蛋白分子加氢工具

蛋白分子加氢工具

1. https://proteins.plus/
2. GaussView
3. Amber 的 reduce reduce xfz.pdb > xfz_h.pdb
4. 直接使用 Pymol/Chimera 的 GUI 界面，或者对应的命令来加氢 Action-hydrogens-add
5. Amber 的 anteamber 命令中使用.cif 文件，按照 RCSB PDB 数据库中的小分子结构来加氢 (小分子一般都是中性)

antechamber -i components.cif -fi ccif -bk ’02J’ -o 02J.mol2 -fo mol2 -c bcc

6. Amber 的 tleap 中使用 lib 文件 saveOff loadOff。使用对接之前含所有氢原子的小分子构建 lib 文件，将对接后小分子中氢原子全部删除，导入之前的 lib 文件来形成新的 pdb 文件。详见 Using Antechamber to Create Leap Input Files for Simulating Sustiva (efavirenz)-RT complex using the General Amber Force Field
7. openbabel 加氢

babel -ipdb ligand.pdb -opdb ligand_h.pdb
sed -i 's/ATOM  /HETATM/' ligand_h.pdb
sed -i '/HETATM/!d' ligand_h.pdb

然后修改H的序列名字，不能重复