过质量控制，作者分析了来自11个LUAD和11个非肿瘤样本的208,506个细胞的全转录组数据库。根据细胞特异性标记物，作者确定了8种细胞类型，包括肺泡细胞、B细胞、癌细胞、成纤维细胞、髓系细胞、T细胞、内皮细胞和肥大细胞（图2E）。所有的肿瘤细胞都来自肿瘤样本（图2F、G）。值得注意的是，T细胞在正常组织和癌组织样本中占所有细胞亚群的最大比例（图2G）。根据scRNA-seq的分析，FDX1、DLD和SLC31A1在非肿瘤组织中的表达要比肿瘤组织高得多，这与作者从大规模测序分析中的发现一致（图2H）。单变量Cox回归分析