批量下载sra文件linux,使用asperasoft高速下载SRA数据

原标题：使用asperasoft高速下载SRA数据

除了使用SRA Toolkit或者直接用FTP来下载NCBI中的SRA数据以外，我们还可以使用asperasoft来高速下载SRA数据，小编实测下载速度惊人：

关于如何用SRA Toolkit下载SRA数据可详见生信草堂的往期文章：如何快速下载NCBI-SRA的测序原始数据(这边插入超链接)使用教程软件下载：wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz解压并安装：tar -zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz sh aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh添加环境变量：vi ~/.bashrc export PATH="/home/username/.aspera/connect/bin:$PATH" # username为你的用户名下载单个SRA文件ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR526/SRR5266611/SRR5266611.sra .Aspera的用法：$ ascp [参数] 目标文件 目的地址 Aspera的常用参数： -T 不进行加密。若不添加此参数，可能会下载不了。 -i string 输入私钥，安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下有几个私钥，使用 linux 服务器的时候一般使用 asperaweb_id_dsa.openssh 文件作为私钥。 --host=string ftp的host名，NCBI的为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov；EBI的为fasp.sra.ebi.ac.uk。 --user=string 用户名，NCBI的为anonftp，EBI的为era-fasp。 --mode=string 选择模式，上传为 send，下载为 recv。 -l string 设置最大传输速度，比如设置为 200M 则表示最大传输速度为 200m/s。若不设置该参数，则一般可达到10m/s的速度，而设置了，传输速度可以更高。批量下载首先创建一个accession文件，用于保存序列号$ head accession.txt SRR5266611 SRR5266610 SRR5266609 SRR5266608 SRR5266607 SRR5266606写个简单的循环，进行批量下载：for i in `cat accession.txt`;do x=$(echo $i | cut -b1-6) y=$(echo $i | cut -b1-3) ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/$y/$x/$i/$i.sra . done地址规律：/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/{SRR|ERR|DRR}///.sra转自生信草堂公众号，已授权生信草堂浙大生信博士团队倾力打造的一个科研人员学习交流的公众微信平台。我们致力于科研社区服务，分享最前沿的科技进展，提供生信分析方法，解读经典分析案例，公众数据库的挖掘和临床数据统计分析。在此我们欢迎各位的加入！加微信bioinformatics88拉您进生信交流群

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