Affymetrix基因芯片小总结

基因芯片的分类

基因芯片按领域分类主要可以分为：

• 基因组研究的SNP和CNV芯片
• mRNA表达研究的基因表达谱芯片
• microRNA芯片和LncRNA芯片
• DNA甲基化芯片

在SNP芯片领域，Illumina公司凭借GoldenGate技术和infinium技术占主要地位。Affymetrix尽管也有SNP芯片，但是仍无法和Illumina公司相比。
基因表达谱芯片领域，Affymetrix公司的芯片最为著名，Agilent和Illumina公司的芯片也很好。

Affymetrix公司是什么公司？发展历程？它有哪些芯片？这些芯片有什么特色？芯片下机格式，如何处理？

1.公司的历史

Affymetrix公司是一家生产DNA微阵列的美国公司;总部设在美国加州圣克拉拉。该公司于2016年3月被Thermo Fisher Scientific（赛默菲）收购
Affymetrix公司的前身是Affymax N.V公司的一个部门，这个部门由Stephen Fodor博士团队领导。1992年，Stephen Fodor博士独立出来建立公司，并命名为Affymetrix。1994年的时候，Affy发布了它们的第一款产品—HIV基因分型芯片。并且在1996年成功上市纽约。由于其开创性的工作和随后流行的微阵列产品，Affymetrix在基因芯片这一领域有很高的地位。
Affymetrix公司由于在不断壮大，所以它也在不停的收购其它公司。
1999年，收购了Genetic MicroSystems公司， for slide-based microarrays and scanners
2000年，收购了Neomorphic公司，for bioinformatics
2008年，收购了ParAllele Bioscienc公司，for custom SNP genotyping, USB/Anatrace for biochemical reagents
此外还不停的收购了eBioscience公司（流式细胞技术）， Panomics公司和True Materials公司 to expand its offering of low to mid-plex applications 等等
直到2016年，Affymetrix被Thermo Fisher Scientific公司以13亿美元收购。

2.Affymetrix公司的芯片技术

Affymetrix公司的基因表达谱芯片是最著名的。
它的表达芯片分为传统的In Vitro Transcription芯片（IVT）和新一代的Whole Transcription 芯片（WT）
传统IVT芯片比较经典的是Human U133 , Mouse U430，Rat U230 以及 PrimeView&Almac Xcel （价格经济）芯片

新一代WT芯片主要有Human/Rat/Mouse Gene 1.0 ST （基因），Human/Rat/Mouse Exon 1.0 ST（外显子），HTA 2.0

3.Affymetrix基因表达谱芯片技术的原理

https://wenku.baidu.com/view/ba39fb21773231126edb6f1aff00bed5b8f37370.html
这个连接讲的通俗易懂很明白了

4.对Affymetrix的这几种基因表达谱芯片进行比较

U133 最经典，但是相对旧，无价格优势，不做推荐
新一代WT芯片的优势：

• 它可以覆盖转录本上更多的区域，实验结果的代表性会更强
• 它可以针对因为可变剪切所形成的不同转录本，分别设计探针，这样就可以知道不同转录本的表达量的变化了
• WT芯片可以检测LncRNA
• 其中，Gene系列 比较基本，满足一般表达量检测需求；Exon系列 全面，精确表达量检测；HTA2 最佳，最全&最精确表达量；EG1.0 最佳，唯一能够获得转录本表达量

5.Affymetrix芯片数据的处理方法

我们通过芯片实验获取数据需要两个步骤：

• 第一步由扫描设备对芯片进行扫描，得到荧光信号图像文件（DAT文件）
• 第二步由系统自带的图形处理软件进行一系列图形处理与识别，从芯片图像中提取数据，得到CEL文件

几个概念
探针组（probe set）:来自于同一个基因的探针对的集合。一个基因通常由11对或20对探针组成。
CEL文件：存储每个探针的信号值和定位信息的文件。
CDF文件：基因芯片探针排布的信息（哪个探针来自哪个探针组）
Probe文件：提供探针的序列信息

Affymetrix芯片原始数据最常用格式为CEL格式，这是我们处理芯片数据的出发点。因为Affymetrix公司的芯片分为传统的IVT芯片和新一代的WT芯片，所以针对这两种芯片平台产生的数据，我们需要用不同的R包来进行读取。旧版芯片用affy包读取CEL文件数据，新版芯片用oligo包读取CEL文件数据。

读取和数据预处理方式参考：http://www.bio-info-trainee.com/1586.html ； http://www.bio-info-trainee.com/1580.html ； https://www.jianshu.com/p/fb4217512ec0

更多参考资料

• Affy的HG-U133 Plus 2.0可以 test LncRNA
  https://www.biostars.org/p/200896/ Biostar对此问题问答

• https://wenku.baidu.com/view/b946989151e79b896802263d.html 百度文库-基因芯片大攻略

• https://wenku.baidu.com/view/ba39fb21773231126edb6f1aff00bed5b8f37370.html 百度文库-三大公司基因芯片介绍

• https://wenku.baidu.com/view/506f0b9af021dd36a32d7375a417866fb84ac020.html 百度文库ppt Affymetrix芯片介绍