WES流程-系列一

最新推荐文章于 2023-02-12 21:07:31 发布
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分类专栏： 生物信息分析 回顾
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本文链接：https://blog.csdn.net/Cassiel60/article/details/89677084
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这篇博客主要介绍了使用GATK进行WES/WGS分析的流程，包括软件安装、数据库下载以及GATK VQSR模型训练参数的设置。涉及到的工具有trimmomatic、bwa、samtools等，并提供了相关资源链接。
摘要由CSDN通过智能技术生成

目前分析WES/WGS的软件已经很多了，这次主要写GATK，和samtools mpileup 和bcftools call 流程。

1,需要安装的软件

trimmomatic,bwa,samtools,gatk bcftools ,vcftools,snpeff,multiqc,qualimap 等

2.数据库的下载

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

参考：https://www.jianshu.com/p/49d035b121b8

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxOTUxOTM0Nw==&mid=2649798570&idx=1&sn=9445ed66605c8c62595458fa6b561e1d&chksm=83c1d5b6b4b65ca0e3ec97082f65dbdcb6948aaae7560353115a5aa2

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