【生物信息学】外显子测序的原理及优缺点

1 前言

2 什么是外显子测序

3 外显子测序的原理

4 外显子测序的优势

4.1 外显子测序在肿瘤测序中有优势

  外显子测序，可以测Germline突变（胚胎形成时就带有的突变），也可以测体细胞突变（Somatic Mutation），但随着Illumina推出HiSeq X10测序仪，把人全基因组测序的直接成本降到1000美元以下，那么Germline水平的突变呐，已经很少用外显子来测了。目前，外显子测序的主要优势就体现在肿瘤基因测序方面，之所以外显子测序在肿瘤基因测序方面有优势是因为外显子测序，它的测序深度，可以比较容易地做到“深度”测序。它可以比较轻易地达到100X、200X，甚至更深的测序深度。这就有利于测到 low allele frequency （低等位基因频名优新）的体细胞突变。因为肿瘤中的突变呐，往往都是 low allele frequency 的体细胞突变。所以，外显子组测序就在测肿瘤基因组突变方面，显出比较明显的优势来。

  那么如果是要测肿瘤中的体细胞突变呐，一般是拿手术切下来的肿瘤组织DNA、和病人外周血中的白细胞基因组DNA，进行外显子测序。一般肿瘤的测100~200X的深度，白细胞的（DNA）测100X的深度。从白细胞DNA得到这个病人的Germline基因组序列，拿肿瘤的DNA序列与之做对比，找出其中的体细胞突变。

4.2 外显子测序主要得到SNP信息

  外显子组测序，主要能够得到的信息是点突变，也就是SNP信息，和插入缺失突变，也就是Indel信息。这张图就是找到的体细胞突变的泡泡图。在这个泡泡图中，突变频率越高的基因，就画一个大泡泡，放在图的中间。突变频率低一点的基因，就画一个相对小一点的泡泡，延着逆时针排列。再低频的突变，再画一个再小的泡泡，再在外面再排列下去。依此类推，就得到这样一个泡泡图。

5 外显子测序的劣势

6 参考文献

[1]【陈巍学基因-1】外显子测序
[2] 全外显子组测序——壹.简介