Harmony integration in Seurat V3 pipeline

library(Seurat)
library(cowplot)
library(harmony)


load('data/pbmc_stim.RData')

创建seurat对象

在原有的seurat CCA整合中，每个样本的matrix都被单独读入成为一个seurat object，整合是对若干个seurat object进行的。但在Harmony中应将所有样本matrix合并后直接读入成一个seurat object.

pbmc <- CreateSeuratObject(counts = cbind(stim.sparse, ctrl.sparse), project = "PBMC", min.cells = 5) %>%
    Seurat::NormalizeData(verbose = FALSE) %>%
    FindVariableFeatures(selection.method = "vst", nfeatures = 2000) %>% 
    ScaleData(verbose = FALSE) %>% 
    RunPCA(pc.genes = pbmc@var.genes, npcs = 20, verbose = FALSE)

应确保分组信息在seurat metadata中，此处用‘stim’变量表示

pbmc@meta.data$stim <- c(rep("STIM", ncol(stim.sparse)), rep("CTRL", ncol(ctrl.sparse)))

可以看出，未整合的数据异质性非常大

options(repr.plot.height = 5, repr.plot.width =