批量下载获取NCBI SRA的公共数据（raw reads/assembly等）

我是冰可乐

已于 2024-08-02 16:23:09 修改

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分类专栏：生物信息学方法文章标签：数据库服务器运维

于 2024-07-30 10:33:06 首次发布

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收集好需要下载的raw reads/assembly的accession number号，以及accession number对应的Bioproject号。

进入SRA Explorer网站： SRA Explorer (sra-explorer.info)，在红色箭头处输入Bioproject号。

选择需要下载的Accession，并add to collection，然后点击“购物车”，进入已选择的信息中。

然后选择Aspera commands for downloading FastQ files，并复制命令行，至本地txt，制作成sh脚本：

然后参考着修改成下面的命令格式，重命名为jobs_for_dowloaded.sh

ascp -QT -l 300m -P33001 -L- -k1 -i asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR212/079/SRR21290179/SRR21290179_1.fastq.gz .
ascp -QT -l 300m -P33001 -L- -k1 -i asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR212/079/SRR21290179/SRR21290179_2.fastq.gz .
ascp -QT -l 300m -P33001 -L- -k1 -i asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR212/077/SRR21290177/SRR21290177_1.fastq.gz .
ascp -QT -l 300m -P33001 -L- -k1 -i asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR212/077/SRR21290177/SRR21290177_2.fastq.gz .
ascp -QT -l 300m -P33001 -L- -k1 -i asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR212/078/SRR21290178/SRR21290178_1.fastq.gz .
ascp -QT -l 300m -P33001 -L- -k1 -i asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR212/078/SRR21290178/SRR21290178_2.fastq.gz .
ascp -QT -l 300m -P33001 -L- -k1 -i asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR212/075/SRR21290175/SRR21290175_1.fastq.gz .
ascp -QT -l 300m -P33001 -L- -k1 -i asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR212/075/SRR21290175/SRR21290175_2.fastq.gz .
ascp -QT -l 300m -P33001 -L- -k1 -i asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR212/076/SRR21290176/SRR21290176_1.fastq.gz .
ascp -QT -l 300m -P33001 -L- -k1 -i asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR212/076/SRR21290176/SRR21290176_2.fastq.gz .
ascp -QT -l 300m -P33001 -L- -k1 -i asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR212/074/SRR21290174/SRR21290174_1.fastq.gz .
ascp -QT -l 300m -P33001 -L- -k1 -i asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR212/074/SRR21290174/SRR21290174_2.fastq.gz .

随后将asperaweb_id_dsa.openssh文件（见本文顶部）与上面修改过的命令行放入同一路径下，即可运行脚本。

注：需要在Linux服务器或者Windows本地部署好Aspera软件，并可成功运行ascp命令。

time nohup sh jobs_for_dowloaded.sh &

等待下载完成即可。

注意事项：

下载过程中可能某些文件会下载中断/失败，完成一次下载后，可以将下载成功的注释掉（标#），再将脚本运行一遍，反复几次绝大多数即可成功。
此方法linux服务器和Windows本地PC都可成功运行。Windows PC可能需要安装Git for Windows（右键Git Bash here）。下载到本地后再上传至服务器即可。
若有极个别的文件反复下载不成功，可以尝试用本地迅雷下载，下载链接也可从SRA Explorer找到，如下：