查找酿酒酵母v染色体基因TATA框

from Bio import SeqIO

s= SeqIO.read("酿酒酵母S288Cv染色体基因序列.fasta","fasta")
sequence = s.seq
print()
print("查找酿酒酵母v染色体基因TATA框")
print()
print("酿酒酵母v染色体基因")
print(s.format("fasta"))
print()
print("基因序列长度："+str(len(sequence)))


def index_TA(seq1,seq2):
    """
    :param seq1: 待查找的字符串（TATA框）
    :param seq2: 基因序列
    :return: 所有所在位置的索引列表
    """
    index_list =[]
    i = 0
    while seq1 in seq2[i:]:
        index_seq = seq2.find(seq1,i)
        index_list.append(index_seq)

        i = index_seq + len(seq1)

    return index_list


def print_TA(sequence,index_list):
    """
    :param sequence: 基因序列
    :param index_list: TATA框所在位置索引
    打印TATA框碱基组成及其位置
    """
    seq1 = "TATA"
    print("-" * 22)
    print("TATA框\t 所在位置(bp)")
    for index in index_list:
        # print(sequence[index:index+len(seq1)+3])
        print("{}\t -{:d}~-{:d}".format(sequence[index:index + len(seq1) + 3], index, index + len(seq1) + 3))
    print("-" * 22)


if __name__ == '__main__':
    seq1 = "TATA"
    # TATA框架所在位置
    index_list = index_TA(seq1, sequence)
    # 打印TATA碱基组成及其位置
    print_TA(sequence,index_list)