Aspera高速下载NCBI FTP数据

本地blast需要下载的nr/nt数据库太大,并且wget命令下载简直龟速。

服务器使用aspera下载ftp数据
ftp路径:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/public/

~/.aspera/connect/bin/ascp  -QT \
 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
-k1 -l 300m \
anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./ 

NCBI 公共账号: anonftp 
EBI 公共账号:era-fasp

ftp网址为
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/*删除*nr.gz
需要改为:
anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.*删除*gov:/blast/db/FASTA*删除*/nt.gz 

速度稳定在几十兆每秒,不过有时也会断开

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好的,下面是三种下载NCBI GEO数据的方法: 方法一:使用wget命令下载GEO数据 1. 打开NCBI GEO网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/); 2. 在搜索框中输入GEO数据的ID,如GSE12345; 3. 在搜索结果页面中点击“FTP”按钮,进入FTP页面; 4. 复制FTP链接,如ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar; 5. 在Linux终端中输入wget命令下载数据,如:wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar。 方法二:使用rsync命令下载GEO数据 1. 打开NCBI GEO网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/); 2. 在搜索框中输入GEO数据的ID,如GSE12345; 3. 在搜索结果页面中点击“FTP”按钮,进入FTP页面; 4. 复制FTP链接,如ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar; 5. 在Linux终端中输入rsync命令下载数据,如:rsync -avP rsync://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar . 方法三:使用Aspera Connect下载GEO数据 1. 打开NCBI GEO网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/); 2. 在搜索框中输入GEO数据的ID,如GSE12345; 3. 在搜索结果页面中点击“FTP”按钮,进入FTP页面; 4. 点击“Aspera Connect”按钮,下载并安装Aspera Connect客户端; 5. 在Linux终端中输入ascp命令下载数据,如:ascp -QT -l 300m -P 33001 -i /path/to/aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-connect://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar .。 以上是三种下载NCBI GEO数据的方法,希望能帮到您。

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