《 Molecular cancer 》重磅开拓 RNA-seq研究新视野 —— emRNA

最新推荐文章于 2024-10-10 17:19:26 发布

爱博泰克生命科学

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分类专栏：生命科学生物研究医学研究文章标签：科技安全健康医疗

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导读

外泌体 RNA（exosomal，exRNA） 能够介导细胞间通讯，并作为生物标志物和治疗剂应用于临床，在癌症研究展现出广阔前景。

近年来，肿瘤循环 miRNA 标志物的研究如火如荼，但由于外泌体 mRNA（exosomal messenger RNA，emRNA）存在形式的不确定性，增加了 emRNA 研究的难度，使得目前 emRNA 的报道知之甚少。

去年，第二军医大学长海医院在 《Molecular Cancer》 IF 41.44 发表 “  Circulating exosomal mRNA profiling identifies novel signatures for the detection of prostate cancer ” ，通过 mRNA-seq 对前列腺癌（ Prostate cancer，Pca ）诊断的新型非侵入性生物标志物。研究建立了一种新的 emRNA 研究策略，为液体活检相关 emRNA 表达谱进行检测，并最终确定 6 个 emRNA 作为用于 PCa 诊断的新型非侵入性生物标志物。研究建立了一种新的 emRNA 研究策略，为液体活检研究提供了一种新的思路。

（DOI: 10.1186/s12943-021-01349-z）

研究策略

图1 研究思路

样本类型：血浆外泌体、组织

检测平台：mRNA-seq

检测策略：

1、IGV 比对组织和外周血外泌体 mRNA-seq 测序数据中 reads 的覆盖度，确定变异丰度；

2、针对候选 mRNA 外显子区设计多对引物，挑选 RT-PCR 验证中具有特异性条带的引物，由于后续 emRNA靶向验证引物。

结果展示

图2  emRNA 验证流程（左）和诊断模型 ROC曲线 （右）

研究通过 mRNA-seq 检测了 31 例 PCa 患者和 17 例良性前列腺增生（ BHP ）个体外周血来源的 emRNA 表达情况。与组织 mRNA 表达谱相比，两组数据显示出良好的一致性。

研究使用 mRNA-seq 平台对 emRNA 前期筛选发现，与 BHP 组相比， PCa 组中共找到 281 个显著上调的 emRNA （p<0.05，FC>2），经 LASSO 回归进一步筛选共得到 9 个 emRNA，以及另 4 个上调的emRNA，用于后续验证。

使用 qPR-PCR 对上述得到的 13 个 emRNA 扩大样本验证。首先，在 10 对 PCa 和 BHP样本中对 13 个 emRNA 进行 qRT-PCR 初步验证，排除了3个与RNA-seq不一致的emRNA（ TXK、ATM 和 TOX4 ）。接着，在 76 例 PCa 患者和 84 例 BHP 样本中对剩余10个emRNA进行进一步qRT-PCR验证，结果发现其中有4个 emRNA （STK4、GRK5、RASSF5 和 FAM228B ）的表达在两组中并未检测到差异，进一步排除。

最后，对剩余6个emRNA（CDC42、IL32、MAX、NCF2、PDGFA 和 SRSF2 ）在 141 例 PCa 患者和 170 例BHP 样本以及 30 例正常人中进一步验证，结果发现这 6个 emRNA无论相对于 BHP 组还是正常组，PCa 组中表达均显著上调（ p = 10-4 ）。使用多因素逻辑回归对 6 个 emRNA 联合建模，该模型区分 PCa 患者和正常人（ AUC = 0.948 ）以及 PCa 患者和 BPH 患者（ AUC = 0.851 ）都展示出优异的诊断性能。

ABclonal

公司简介

爱博泰克生物科技有限公司（ABclonal Technology Co.,Ltd.）成立于2011年，作为生命科学解决方案的提供商，旨在为更多的科研工作者、IVD企业、新技术开发企业提供抗体、酶、NGS产品和蛋白制品等全套解决方案。

ABclonal现有波士顿抗体与蛋白研发中心、上海诊断与科研分子酶产品研发基地以及中国武汉光谷诊断与科研免疫产品生产和研发基地。经过多年的深耕与发展，ABclonal已拥有免疫与分子酶两大技术平台，集新型分子酶、全领域应用NGS建库解决方案、新平台单克隆抗体与高活性蛋白制品的研发与生产于一体。ABclonal致力成为产业科研转化的核心企业，向生命科学研究工作者和应用企业提供全套可靠的技术解决方案。