fastq和fasta格式转化

已于 2022-02-04 11:46:13 修改
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分类专栏： 一些生信工具 文章标签： 生物信息学
于 2021-04-18 22:23:47 首次发布
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版权

fastq >> fasta

seqtk

# 安装
conda install seqtk
# 运行
seqtk seq -A input_file.fastq > output_file.fasta

fasta >> fastq

fasta_to_fastq.pl

# 下载
 wget https://storage.googleapis.com/google-code-archive-downloads/v2/code.google.com/fasta-to-fastq/fasta_to_fastq.pl

# 运行
perl fasta_to_fastq.pl input_file.fasta > output_file.fq
Chenhu7
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NGS数据格式梳理01-FASTQ格式和FASTA格式详解
qq_21478261的博客
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高通量测序（NGS）中FASTQ文件、FASTQ文件、测序质量最详细解析。
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dieshuli2209的博客
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windows系统下怎么将fastq格式文件转换为fasta格式
XIUXIU179的博客
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作为编程小白，首先当然是去找别人的代码啦。我们可以看到无非就几种，一个是用linux，另外就是用python。我试了几种，首先是网上写的python的，结果就是代码没有出错但就是没有结果~ 如果有需要就拿去吧，也不知道你们的结果是不是出的来。因此我就换了另一种，用linux命令。但是我是windows系统和linux双系统。linux系统其实我还不太熟悉，所以我就在windows系统下装了一个ubuntu,然后在里面写的代码实现的。 我是windows10系统直接在Microsoft商店里面就可
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1. fastq转化为fasta 1.1 工具一 软件Fastx_Toolkit_bin/fastq_to_fasta Fastx_Toolkit_bin/fastq_to_fasta -i ../$f -o $i.fasta -Q 33 缺点: 一个样本要2h左右，太慢。 1.2 工具二 软件seqkit seqkit fq2fa ../$f -o $i.fasta -j 18 优点：一个样本20m左右，很快。 2. Linux杀死多个进程 2.1 方法一 进行名为fastq_to_fasta pki
fastq转化成fasta格式
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07-20 2488
第一行以符号“@”起始，对应于序列ID和相应的描述信息；第二行为实际测得的碱基序列；第三行以符号“+”起始；而第四行的字符串则记录了第二行序列中，每个碱基所对应的测序质量。
FASTQ 文件格式转换为 FASTA 格式
weixin_30528371的博客
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1.利用Linux命令：awk 2.用法如下： awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事项： fastq文件必须是解压格式的，不能是gz后缀的，虽然命令也能正常运行，但是查看文件的时候， 发现里面的内容都是乱码的。 Ps：现在...
fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并
anyi6536的博客
03-13 1613
格式转换： use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++}' input.fastq > output.fasta FASTA文件拆分： 1. 从a.fasta中提取第10至第20个序列存到b.fasta中 - awk -v RS='>' 'N...
bam格式转换为Fastq/Fasta格式
lazymark2的博客
09-18 1万+
bam格式转换为Fastq/Fasta格式 Samtools Fastq GATK SamToFastq Bedtools bamtofastq 举例说明，比如说我们现在有一个转录组比对文件D1_D1.sort.bam： samtools view -H D1_D1.sort.bam | tail @SQ SN:19 LN:58617616 @SQ SN:20 LN:64444167 @SQ SN:21 LN:46709983 @SQ SN:22 LN:50818468 @SQ SN:X LN:1560
linux中fq格式转fa,各种序列格式的转换程序（包括FASTQ和FASTA格式的互换）
weixin_42164534的博客
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fastq转fasta代码-基于perl
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#! /usr/bin/perl use strict; use warnings; use List::Util qw(sum min max); use Getopt::Long; use File::Basename; # Parameter variables my $file; my $helpAsked; my $outFile = ""; GetOptions( "i=s" => \$file, "h|help" => \$helpAsked, "o|out
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WDPLAAA的博客
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生信必会格式：Fasta & Fastq 简介及转换
鬼话
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FASTA和FASTQ文件，其实还是文本文件，用于存储序列信息。平时为了存储方便，节省空间，所以变成了GZ的压缩文件（二进制文件，不能直接用head、less等命令直接查看）。之前没有好好记笔记，现在补上😑。
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wangyiqi806643897的专栏
02-06 2973
刚学到的，用python 2行命令就搞定了，下载python和biopython，输入以下代码运行 from Bio import SeqIO SeqIO.convert("example.fastq", "fastq", "example.fasta", "fasta") SeqIO.convert("example.fastq", "fastq", "example.qual
如何使用Python将fastq文件转化成fasta文件
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如何使用Python将fastq文件转化成fasta文件
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如何用 bash 命令将 fastq 转换为 fasta 格式文件？
klcola的专栏
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能点进来看的都是同行，文件格式就不多说了，直接上命令行 grep '^@' -A1 file.fastq | grep -v -- '--' | awk '{print $1}' | sed -e 's/@/>/' > file.fa 上面的命令在 fasta 文件的 id 行里只保留了序列 id。如果想在 fasta 文件的 id 行里保留其他信息，可以去掉 awk '{print...
生物信息数据格式：fastq格式
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文章目录格式说明实例演练判断fastq序列编码是Phred33(Illumina1.8+) or Phred64(Illumina1.3+)fastq转换fasta格式Linux 操作fastq获取数据统计reads_1.fq文件中共有多少条序列信息输出reads_1.fq文件中的标识符（即以@开头的那一行）输出reads_1.fq文件中所有序列的信息（即每个序列的第二行）输出reads_1.fq...
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fastq.gz提取fasta
08-11
fastq.gz是一种常见的压缩格式，其中包含了高通量测序产生的原始读取序列数据。要提取出fasta格式的序列，我们可以按照以下步骤进行操作： 1. 解压缩fastq.gz文件：由于fastq.gz是经过压缩的文件，首先需要解压缩该文件。可以使用压缩解压软件（如7-zip）或者命令行工具（如gunzip）对fastq.gz进行解压。 2. 将解压后的fastq文件转换为fasta格式：在解压后的fastq文件中，每条读取序列的信息由四行组成，分别为序列ID、序列信息、序列质量ID、序列质量值。如果我们只需要提取fasta格式的序列信息，可以忽略序列质量相关的内容。可以编写一个简单的脚本或使用文本编辑工具，只提取第二行（序列信息）并保存为新的文本文件。 3. 将提取出的文本文件命名为.fasta扩展名：将提取到的fasta序列信息保存为一个新的文本文件，并将其扩展名改为.fasta，以示区别。 以上就是将fastq.gz格式的文件提取为fasta格式的序列信息的步骤。值得注意的是，提取序列之前，我们需要确保使用的工具和软件支持fastq.gz格式的读取和处理，以确保正确的结果。
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