【scRNAtoolVis】单细胞分析基本图形的美化

最新推荐文章于 2024-05-31 09:31:40 发布
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分类专栏： 单细胞pipeline 文章标签： r语言
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本文链接：https://blog.csdn.net/DerekRusso/article/details/128205263
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scRNAtoolVis是由laojunjun开发的工具，专注于美化单细胞分析的基本图形，如jjDotPlot、markervocano和ggvocano。jjDotPlot用于简洁展示marker表达情况，而markervocano解决了多cluster marker展示问题，提供图形化和非图形化两种方式。此外，featurecorneraxes和clustercorneraxes辅助优化图形布局。
摘要由CSDN通过智能技术生成

scRNAtoolVis由laojunjun开发，个人感觉是对单细胞分析中前几个基本图形的美化，但是仍然需要对成图做一定细节修改，主要是ggplot2 ecosystem.

Chapter 7 jjDotPlot | The documentation of scRNAtoolVis package

featurecorneraxes和clustercorneraxes这两个函数主要是解决多个marker平行展示中，将umap坐标系缩小、统一，同时有加框等操作。

个人觉得最有用的是markervocano与ggvocano函数，主要是解决多cluster marker如何展示的问题。主要有两种展示方式：1，图形化展示，前阵子比较火的就是duggle vocano plot。就是这种形式：

markerVocalno(markers = markers,
              topn = 5,
              labelCol = ggsci::pal_npg()(9))

 

#这种图其实提供的有用信息不多，而且比较冗杂，见仁见智

jjVolcano(diffData
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DerekRusso
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单细胞数据可视化R包 | scRNAtoolVis 0.0.3 版本更新
悟道西方
07-12 3960
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单细胞数据可视化---Dotplot个性化修饰的一个简单小例子
qq_42090739的博客
12-08 8678
这里分享一种单细胞数据可视化的图形修饰。 先加载一个seurat公共的单细胞数据集 InstallData("pbmc3k") data("pbmc3k") PBMC <- pbmc3k.final PBMC = UpdateSeuratObject(object = PBMC) 一般展示marker基因用这种点图： Markers <- c('AGER','SCGB3A2','TPPP3','CD68','FCN1','CD1C','CD14','MARCO',
scanpy的UMAP可视化优化
xiaoyaozizai017的博客
04-21 371
在进行UMAP可视化时，经常使用scanpy.pl.umap()来进行可视化，但是有时不能画出我们想要的结果，这时应该怎么办呢？
scRNAtools-paper:分析单细胞RNA-seq数据的工具的综述
05-10
scRNA-工具纸 scRNA-tools论文的数据和分析 目录结构 data -输入数据文件 figures -主要论文中使用的figures 分析中使用的R -R函数 style -文档样式文件 数据 data目录包含以下文件： descriptions.json分析类别的描述 tools-tables.json工具数据库 [R 此目录包含分析中使用的以下功能： plotting.R在纸上产生图的功能 utils.R分析中使用的效用函数 风格 references.bib书目数据库 nature.csl参考书目样式文件 style.docx参考DOCX样式文件 style.Rmd参考Rmd样式文件 style_refs.bib参考风格的书目
scRNAtoolVis：让您的单细胞RNA测序数据分析更具视觉魅力
最新发布
gitblog_00028的博客
05-31 593
scRNAtoolVis：让您的单细胞RNA测序数据分析更具视觉魅力 项目地址:https://gitcode.com/junjunlab/scRNAtoolVis 在单细胞转录组学研究中，数据可视化是理解复杂生物学现象的关键步骤。scRNAtoolVis是一个专门为了提升单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据可视化效果的R包，它包含了多个实用函数，旨在帮助研究人员轻松创建美观且信息丰富的图表...
2023-11-28-直播单细胞图表美化-seurat数据结构 featureplot dotplot vlnplot
生信小博士的博客
11-28 2231
单细胞常见的可视化方式有DimPlot，FeaturePlot ，DotPlot ，VlnPlot 和 DoHeatmap几种 ，Seurat中均可以很简单的实现，但是文献中的图大多会精美很多。之前介绍过DimPlot的一些调整方法。本文介绍FeaturePlot的美化方式，包含以下几个方面 ：（1）调整（2）展示基因共表达情况（点图，（3）优化（4）修改theme ，lengend等（5）批量绘制仍然使用之前注释过的sce.anno.RData数据 ，后台回复即可获取这里额外安装。
Nature作图也出错 单细胞UMAP/TSNE图的ggplot做法与修饰
qq_42090739的博客
09-27 1153
复现效果如下：可以发现，原文中3、15标反了，可能原文作者使用PS添加的，或者cluster编号弄反了，可见nature文章也有粗心大意的错误！1、ggplot绘制单细胞UMAP图，设自定义细胞展示顺序、细胞颜色2、ggplot绘制UMAP图，添加cluster标签。3、ggplot实现UMAP图坐标轴在左下角的问题。更多精彩请访问我的公众号---KS科研分享与服务。4、实现legend圈中显示cluster数字。
单细胞featureplot美化修改-自定义修改图片样式-umap密度图画等高线
生信小博士的博客
11-27 2478
大家好，欢迎来的单细胞图片美化专辑在单细胞实践中，我发现不同的客户对画图需求并不一致，这可能和个人审美有关吧。本专辑着重于各种各样的单细胞个性化绘图。首先是pbmc数据下载，和标准处理流程，然后是本篇的个性化绘图。
Matplotlib可视化（二十三）-- 美化图形
qq_42007339的博客
03-05 752
使用python自带样式进行美化 #!usr/bin/env python # -*- coding:utf-8 _*- """ @author: Caramel @file: 2.6.py @time: 2020/03/04 @desc:美化图形 """ import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt # plt.style.use(...
单细胞seurat对象-气泡图dotplot美化-颜色配色-自定义修改
生信小博士的博客
11-27 6271
第一期我们分享了如何使用标准流程获取单细胞的seurat对象，也就是pbmc.rds。本期将分享如何美化dotplot，继续使用pbmc示例,第一期获得的pbmc对象。首先读取数据，并分组、通过findallmarkers计算marker基因。第二期我们分享了如何美化featureplot。大家好，欢迎来到单细胞图片美化专辑！
R 包 bug 修复及问题一览
weixin_45822007的博客
09-30 647
1引言已经陆陆续续有用户使用一些我写的 R 包了,并且也反馈了一些小问题,这里列出最近的修复结果。2GseaVis 问题p 值格式:有位小伙伴在 github 上提了个不错的建议:建议对于 p 值太小的时候直接写成小于一个阈值就行了,我之前提供了保留位数参数,这里我就采用了这个建议。library(GseaVis) #loaddata test_data<-system.file(...
一文掌握seurat的umap新姿势，定制你的UMAP图
生信小博士的博客
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littlely_ll的博客
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2. 可视化featurPlot是对lattice包作图的一个包装。例如：下列图表展示了用featurePlot函数画出的连续变量结果的图形。 对于分类的数据集可用iris数据来分析。 str(iris)## 'data.frame': 150 obs. of 5 variables: ## $ Sepal.Length: num 5.1 4.9 4.7 4.6 5 5.4 4.
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04-11 2732
本来呢，单细胞UMAP或者TSNE降维图正常展示就好了，最多修改颜色坐标就可以，但是奈何总是有文章挑战别人的眼睛，非要秀一波非常规操作，那我们也只能把他们打下神坛。 事情的起因是看了这篇文章中的UMAP图，有啥特点呢？每个点都是有边框的，这不就是ggplot中选择shape=21的形状吗？很显然，Dimplot是实现不了的。UMAP降维图本质也是散点图，只需要将作图数据导出，ggplot2就可以实现任何你想要的修饰了。 首先我们设置下颜色，并将作图的数据导出，导出的数据包含UMAP两个坐标的数据。
单细胞基因可视化之UMAP图修饰
qq_42090739的博客
03-14 1万+
更多精彩请至《KS科研分享与服务公众号》 除了之前说过的三种常见单细胞基因可视化方法外，还有一种最常用的就是直接在UMAP或者TSNE降维图上显示表达某基因的细胞，这种方式更加直观，但是只能显示一个基因，一般用于标记重要的基因。 1、降维可视化 降维可视化一般用Dimplot函数，如果使用的是UMAP方法，可以直接使用UMAPPlot函数，但是感觉效果不好或者很混乱，可以考虑使用PCAPlot函数。可以看到，聚类效果不错，PCA不同细胞群还是分开了。 plot1 <- UMAPPlot(sc
聚类热图分类注释_手把手教你绘制高颜值的单细胞热图
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weixin_35715402的博客
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在看单细胞文章的时候，总会在文章里面碰到一些非常酷炫的热图，比如说下面这张图来自于最近的NBT上单细胞ATAC-seq的聚类展示。但是用Seurat自带的热图函数DoHeatmap绘制的热图，其实是没有这个效果。于是我尝试使用ComplexHeatmap这个R包来对结果进行展示。个人觉得好的热图有三个要素聚类: 能够让别人一眼就看到模式。如果本来就无法聚类，那图也不好看。注释: 附加注释...
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weixin_33725239的博客
07-12 2475
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scrnatoolvis
08-02
ScrnaToolVis是一种用于单细胞RNA测序分析的工具可视化软件。单细胞RNA测序是一种用于分析单个细胞中基因表达的高通量技术。虽然单细胞RNA测序的数据分析过程十分复杂，但ScrnaToolVis通过提供直观的可视化工具帮助研究人员更好地理解和解释数据。 ScrnaToolVis具有多种功能，可以帮助用户在数据集合中进行细胞分类和亚群发现。它提供了不同的降维和聚类算法，可帮助用户将细胞分类，并生成可视化的结果，如散点图和热图等。这些图形可以帮助用户在细胞集合中发现亚群，并进一步研究不同细胞亚群的特征和功能。 此外，ScrnaToolVis还提供了多种针对单细胞数据的分析和可视化功能。用户可以通过这些功能计算基因表达的差异、生成基因共表达网络以及展示基因表达的变化趋势。这些功能可以帮助用户深入了解单个细胞的基因表达模式，进而推断不同细胞亚群的生物学特征和功能。 总的来说，ScrnaToolVis是一种强大的工具可视化软件，它可以帮助研究人员在单细胞RNA测序数据中快速、准确地发现细胞亚群，并研究这些亚群的特征和功能。它的使用可以大大提高单细胞RNA测序数据的分析效率和深度，促进细胞生物学研究的进展。

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