R语言机器学习算法实战系列（十五）随机森林生存预后模型+SHAP值 (Random Survival Forest + SHAP)

已于 2025-02-21 18:01:12 修改
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分类专栏： R语言机器学习实战 文章标签： 机器学习 算法 r语言 数据可视化 人工智能 随机森林
于 2024-10-30 14:07:06 首次发布
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介绍

随机森林生存分析（Random Survival Forest，简称RSF）是一种用于处理右删失数据（即生存时间数据）的机器学习方法，它是传统随机森林算法在生存分析领域的扩展。RSF的目标变量是生存时间，它考虑了每个样本的生存时间（T）和删失时间（C），其中删失时间指的是在观察期间内未发生感兴趣事件的时间。RSF框架的核心步骤包括：

  1. 数据重采样：从原始数据中抽取多个bootstrap样本，每个样本平均排除一定比例的数据，称为袋外数据（Out-Of-Bag, OOB）。
  2. 构建生存树：对每个bootstrap样本构建一棵二叉生存树。在树的每个节点上，随机选取一定数量的候选变量，并使用最大化子节点之间生存差异的候选变量进行拆分。
  3. 生长限制：在
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R语言机器学习算法实战系列（十三）随机森林生存分析构建预后模型 (Random Survival Forest)
专注生信领域
10-25 912
本教程运用随机森林生存分析筛选与患者生存状态显著相关特征。该方法借随机森林这一强大机器学习算法，构建多棵决策树并集成结果，以提高生存分析准确性，识别关键生物标志物。接着，利用选定特征构建风险得分，将多个特征转化为单一数值，量化患者风险水平。之后，依据风险得分将患者分为高、低风险亚型，为临床治疗提供个性化指导。最后，通过分析时间依赖的 ROC 曲线评估模型长期预测能力。此曲线计算不同阈值下的真正例率与假正例率，在多个时间点评估，全面展现模型长期稳定性与准确性。
R语言机器学习算法实战系列（四）随机森林算法分类器+SHAP值 (Random Forest)
专注生信领域
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R语言机器学习算法实战系列（四）随机森林算法+SHAP值 (Random Forest)
将随机森林应用到医学中 预后
生信小博士的博客
10-11 1260
我们会获得每个基因的权重（importance），用以表征基因对疾病分类的重要程度（如果分类特征是生存状态，那么就可以表征基因对预后的重要性）。随机森林是当下非常受欢迎的机器学习算法之一，鲁棒性好且易于使用。在数据挖掘中，我们常用它来构建分类模型，今天就来看看它在科研中的实际应用。，我们可以利用R包randomForest构建随机森林分类器，通过特征基因预测疾病分类。比如我们拿到了一些基因在某个疾病中的的表达谱，也有对应的样本分类，如。
随机森林+SHAP：如何制作好看的SHAP分析图—分组绘制
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qq_63277082的博客
02-21 1844
RF+SHAP分析是一种可解释分析的机器学习技术，可以量化特征重要性等，但是原始的SHAP分析图容易出现较为杂乱，信息单一的情况，下面分享一下我常用的SHAP分析图的绘制代码
R语言：随机生存森林和SHAP分析
m0_71467458的博客
07-01 4128
但是，在实际应用时发现，在R语言中没有随机生存森林对应的SHAP算法包（有XGBoost对应的包），因此我们首先使用XGBoost模型生成一个储存SHAP特征值的“躯壳”，随后计算随机生存森林模型中各个特征的SHAP值，最后使用XGBoost对应的SHAP分析包，生成我们需要的SHAP瀑布图或蜂窝图等。总结一下，在R语言中没有随机生存森林对应的SHAP分析包，我们通过使用XGBoost模型的SHAP分析包，借助“躯壳”，实现对随机生存森林SHAP分析的可视化。然后，使用SHAP算法对模型进行可解释性分析。
python随机抽号_实战：用Python实现随机森林
weixin_39636645的博客
11-24 642
因为有Scikit-Learn这样的库，现在用Python实现任何机器学习算法都非常容易。实际上，我们现在不需要任何潜在的知识来了解模型如何工作。虽然不需要了解所有细节，但了解模型如何训练和预测对工作仍有帮助。比如：如果性能不如预期，我们可以诊断模型或当我们想要说服其他人使用我们的模型时，我们可以向他们解释模型如何做出决策的。在本文中，我们将介绍如何在Python中构建和使用Random Fore...
机器学习筛选基因——随机生存森林
weixin_52486108的博客
03-17 5931
基于随机生存森林模型模型的VIMP法和最小深度法筛选高维变量筛选，并进行建模。
R语言实现随机森林
q1534490864的博客
08-04 1446
本文是R语言实现随机森林的通用程序，具体的原理内容可以参照其他文章
R语言机器学习算法实战系列（十六）随机森林算法回归模型+SHAP值（Random Forest Regression + SHAP）
专注生信领域
12-09 1833
在随机森林回归模型中，运用均方误差（MSE）、平均绝对误差（MAE）、均方根误差（RMSE）及决定系数（R²）评估模型性能，从不同维度反映预测准确性与可靠性。通过增加的平均平方误差（% IncMSE）和节点纯度的增加（IncNodePurity）衡量特征重要性，揭示各特征对预测结果影响程度。此外，采用基于博弈论的 SHAP 值方法深入解释预测结果，它将模型预测变动归因于各特征，计算平均贡献，直观呈现特征对特定预测结果的影响，增强复杂模型可解释性与透明度。综合特征重要性与 SHAP 值分析，能全面理解模型行为
R语言机器学习算法实战系列（十四）: CatBoost算法分类器+SHAP值 (categorical data gradient boosting)
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10-26 552
在使用catboost算法构建的二分类模型中，模型性能的优劣通过一系列评估指标来衡量，同时，模型的特征重要性得分能够揭示各个特征对预测结果影响的相对大小。 CatBoost是一种基于梯度提升决策树（Gradient Boosting Decision Tree）的集成模型，它在处理分类和回归问题上表现出色，尤其是在处理类别型特征方面。
R语言机器学习算法实战系列（三）lightGBM算法分类器+SHAP值（Light Gradient Boosting Machine）
专注生信领域
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R语言机器学习算法实战系列（三）lightGBM算法（Light Gradient Boosting Machine）
随机效应估算与固定效应估算_【机器学习】随机生存森林
weixin_30843553的博客
01-03 790
论文题目：RANDOM SURVIVAL FORESTS论文PDF链接：https://arxiv.org/pdf/0811.1645.pdf​arxiv.org简介：随机生存森林(RSF)，是一种用于对右删失生存数据进行分析的随机森林方法。 它引入了用于生长生存树的新生存分裂规则，以及用于估算缺失数据的新缺失数据算法。RSF引入了生存森林的事件保留原则，并将其用于定义总体死亡率，这是一种简单的可...
机器学习系列|基于随机森林的生存分析模型-R实战
qq_42849269的博客
08-13 8404
机器学习系列|基于随机森林的生存分析模型-R实战 随机生存森林 随机生存森林通过训练大量生存树，以表决的形式，从个体树之中加权选举出最终的预测结果。 构建随机生存森林的一般流程为： Ⅰ. 模型通过“自助法”（Bootstrap）将原始数据以有放回的形式随机抽取样本，建立样本子集，并将每个样本中37%的数据作为袋外数据（Out-of-Bag Data）排除在外； Ⅱ. 对每一个样本随机选择特征构建其对应的生存树； Ⅲ. 利用Nelson-Aalen法估计随机生存森林模型的总累积风险； Ⅳ. 使用袋外数据计算
【机器学习】解释你的机器学习模型！以力导向图可视化随机森林分类器的SHAP值为例
未来就在脚下。
12-30 8242
在机器学习领域，理解模型是至关重要的一环。SHAP（SHapley Additive exPlanations）是一个强大的工具，可用于解释模型的预测结果。本文将介绍如何使用SHAP库解释随机森林分类器的预测结果。
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MachineLearning 11. 机器学习之随机森林生存分析（randomForestSRC）
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Boruta+SHAP+立方样条回归R语言shiny应用开发教程
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