【STREAM】在线网站拟时序分析

最新推荐文章于 2023-10-26 19:32:15 发布
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分类专栏： 拟时序分析 文章标签： r语言
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本文链接：https://blog.csdn.net/DerekRusso/article/details/126547681
版权

STREAM: Single-cell trajectories reconstruction, exploration and mapping of omics data

需要准备好的文件：

1，表达矩阵（列名为细胞，行名为基因，raw count）

2，cell label （一列即可，为自己注释的细胞类型，顺序与表达矩阵相同，无需标题）

使用教程：

STREAM

在线网站：

STREAM

DerekRusso
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专栏目录
在线绘图|差异分析——在线做时序分析
weifanbio的博客
07-30 657
Q1：时序分析是什么？ 时序分析是以分析时间序列的发展过程、方向和趋势，预测将来时域可能达到的目标的方法。此分析是运用概率统计中时间序列分析原理和技术，利用时序系统的数据相关性，建立相应的数学模型，描述系统的时序状态，以预测未来（来自百度百科）。在转录组数据分析中，时序分析多用于分析不同基因随着时间点的动态变化的情况，特别是样本（属于同一种处理方式下）由于时间点的不同可能呈现出不同的生物学特征的情况下。 Q2：如何不使用R语言进行时序分析？ 小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图（www.
单细胞分析实录(15): 基于monocle2的拟时序分析
TOP生物信息
06-06 1万+
关于什么是“拟时序分析”，可以参考本期推送的另一篇推文。这一篇直接演示代码 monocle2这个软件用得太多了，很多文章都是monocle2的图。因为只使用表达矩阵作为输入，相比于其他软件，已经很方便了。不过话说回来，我总感觉这种轨迹推断像玄学，大半的结果是调整出来的/事先已知的，比如拟时序里面的起始状态经常需要自己指定。 在做拟时序之前，最好先跑完seurat标准流程，并注释好细胞类型。我这里使用的数据都已经注释好细胞类型，并且事先已经知道哪一个细胞类型可能是初始状态。 1. 导入数据，创建对象，预处.
时序图在线工具网站
yunnywu的专栏
09-23 1万+
一个很好的时序图在线工具网站： https://www.websequencediagrams.com/
（单细胞-SingleCell）拟时序分析-细胞轨迹追踪
qq_40966210的博客
02-25 5145
在细胞轨迹分析中，仅需要准备三个数据即可 原始count数据 样本的meta信息 基因信息 准备三个数据的主要原因是将seurat对象装换为monocle对象 创建好monocle对象后仅需要走差异基因流程和排序流程就可以进行细胞轨迹追踪 # clear if(T){ rm(list=ls()) setwd("C:\\Users\\yuansh\\Desktop") dir() } # options if(T){ options(stringsAsFactors = F) opt
推荐一个在线时序图网站
HRay's blog
04-25 1万+
https://www.websequencediagrams.com/支持文字语法直接生成时序图比如自带的示例：title Authentication SequenceAlice->Bob: Authentication Requestnote right of Bob: Bob thinks about itBob->Alice: Authentication Response生...
时间序列分析
燃烧吧！我的小宇宙！
04-17 1385
基于事件序列的随机过程平稳性趋势根据时间序列的时域均值函数是否为常数，分为平稳随机过程和非平稳随机过程，后者的时间趋势又分为随机的和确定的。 常见的非常数的均值趋势模型有：线性趋势、二次趋势、季节性均值趋势和余弦趋势。
单细胞测序拟时间序列分析R包monocel教程（附4个学习案例）
12-20
monocel是目前单细胞测序数据分析中最常用的拟时间序列分析R语言包，本教程是官方文档外附了4个学习案例
dyno——评估拟时序分析方法
热衷分享交流
10-26 172
需提前安装好docker即可，不需要pull image，在程序运行期间会自动拉取镜像。
一文助你了解单细胞转录组拟时序分析软件
bioyigene的博客
04-24 1665
目前进行细胞轨迹分析的方法和软件非常之多，软件之间算法有什么差异？对于我们的分析结果有何影响？为了后续分析软件选择、分析不发愁，事半功倍，跟着小编来了解下!
时间序列分析及预测库分享，学习网站汇总
qihuazhuozhuo的博客
12-28 1193
1、时间序列预测库Prophet是facebook开源的python预测库，该库的api设计与sklearn很像，库的API相对简单： Prophet | Forecasting at scale. 2、PyFlux是一个专门为时间序列而开发的Python开源库，允许使用时间序列建模，并且已经实现了像GARCH这样的现代时间序列模型： Introduction — PyFlux 0.4.7 documentation 要下班了，以后再更新。。。 ​​​​​​ ...
排名前十的时序数据库
热门推荐
DBA大董的博客
03-17 4万+
时序数据库全称为时间序列数据库。时间序列数据库主要用于指处理带时间标签（按照时间的顺序变化，即时间序列化）的数据，带时间标签的数据也称为时间序列数据。时序数据的兴起还是榜上了物联网的大风。物联网（Internet of Things，简称IOT）是指通过各种信息传感器实时采集任何需要管理设备的信息，并进行管理。物联网的基础数据具有数据量大、结构单一、时间属性强、查询简单等特点，传统的关系型数据库在面对物联网数据时，显得应对发力，基本上属于功能过剩但性能不足。 目前最新的DB-Engine上时序数据库排名如下
FPGA静态时序分析简单解读
是真学霸自风流，公众号：IC免费课
11-07 8556
任何学FPGA的人都跑不掉的一个问题就是进行静态时序分析。静态时序分析的公式，老实说很晦涩，而且总能看到不同的版本，内容又不那么一致，为了彻底解决这个问题，我研究了一天，终于找到了一种很简单的解读办法，可以看透它的本质，而且不需要再记复杂的公式了。 我们的分析从下图开始，下图是常用的静态分析结构图，一开始看不懂公式不要紧，因为我会在后面给以非常简单的解释： 这两个公式是一个非常全面的，
数模算法：时间序列分析
qq_43610675的博客
06-13 3675
引入 时间序列也称动态序列，是指将某种现象的指标数值按 照时间顺序排列而成的数值序列。时间序列分析大致可分成 三大部分，分别是描述过去、分析规律和预测未来 时间序列分析中常用的三种模型：季节分解、指数 平滑方法和ARIMA模型 时间序列数据：对同一对象在不同时间连续观察所取得的数据。 例如： （1）从出生到现在，你的体重的数据（每年生日称一次)。 （2）中国历年来GDP的数据。 （3）在某地方每隔一小时测得的温度数据。 时间序列也称动态序列，是指将某种现象的指标数值按照 时间顺序排列而成的数值序列。 时间序
python时间序列分析
weixin_30311605的博客
06-14 4789
题记：毕业一年多天天coding，好久没写paper了。在这动荡的日子里，也希望写点东西让自己静一静。恰好前段时间用python做了一点时间序列方面的东西，有一丁点心得体会想和大家分享下。在此也要特别感谢顾志耐和散沙，让我喜欢上了python。 什么是时间序列 时间序列简单的说就是各时间点上形成的数值序列，时间序列分析就是通过观察历史数据预测未来的值。在这里需...
时序分析基础(Vivado)
Chi_Hong的博客
12-25 4826
时序分析基础一一、时序模型二、时序分析中的基本概念1、发起沿与捕获沿2、数据到达时间3、时钟到达时间4、建立时间的数据需求时间5、保持时间的数据需求时间6、建立时间裕量7、保持时间裕量三、总结 本文参考《vivado从此开始—to learn vivado from here》高亚军编著 Vivado综合后的时序报告是可信的，也可在综合后添加时序约束后直接查看时序报告。 一、时序模型 一般时序...
时序分析基本概念介绍——时钟sdc
Tao_ZT的博客
01-25 4573
上次介绍了sdc的基本概念，那接下来几期，我们来讲解一些比较常用的sdc命令。虽然sdc大大小小有上百条命令，但实际常用的其实就那么10几条。今天我们来介绍下与时钟相关的...
时序分析/约束（一）：相关概念
shengzhuzhu的专栏
06-09 2万+
时序分析/约束（一）：相关概念 由 zme 于 星期四, 02/20/2014 - 15:03 发表 时序分析时FPGA设计中永恒的话题，也是FPGA开发人员设计进阶的必由之路。慢慢来，先介绍时序分析中的一些基本概念。 1. 时钟相关 时钟的时序特性主要分为抖动（Jitter）、偏移（Skew）、占空比失真（Duty Cycle Distortion）3点。
单细胞-拟时序分析-R包SCORPIUS
大健康，医学信息，临床检验诊断学及视觉设计的交叉碰撞。
02-04 2450
注：代码转自生信技能树，仅做学习笔记。https://mp.weixin.qq.com/s/rho-EPb804bSd8w334BNQw 准备工作， 安装及加载R包，载入数据，查看数据类型。 install.packages("SCORPIUS") library(SCORPIUS) data(ginhoux) ginhoux class(ginhoux) str(ginhoux) c<-ginhoux[[1]] g<-ginhoux[[2]] c<-ginhoux[[1].
时序分析
SmartCar的博客
09-01 1万+
1、静态时序分析与动态时序分析 静态时序分析：STA,主要目的是为提高系统工作主频以及增加系统的稳定性。我们用软件在综合和实现之后的timing analysis都是静态时序分析。 动态时序分析：DTA，主要目的是在验证器件在实际延时情况下的逻辑功能。通常就是我们所说的仿真。 比较：STA不需要输入向量就能穷尽所有的路径，运行速度快，占用内存小。不仅可以对芯片设计进行全面的时序功能检查，还可以利用时序分析的结果来优化设计。DTA的优点是结果精确，并且适用于更多的设计类型；缺点是速度慢，并且可能会遗漏一些.
AXI stream fifo 时序
最新发布
05-17
AXI Stream FIFO是一个FIFO数据缓冲区，可用于数据的缓存和传输。它遵循AXI Stream协议，并具有一组输入和输出信号，以及控制信号。当数据从输入端进入FIFO时，它们被缓存到FIFO中，然后可以通过输出端按照先进先出（FIFO）的顺序读取。下面是AXI Stream FIFO的时序流程： 1. 写入时序：当输入信号“S_AXIS_TVALID”有效时，同时输入信号“S_AXIS_TREADY”也有效，则数据可写入FIFO中，同时FIFO的写入指针“WPT”指向下一个可写入的位置，S_AXIS_TLAST表示当前写入的数据是否是最后一个数据。 2. 读取时序：当输出信号“M_AXIS_TREADY”有效时，同时输出信号“M_AXIS_TVALID”也有效，则数据可从FIFO中读取，同时FIFO的读取指针“RPT”指向下一个可读取的位置，M_AXIS_TLAST表示当前读取的数据是否是最后一个数据。 3. 满和空状态判断：当FIFO已满时，写操作将会被阻塞，直到有空间释放出来。当FIFO为空时，读操作将会被阻塞，直到有新的数据写入。这些状态可以通过相应的控制信号进行判断，例如“S_AXIS_TREADY”和“M_AXIS_TVALID”。 4. 复位：FIFO可以通过“S_AXIS_RESET”信号进行复位。在复位期间，“WPT”和“RPT”指针都会被置为零，FIFO也会被清空。
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