ChIP-seq笔记

最新推荐文章于 2024-08-18 09:00:00 发布
最新推荐文章于 2024-08-18 09:00:00 发布
阅读量9.1k 收藏 58
点赞数 7
文章标签： ChIP-seq学习笔记
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/sunyu_03/article/details/82766641
版权
本文详细记录了ChIP-seq实验的全过程，包括数据下载、质量控制、比对到参考基因组、搜峰及峰注释、作图分析等步骤。通过实例介绍了bowtie2和MACS2的使用，并探讨了ChIP-seq在TSS区域的结合情况。适合初学者参考。
摘要由CSDN通过智能技术生成

文章目录

ChIP-seq学习

这是我第一次做ChIP-seq，将所有的步骤以及代码全部记录下来，如有错误欢迎大家指正。

chip-seq主要有四个步骤
Cross-linking（DNA和蛋白质交联）
Sonication（超声将染色体切割）
IP（利用抗原抗体的特异性识别）
Sequencing（测序）

（Linux操作系统CentOS）
流程图
在这里插入图片描述

1 数据下载

1.1 数据主要分为三个部分

（1）ivf GSE112546
（2）scnt GSE112546
（3）zyy GSE73952

1.2 从NCBI上下载数据

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR714/SRR7145717/SRR7145717.sra #Morula.IVF.H3K27me3.Rep1
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR714/SRR7145718/SRR7145718.sra #Morula.IVF.H3K27me3.Rep2
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR714/SRR7145722/SRR7145722.sra #Morula.IVF.Input

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR714/SRR7145719/SRR7145719.sra #Morula.SCNT.H3K27me3.Rep1
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR714/SRR7145720/SRR7145720.sra #Morula.SCNT.H3K27me3.Rep2
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR714/SRR7145721/SRR7145721.sra #Morula.SCNT.Input

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR320/SRR3208744/SRR3208744.sra #MII Oocyte Input
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR320/SRR3208749/SRR3208749.sra #MII Oocyte H3K27me3 rep1
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR320/SRR3208750/SRR3208750.sra #MII Oocyte H3K27me3 rep2
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR320/SRR3208751/SRR3208751.sra #MII Oocyte H3K27me3 rep3

ESC
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR320/SRR3208788/SRR3208788.sra #ESC input
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR320/SRR3208791/SRR3208791.sra #ESC H3K27me3 rep1
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR320/SRR3208792/SRR3208792.sra #ESC H3K27me3 rep2
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR320/SRR3208793/SRR3208793.sra #ESC H3K27me3 rep3
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR320/SRR3208794/SRR3208794.sra #ESC H3K27me3 rep4

TSC
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR320/SRR3208795/SRR3208795.sra #TSC input
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR320/SRR3208799/SRR3208799.sra #TSC H3K27me3 rep1
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR320/SRR3208800/SRR3208800.sra #TSC H3K27me3 rep2
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR320/SRR3208801/SRR3208801.sra #TSC H3K27me3 rep3

2 质量控制

2.1 软件安装

#安装sratoolkit

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz

#解压sratoolkit

tar -zxvf sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz

2.2 转化数据格式 sra ----- fastq

for i in *sra 
do
echo $i
/data/sunyu/h3k27/sratoolkit/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-3 $i; 
done

2.3 下载小鼠参考基因组的index

wget -c "ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/data/bowtie2_indexes/mm10.zip" &```
unzip mm10.zip

2.4 质量检测

for i in *fastq
do
fastqc -t 4 $i
done

2.5 质控结果批量查看

multiqc *fastqc.zip --export

如果没有添加环境变量可采用一下方法

export PATH=$PATH:/data/sunyu/anaconda2/bin
multiqc *fastqc.zip --export

##trimmomatic

安装 trimmomatic

wget -c http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zip &
unzip Trimmomatic-0.38.zip

2.6 数据清理

-threads 设置多线程运行

java -jar /data/sunyu/h3k27/trimmomatic/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar SE -threads 10 -phred33 SRR7145717.fastq output_SRR7145717.fastq ILLUMINACLIP:/data/sunyu/h3k27/trimmomatic/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq3-SE.fa:2:30:10 TRAILING:4 HEADCROP:15 MINLEN:36

在数据清理的过程中存在两个模式
单末端 SE

java -jar /path/Trimmomatic/trimmomatic-0.36.jar SE -phred33 -trimlog se.logfile raw_data/untreated.fq out.untreated.fq.gz ILLUMINACLIP:/path/Trimmomatic/adapters/TruSeq3-SE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:5 TRAILING:5 MINLEN:50

和双末端 PE

java -jar /path/Trimmomatic/trimmomatic-0.36.jar PE -phred33 -trimlog logfile reads_1.fq.gz reads_2.fq.gz out.read_1.fq.gz out.trim.read_1.fq.gz out.read_2.fq.gz out.trim.read_2.fq.gz ILLUMINACLIP:/path/Trimmomatic/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:5 TRAILING:5 MINLEN:50

如果大家想要了解更多数据质控给大家推荐个连接
https://zhuanlan.zhihu.com/p/28802083

语句 说明
ILLUMINACLIP 去接头
adapters Exome.fa ：adapter 序列的 fasta 文件
2 16 个碱基长度的种子序列中可以有 2 个错配
30 采用回文模式时匹配得分至少为30 (约50个碱基)
10 采用简单模式时匹配得分至少为10 (约17个碱基)
ILLUMINACLIP “$adapter”/Exome.fa:2:30:10 \
LEADING:3 从序列的开头开始去掉质量值小于 3 的碱基；
TRAILING:3 从序列的末尾开始去掉质量值小于 3 的碱基；
SLIDINGWINDOW:4:15 从 5’ 端开始以 4 bp 的窗口计算碱基平均质量，
如果此平均值低于 15 则从这个位置截断 read；
HEADCROP 在reads的首端切除指定的长度；
MINLEN:36 如果 reads 长度小于 36 bp 则扔掉整条 read。

3 对比到参考基因组

3.1 bowtie2

3.1.1 首先
最低0.47元/天 解锁文章
sunyu_03
关注
CHIP-seq 分析笔记
samhuairen的专栏
08-09 4305
本周学习一下CHIP-seq。 并根据网上的教程，自己实践一下， 一方面是要为了弄清楚什么是chip-seq, 这个技术有什么用，另一个方面是想学习一下这个技术如何来实践， 本文参考的文章主要来自生信技能树，以及简书上的其他作者写的教程，由于每个人在做分析时，使用的操作系统不一样，所以网上的代码在自己的电脑上进行运行的时候经常出现问题，这需要每个人针对自己的情况进行分析和总结。 本次分析采用...
ChIP-seq
Al_Liz_Well
07-05 1318
ChIP-seq
CHIP数据下载链接
05-22
有助于快速找到CHIP的相关数据,因为CHIP是统计学中常用的量化数据，可以从中提炼很多有价值的信息，希望可以帮助各位。
全球最大的开源项目管理基地 GitHub 的魅力
最新发布
Lion_Long的博客
08-18 5642
GitHub不仅为开发者提供了代码托管、版本控制和项目协作的强大工具，更是一个汇聚了全球程序员和技术爱好者的社区。在这个平台上，数以百万计的开源项目不断地推动着软件开发的边界，促进了知识共享和技术传播。本文将深入探讨GitHub的魅力所在，分析其在开源生态系统中的重要角色，以及为什么它成为无数开发者和企业的首选。
ChIP-seq基础入门
weixin_33976072的博客
08-18 1928
理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RNA结构变化等，而表观组研究的问题是在基因序列不变的情况下，基因的表达、调控和性状发生了可遗传变化的分子机制。也...
Chip-seq分析笔记
m0_61637806的博客
10-15 2686
目录 前言 一、软件安装 二、创建环境及安装软件 1.创建环境 chipseq 2.chipseq 环境下安装软件 三、具体分析步骤 1.数据来源 2.下载数据并重命名 3.fastq 文件转换（--sra-id此步骤把 SRR 的名称改掉，加快运行速度，速度非常快） 4.质控 4.1 trim_galore 4.2 FastQC质控报告生成（旧的数据） 5.bowtie2比对(15min/file) 6.samtools sam转换bam 6.1view ...
CHIP-seq流程学习笔记（7）-热图软件 deeptools
垚垚爸的博客
09-22 1万+
5.使用deeptools对结果进行作图 deepTools 是一套基于python开发的工具，适用于有效处理分析高通量测序数据，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。需要在Linux服务器上，使用conda进行安装。 deepTools包含许多可用工具，在使用时，需要单独调用它自己的名字。 1. 各工具的介绍如下： [ Tools for BAM and bigWig file processing ] multiBamSummary compute read
ChIP-seq analysis (代码)
qq_42639688的博客
04-29 1687
使用的测试数据均来自文章: The transcriptional repressors VAL1 and VAL2 mediate genome-wide recruitment of the CHD3 chromatin remodeler PICKLE in Arabidopsis https://academic.oup.com/plcell/article/34/10/3915/6648467?login=falseGEO accession: GSE186157 (https://www.ncb
ChIP-seq分析（Galaxy）
qq_42639688的博客
04-28 1450
Galaxy (https://usegalaxy.org/) 1. fastp: (-g -q 5 -u 50 -n 15 -l 150) fast all-in-one preprocessing for FASTQ files (Galaxy Version 0.23.2+galaxy0) 2. Mapping: Bowtie2 map reads against reference genome(Galaxy Version 2.5.0+galaxy0) 3. 排序: SAMtools
ChIP-seq(2):ChIP-seq peaks可视化（Rstudio） 学习笔记
leo12354的博客
05-08 1万+
好了，可以在R语言里玩耍了。 参考资料： ChIP分析流程 Chip-seq 实战分析流程 1.安装软件 （之前安装过，先检测一下） source ("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("ChIPseeker") biocLite("TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene") biocLite("org.Mm.eg.db") biocLite("clusterProfiler") 在安装 org.Mm.eg.db 时，
python画图如何设置格式_[软件使用05] 快速使用 Deeptools 对 ChIP-seq 数据画图！
weixin_39895486的博客
11-26 1039
前情提要： [软件使用 3] 使用MACS2分析ChIP-seq数据，快速入门！ 详细讲解了ChIP-seq的一些基本概念、数据的下载和处理，并且也用 ChIPseeker 初步画图。本文主要讲述如何用 Deeptools 对 ChIP-seq 数据进行图形呈现：一、基本概念 1.1 Deeptools 的用途 1.2 TSS 1.3 BED 格式 二、画图 2.1 ComputeMatrix ...
deepTools对ChIP-seq数据可视化
qq_27390023的博客
06-25 1322
deepTools是一套python工具，特别为高效分析高通量测序数据而开发，如ChIP-seq、RNA-seq或MNase-seq。 参考：https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/tools/computeMatrix.html http://deeptools.readthedocs.org/en/latest/content/example_gallery.html#normalized-chip-seq-signals-and-p
ChIPseeker包对ChIP-seq peaks可视化
qq_27390023的博客
06-19 1555
ChIPseeker软件包实现了以下功能：检索峰值附近最近的基因、注释峰值的基因组区域、估计芯片峰值数据集之间重叠重要性的统计方法，以及整合地理数据库，以便用户将自己的数据集与存储在数据库中的数据集进行比较。比较可以用来推断合作规则，因此可以用来生成假设。实现了几个可视化功能，以总结峰实验的覆盖范围、结合到TSS区域的峰的平均轮廓和热图、基因组注释、到TSS的距离以及峰或基因的重叠。...
CHIP-seq 全流程
doctor_yuxiang的博客
10-09 1543
chipseq
Chip-seq流程报告
热门推荐
生物医学信息学博客
02-01 3万+
实验旨在了解Chip-seq的基本原理。通过模仿文献《Targeting superenhancerassociated oncogenes in oesophageal squamous cell carcinoma》的流程，学会利用NCBI和EBI数据库下载数据，熟悉Linux下的基本操作，并使用R语言画图，用Python或者shell写脚本进行基本的数据处理，通过FastQC
chip画图
qq_39306047的博客
06-07 1629
library(ChIPseeker) library(ggplot2) library(dplyr) library(org.Mm.eg.db) require(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene) txdb <- TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene#TxDb文件 #f <- getSampleFiles()[[4]]#.bed文件,这里用包里的测试数据 DM1 <- "C:\\Users\\admin\\Desk.
ChIPseeker入门到精通
生信小博士的博客
12-16 3898
刘小泽写于2020.5.23-24 Y叔的原文在：https://mp.weixin.qq.com/s/3CMj0xejiV-FSMC-Vxd_-w 0 ChIPseeker的诞生 Y叔一开始使用ChIPpeakAnno进行注释，但使用UCSC genome browser检验结果的时候，发现对不上；另外之前在使用ChIPpeakAnno过程中写了一些可视化函数。后来经过漫长的半夜宿舍苦战，写出了ChIPseeker 1 ChIP-seq简介 ChIP是指染色质免疫沉淀，它通特异结合抗体将DNA结合蛋白免疫
ChIP-seq数据处理流程(附赠长达5小时的视频指导)
生信小博士的博客
12-15 5773
本次给学徒讲解的文章是 : Brookes, E. et al. Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymerase II variant, and regulates metabolic genes in ESCs. Cell Stem Cell 10, 157–170 (2012). 查看文章发现数据是： Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymerase
Chip-seq数据分析
04-04
Chip-seq（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing）是一种常用的表观遗传学研究方法，用于研究染色质上的蛋白质与DNA相互作用的情况。Chip-seq数据分析是指对Chip-seq实验所得到的大量序列数据进行处理和分析，...
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值