qiime2-amplicon安装、分类器及数据库下载

QIIME2简介

QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程，是一款强大、可扩展和去中心化的微生物组分析平台。QIIME 2从原始DNA序列开始分析，直接获取出版级的统计和图片结果。

官方安装文档：https://docs.qiime2.org/2024.2/install/native/#miniconda

1. 安装QIIME 2 Amplicon

推荐使用conda根据yml文件创建一个新的环境，以安装2024.2版本为例。

# 下载yml
wget https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2024.2-py38-linux-conda.yml

# conda创建环境
conda env create -n qiime2-amplicon-2024.2 --file qiime2-amplicon-2024.2-py38-linux-conda.yml

# 查看环境列表
conda env list

# 激活qiime2环境
conda activate qiime2-amplicon-2024.2

# 检查qiime是否安装成功
qiime --help

2. 分类器模型下载

网址：https://docs.qiime2.org/2024.2/data-resources/

Taxonomy classifiers for use with q2-feature-classifier

此分类器为朴素贝叶斯分类器，在根据你的特定样品制备和测序参数（包括用于扩增的引物和序列读取的长度）进行训练时表现最佳。因此，一般来说，您应该按照使用q2-feature-classifier训练特征分类器中的说明来训练您自己的分类分类器。

# Silva 138 99% OTUs full-length sequences (MD5: b8609f23e9b17bd4a1321a8971303310)
wget https://data.qiime2.org/2024.2/common/silva-138-99-nb-classifier.qza

# Silva 138 99% OTUs from 515F/806R region of sequences (MD5: e05afad0fe87542704be96ff483824d4)
wget https://data.qiime2.org/2024.2/common/silva-138-99-515-806-nb-classifier.qza

# Greengenes2 2022.10 full length sequences (MD5: 98d34227fe67b34f62b464466cca4ffa)
wget https://data.qiime2.org/classifiers/greengenes/gg_2022_10_backbone_full_length.nb.qza

# Greengenes2 2022.10 from 515F/806R region of sequences (MD5: 43de361005ae6dcae61b078c0c835021)
wget https://data.qiime2.org/classifiers/greengenes/gg_2022_10_backbone.v4.nb.qza

对于Silva 138，如果你使用任何这些预训练的分类器，请引用以下参考文献：

1. Michael S Robeson II, Devon R O’Rourke, Benjamin D Kaehler, MichalZiemski, Matthew R Dillon, Jeffrey T Foster, Nicholas A Bokulich RESCRIPt: Reproducible sequence taxonomy reference database management for the masses. bioRxiv 2020.10.05.326504; doi: https://doi.org/10.1101/2020.10.05.326504
2. Bokulich, N.A., Kaehler, B.D., Rideout, J.R. et al. Optimizing taxonomic classification of marker-gene amplicon sequences with QIIME 2’s q2-feature-classifier plugin. Microbiome 6, 90 (2018).
3. See the SILVA website for the latest citation information for this reference database.

对于Greengenes2则可以查看以下文献：

1. McDonald, D. et al. Greengenes2 unifies microbial data in a single reference tree. Nature Biotechnology (2023). https://www.nature.com/articles/s41587-023-01845-1

Weighted Taxonomic Classifiers

如果你的样本来自软件测试的14种栖息地类型中的任何一种，这些加权分类器分类精度还可靠。如果你的样本不是来自这些栖息地之一，就需要根据栖息地进行权重训练。

参考github: https://github.com/BenKaehler/readytowear

# Weighted Silva 138 99% OTUs full-length sequences (MD5: 48965bb0a9e63c411452a460d92cfc04)
wget https://data.qiime2.org/2024.2/common/silva-138-99-nb-weighted-classifier.qza

# Weighted Greengenes 13_8 99% OTUs full-length sequences (MD5: 2baf87fce174c5f6c22a4c4086b1f1fe)
wget https://data.qiime2.org/2024.2/common/gg-13-8-99-nb-weighted-classifier.qza

# Weighted Greengenes 13_8 99% OTUs from 515F/806R region of sequences (MD5: 8fb808c4af1c7526a2bdfaafa764e21f)
wget https://data.qiime2.org/2024.2/common/gg-13-8-99-515-806-nb-weighted-classifier.qza

3. 数据库下载

标记基因数据库

# Greengenes (16S rRNA)下载网址
http://ftp.microbio.me/greengenes_release/2022.10/

# Silva (16S/18S rRNA)
https://www.arb-silva.de/download/archive/qiime
# 最新数据库 2Gb
wget -c -b https://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/qiime/Silva_132_release.zip

# 预先格式化的SILVA参考序列和分类文件，都是使用REALNT处理的
wget https://data.qiime2.org/2024.2/common/silva-138-99-seqs.qza
wget https://data.qiime2.org/2024.2/common/silva-138-99-tax.qza
wget https://data.qiime2.org/2024.2/common/silva-138-99-seqs-515-806.qza
wget https://data.qiime2.org/2024.2/common/silva-138-99-tax-515-806.qza

SEPP参考数据库

# Silva 128 SEPP reference database (MD5: 7879792a6f42c5325531de9866f5c4de)
wget -c -b https://data.qiime2.org/2024.2/common/sepp-refs-silva-128.qza

# Greengenes 13_8 SEPP reference database (MD5: 9ed215415b52c362e25cb0a8a46e1076)
wget -c -b https://data.qiime2.org/2024.2/common/sepp-refs-gg-13-8.qza

其他数据库资源

UNITE（真菌ITS）、Qiita（公共微生物组数据）