Aspera高速下载NCBI FTP数据

Chenhu7

已于 2022-02-08 16:28:58 修改

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分类专栏：一些生信工具文章标签： ftp 生物信息学

于 2021-01-18 17:26:38 首次发布

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本地blast需要下载的nr/nt数据库太大，并且wget命令下载简直龟速。

服务器使用aspera下载ftp数据
ftp路径：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/public/

~/.aspera/connect/bin/ascp  -QT \
 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
-k1 -l 300m \
anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./ 

NCBI 公共账号： anonftp 
EBI 公共账号：era-fasp

ftp网址为
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/*删除*nr.gz
需要改为：
anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.*删除*gov:/blast/db/FASTA*删除*/nt.gz

速度稳定在几十兆每秒，不过有时也会断开