本地blast需要下载的nr/nt数据库太大,并且wget命令下载简直龟速。
服务器使用aspera下载ftp数据
ftp路径:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/public/
~/.aspera/connect/bin/ascp -QT \
-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
-k1 -l 300m \
anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./
NCBI 公共账号: anonftp
EBI 公共账号:era-fasp
ftp网址为
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/*删除*nr.gz
需要改为:
anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.*删除*gov:/blast/db/FASTA*删除*/nt.gz
速度稳定在几十兆每秒,不过有时也会断开