外显子测序代码记录

最新推荐文章于 2024-06-03 00:23:54 发布

Doris_xixi

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本文链接：https://blog.csdn.net/Doris_xixi/article/details/81064232

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这篇博客详细记录了外显子测序的全过程，包括从质量控制（使用SeqPrep）、比对（使用bwa和samtools）、去重（使用picard）、质量值校正（使用GATK）到变异检测（使用HaplotypeCaller和muTect），最后进行变异注释。整个流程涵盖了生物信息学分析中的关键步骤。

摘要由CSDN通过智能技术生成

#QC 使用SeqPrep进行质控
SeqPrep -f /home/qian.liu/gaoyang/F18FTSECWLJ0595_HUMcizE/1625668PA_all/clean_data/CL100072979_L02_561_1.fq -r /home/qian.liu/gaoyang/F18FTSECWLJ0595_HUMcizE/1625668PA_all/clean_data/CL100072979_L02_561_2.fq -1 /home/qian.liu/database/test_gaoyang/CL100072979_L02_561_1_tmp.fq -2 /home/qian.liu/database/test_gaoyang/CL100072979_L02_561_2_tmp.fq -q 20 -L 25 -B AGATCGGAAGAGCGTCGTGT -A AGATCGGAAGAGCACACGTC > /home/qian.liu/database/test_gaoyang/CL100072979_L02_561.QC.log;
;
sickle pe -f 1_N-tmp_1.fq -r 1_N-tmp_2.fq -t sanger -o 1_N_trim1.fastq -p 1_N_trim2.fastq -s 1_N_trim_unpaired.fastq > trim.QC.log;


##MAPPING 比对，使用bwa进行比对，利用samtools进行格式转换
mkdir -p ./3.mapping;
bwa mem -R '@RG\tID:HM170907XGY-B_S3_L003_L003\tSM:HM170907XGY-B_S3_L003_L003\tLB:HM170907XGY-B_S3_L003_L003\tPU:run barcode\tPL:Illumina\tDS:resequencing\tCN:MajorBio' -M -t 5 /home/yang.zou/Database/ucsc.hg19.fasta /home/yangzou/regional_capture48/rawdata/HM170907XGY-B_S3_L003_L003_R1_001.fastq.gz /home/yangzou/regional_capture48/rawdata/HM170907XGY-B_S3_L003_L003_R2_001.fastq.gz > HM170907XGY-B_S3_L003_L003.sam
samtools view -bS HM170907XGY-B_S3_L003_L003.sam >HM170907XGY-B_S3_L003_L003.bam  #将sam格式转换成bam格式
samtools sort  HM170907XGY-B_S3_L003_L003.bam -o HM170907XGY-B_S3_L003_L003.sort  #对bam文件进行排序
samtools index HM170907XGY-B_S3_L003_L003.sort.bam          ##构建Index数据库


#Mark duplicates 去重 
mkdir -p ./5.varcalling;
#利用picard软件去除PCR重复
java -Xmx10G -jar /home/yang.zou/software/exome/MarkDuplicates.jar TMP_DIR=./tmp MAX_FILE_HANDLES=10000 VALIDATION_STRINGENCY=SILENT ASSUME_SORTED=true REMOVE_DUPLICATES=true I=/home/qian.liu/database/3.mapping/HM170907XGY-B_S3_L003_L003.sort O=/home/qian.liu/database/5.varcalling/HM170907XGY-B_S3_L003_L003.

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