PSI-BLAST的安装和运行

PSI-BLAST 介绍

• 基本定义：PSI-BLAST 全称为 Position-Specific Iterated BLAST（位点特异性迭代 BLAST）。它是一种对蛋白质序列进行相似性搜索的生物信息学工具，是 BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）算法的改进版本。
• 工作原理：
  • 初始搜索：首先进行一次标准的 BLASTP 搜索，从蛋白质数据库中找到与查询序列相似的序列，形成一个初始的比对结果。
  • 构建位置特异性矩阵（PSSM）：根据初始比对结果，PSI-BLAST 会构建一个位置特异性矩阵。这个矩阵记录了每个位置上不同氨基酸出现的频率和概率信息，反映了在已知相似序列的背景下，每个位置对不同氨基酸的偏好性。
  • 迭代搜索：使用构建好的位置特异性矩阵，再次对蛋白质数据库进行搜索。这次搜索会更加关注与位置特异性矩阵相匹配的序列，从而能够发现一些在初始搜索中可能被忽略的、与查询序列较远的同源序列。经过多次迭代，不断更新位置特异性矩阵，提高搜索的灵敏度和准确性。
• 主要应用：
  • 发现远缘同源蛋白：对于研究蛋白质的进化关系、功能预测等方面非常有帮助。例如，在研究一个新发现的蛋白质时，通过 PSI-BLAST 可以找到与其具有远缘同源关系的其他蛋白质，从而推测该蛋白质的功能和可能的生物学作用。
  • 蛋白质家族分析&