接头大爆炸 你的接头够用了吗?

导读


接头是构建下一代测序(Next-generation sequencing)文库不可或缺的部分。以Illumina测序平台为例,接头需包含P5和P7序列、Rd1 SP和Rd2 SP以及Index序列。Index序列是用以区分样本的标签序列,它的存在可允许单次测序或单个Flow Cell通道中混合多个样本。


下一次测序技术的发展,使得测序成本平民化,测序通量也得到了极大的提升。Illumina公司的NovaSeq 6000 S4测序芯片可以在约44 h时间内产出2400–3000 Gb的数据;华大公司的DNBSEQ-T7测序平台更是可以在24-30 h时间内产出最高6 T的的测序数据!


为了更快的服务周期和更低的测序成本,测序服务商多采用混样测序的方式,将含有不同Index的样本文库进行混合后在同一Lane中进行测序,并在得到测序数据后按照Index序列的不同进行数据的拆分。Index序列的种类和质量在这一过程中就显得尤为重要!


2017年Illumina公司公布了名为“Effects of Index Misassignment on Multiplexing and Downstream Analysis“的数据分析文章,指出了旗下的数款测序仪(Patterned Flow Cell)存在较为严重的Index Hopping,也称“标签跳跃”[1]。相同的测序Lane中,混样的数量越多,Index的种类越多,发生Index Hopping的可能性就越大。


对此,Illumina公司推荐使用“唯一双标签UDI(Unique Dual Index)”的策略来解决这种主要由于文库中游离的接头或引物残留导致的平台测序问题。


在唯一双标签的测序策略下,每一个i5和i7都是独特的,不重复的标签序列。这种成组标签的设计可以有效缓解标签错误分配。而华大公司基于DNB的NGS应用仅使用单个Index就可以实现0.0001%至0.0004%低样本错误分配率


一边是测序通量的提高带来的Index数量压力,一边则是不得不考虑的混样数量过多带来的标签错配,如何协调两方面的平衡,是获取高质量测序数据的阿喀琉斯之踵!ABclonal针对Illumina测序平台,最新推出384种 Unique Dual Index Adapters,可以同时平衡客户的测序通量和标签错配问题。

Unique Dual Index Adapter Plate for Illumina试剂盒有以下亮点


1、试剂盒中的接头为全长型接头,接头在P5和P7双端带有Index序列;

2、P5和P7双端带有的Index序列为Unique Dual Index,Index唯一配对;

3、接头试剂盒首次使用微孔板包装形式,可以直接与自动化设备搭配使用。


384 Unique Dual Index Adapters试剂盒在文库构建上表现出优异的性能。在相同DNA Input和扩增循环数条件下,384种Unique Dual Index Adapters在文库产量上的表现差异较小,具有较好的均一性。


此外,所有的Unique Dual Index Adapter均通过一代测序验证与二代测序的上机拆分测试,保证结果的准确性与可靠性。


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图解:Unique Dual Index Adapter Plate for Illumina试剂盒优秀的文库构建性能。字母A-H代表微孔板上的横排排序,如RK21706中A组数据即代表RK21706接头板A横排12种接头文库构建结果中文库浓度的平均值与标准差。


Unique Dual Index Adapter Plate for Illumin 接头试剂盒目前已全线上架,试用与购买请咨询ABclonal销售。

同时,MGI测序平台384 UDI 接头试剂Truncated DNA Adapter (UDI) Plate for MGI 即将上线,敬请期待!


产品订购信息

Unique Dual Index Adapter Plate for Illumin

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Truncated DNA Adapter (UDI) Plate for MGI 

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ABclonal


公司简介

爱博泰克生物科技有限公司(ABclonal Technology Co.,Ltd.)成立于2011年,作为生命科学解决方案的提供商,旨在为更多的科研工作者、IVD企业、新技术开发企业提供抗体、酶、NGS产品和蛋白制品等全套解决方案。


ABclonal现有波士顿抗体与蛋白研发中心、上海诊断与科研分子酶产品研发基地以及中国武汉光谷诊断与科研免疫产品生产和研发基地。经过多年的深耕与发展,ABclonal已拥有免疫与分子酶两大技术平台,集新型分子酶、全领域应用NGS建库解决方案、新平台单克隆抗体与高活性蛋白制品的研发与生产于一体。ABclonal致力成为产业科研转化的核心企业,向生命科学研究工作者和应用企业提供全套可靠的技术解决方案。



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提供的源码资源涵盖了安卓应用、小程序、Python应用和Java应用等多个领域,每个领域都包含了丰富的实例和项目。这些源码都是基于各自平台的最新技术和标准编写,确保了在对应环境下能够无缝运行。同时,源码中配备了详细的注释和文档,帮助用户快速理解代码结构和实现逻辑。 适用人群: 这些源码资源特别适合大学生群体。无论你是计算机相关专业的学生,还是对其他领域编程感兴趣的学生,这些资源都能为你提供宝贵的学习和实践机会。通过学习和运行这些源码,你可以掌握各平台开发的基础知识,提升编程能力和项目实战经验。 使用场景及目标: 在学习阶段,你可以利用这些源码资源进行课程实践、课外项目或毕业设计。通过分析和运行源码,你将深入了解各平台开发的技术细节和最佳实践,逐步培养起自己的项目开发和问题解决能力。此外,在求职或创业过程中,具备跨平台开发能力的大学生将更具竞争力。 其他说明: 为了确保源码资源的可运行性和易用性,特别注意了以下几点:首先,每份源码都提供了详细的运行环境和依赖说明,确保用户能够轻松搭建起开发环境;其次,源码中的注释和文档都非常完善,方便用户快速上手和理解代码;最后,我会定期更新这些源码资源,以适应各平台技术的最新发展和市场需求。

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