生信技能51 - 基于BAM文件的微生物污染分析流程

最新推荐文章于 2025-06-13 10:25:00 发布
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分类专栏： 生信分析项目实战技能合集 文章标签： python 数据分析 数据挖掘
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微生物污染分析流程

需提前安装好bwa, bowtie2, samtools，提取未比对到人类参考基因组的bam文件，将其比对到微生物参考基因组，根据比对情况查看是否存在污染。

微生物基因组下载可参考本人文章：

生信软件24 - 查询物种分类学信息和下载基因组TaxonKit和ncbi-genome-download

人类参考基因组构建参考本人文章：

生信技能34 - 通过UCSC单条染色体Fasta序列构建hg19参考序列及其索引

生信技能39 - 通过UCSC单条染色体Fasta序列构建hg38参考序列及其索引

# python 3.9
import pandas as
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病原微生物扩增子数据分析实战（二）：fastp软件进行质量控制
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
09-05 1713
接上一篇，数据拆分完成后，得到 FASTQ 文件，下面对数据进行质控。当前主流测序平台的数据存储格式无外乎两种，FASTQ（Illumina, MGI），BAM（Life Ion Tor...
fastq质量值_fastq格式文件处理大全（一）
weixin_39923572的博客
12-23 1050
从计算机的角度来说，生物的序列属于一种字符串，也是一种文本，因此生物信息分析属于文本处理范畴。文本存储为固定格式文件，生物信息的工作就是各种文本文件之间格式的转换，例如通过序列拼接将fastq转换为fasta，通过短序列比对将fastq与fasta合并为bam，通过变异检测将bam中突变位点提取出来转换为vcf。因此，我们可以通过总结每一种生物数据文件格式的处理方法来学习生物信息，这样当...
检测和估计样本间 DNA 污染-VerifyBamID2
yoerplvr的博客
04-17 1228
提供 VCF 和基因组 FASTA 文件即可制作自己的资源文件进行鉴定污染，这个方法适合于靶向测序数据，因为检测的突变位点比较少，不适合使用作者提供的 100k 和 10k 突变位点的资源文件。提取vcf建议从 1000g phase3 数据库中提取。for i in {1000g phase3 数据下载地址：https://hgdownload.cse.ucsc.edu/gbdb/hg19/1000Genomes/phase3/2. 合并vcf。
VerifyBamID:VerifyBamID2
05-27
VerifyBamID2 动机：检测和估计样品间DNA污染已成为至关重要的质量评估步骤，以确保高质量的序列读取和可靠的下游分析。 在许多现有模型中，等位基因频率通常用于计算先验基因型概率。 缺少等位基因频率的准确分配可能会导致对污染水平的低估。 因此，我们提出了这种与血统无关的DNA污染估计方法。 结果：我们通过模拟1％到20％的污染水平并比较了从不同方法获得的污染估计值，将我们的方法应用于1000个基因组数据集。 与特定人群的等位基因频率相比，使用合并的等位基因频率时，我们观察到CEU，YRI，FIN和CHS人群的污染水平分别低估了20％，40％，51％和73％。 使用我们的新方法，低估偏差减少到了2％至5％。 输入文件：对齐的NGS序列文件（BAM或CRAM）； 与标记有关的文件（在基因型矩阵上的SVD结果，在resorce目录中提供） 请引用：张凡，Matthew Flick
去污染(宿主)过程记录
better_strong的博客
01-10 8342
去宿主污染用了两个软件kneaddata、bowtie 一.kneaddata (虽然去除了，但结果是不符合要求的) 首先是用kneaddata去污染整个过程的记录： 1.构建污染物(宿主)的基因组索引(假设污染物参考基因组为genomic.fa) bowtie2-build genomic.fa genomic 2.使用kneaddata去除宿主(污染物) kneaddata...
Biostatistics
04-11
生物统计学 生物统计学课程 Biostat-Lecture 1.pdf = 1.每周讲义 Biostat-Lecture 2.pdf =第2周的讲义 Biostat-Lecture 3.pdf = 3.每周讲义 Biostat-Lecture 4.pdf =第4周的讲义 Biostat-Lecture 5.pdf = 5.每周讲义 Biostat-Lecture 6.pdf =第六周讲义 Biostat-Lecture 7.pdf =第七周讲义 Biostat讲座8.pdf = 8.每周讲座笔记
遗传：微生物组数据分析方法与应用
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
09-05 6831
本文版权归《遗传》杂志，已获授权，转载请联系杂志社微生物组数据分析方法与应用刘永鑫1,2，秦媛1,2,3，郭晓璇1,2，白洋1,2,31. 中国科学院遗传与发育生物学研究所，植物基因组学...
大盘鸡的做法-高剑
ANNOROAD的博客
09-22 6114
第一单元 基因组学相关基础知识（8分） 1、 人类基因组组成与遗传规律： DNA的分子结构 DNA分子是以A,T,C,G 4种脱氧核苷酸为单位组成的双螺旋结构。碱基对是以氢键相结合的两个含氮碱基，以胸腺嘧啶（T）、腺嘌呤（A）、胞嘧啶（C）和鸟嘌呤（G）四种碱基排列成碱基序列，其中A与T之间由两个氢键连接，G与C之间由三个氢键连接。 DNA复制方式  半保留复制。  起始阶段-&gt...
高通量DNA测序数据的生物信息学方法
weixin_45585364的博客
05-13 1754
詹晓娟1，姚登举2，朱怀球31. 黑龙江工程学院计算机科学与技术学院，黑龙江 哈尔滨 150050；2. 哈尔滨理工大学软件学院，黑龙江 哈尔滨 150040； ...
fastq质量值_NanoPlot：三代纳米孔测序数据质量评估
weixin_39572152的博客
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简介二代测序最常用的质量评估软件是FastQC，多样本时可进一步结合MultiQC。此外速度超快的fastp也特别推荐，而且包括质量评估、质量控制等功能，可以说是国产软件之光，详见下方详细教程：数据的质量控制软件——FastQC整合QC质控结果的利器——MultiQC极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp三代纳米孔(Nanopore)测序数据与二代Illumina测序数据相比，具...
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基因组时代线粒体基因组拼装策略及软件应用现状匡卫民，于黎云南大学生命科学学院，省部共建生物资源保护与利用国家重点实验室，昆明 650091原文链接：http://www.chinagen...
Python测试框架库之pytest使用详解
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pytest作为Python测试领域的领先框架，以其简洁的语法、强大的功能和丰富的生态系统赢得了广泛认可。从基础的单元测试到复杂的集成测试，pytest都能提供优雅的解决方案。其fixture机制、参数化测试和灵活的配置选项，使得测试代码的编写和维护变得更加高效。
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any()函数用于判断可迭代对象中是否存在至少一个为True的元素，它就像是一个"是否存在"的快速检测器。想象一下，当你需要检查列表中是否有元素满足某个条件时，any()可以让你用一行代码就搞定原本需要多行循环才能实现的功能。接下来，让我们一起探索这个函数的用法、原理和实际应用场景吧！
Seaborn入门到上头：让数据可视化变成享受的艺术（附防秃指南）
kernelcraft的博客
06-11 811
这个基于Matplotlib的统计绘图库，简直就是数据分析师的时尚造型师。悄悄说个骚操作：先用Seaborn画基础图，再用Matplotlib微调细节，效率颜值两不误！（重要的事情说三遍！）Matplotlib是必须的！Matplotlib是必须的！Matplotlib是必须的！最后送大家一句Seaborn哲学：如果一个图需要超过5句代码，那肯定有更优雅的写法！Seaborn是高级封装，Matplotlib是底层引擎。对角线放直方图，上半部分散点图，下半部分密度图——这才是探索数据关系的正确姿势！
chip-seq的生信分析流程
03-09
<think>好的，我现在需要帮助用户了解ChIP-seq的生物信息学分析流程。用户已经提供了一些参考引用，里面提到了几个关键步骤和工具，比如比对到参考基因组、峰值调用，以及使用的工具如FastQC、Bowtie2、MACS2等。首先，我应该先回忆一下ChIP-seq的标准流程，然后结合用户提供的引用内容，整理出一个清晰的步骤说明。 首先，用户给的三个引用中，引用[1]详细列出了处理SRR14879780数据的步骤，包括环境准备、质量控制、比对、峰值调用和基序分析。引用[2]提到了ENCODE的标准流程，可能涉及数据标准和处理的不同阶段。引用[3]则讨论了数据可视化工具的选择，如IGV和UCSC Genome Browser。我需要将这些信息整合成一个连贯的流程。 接下来，我需要确定回答的结构是否清晰。通常，ChIP-seq流程包括数据质控、预处理、比对、后处理、峰值检测、注释与富集分析、可视化、基序分析等步骤。用户的问题是关于步骤和方法的，所以每个步骤需要简要说明使用的工具和方法，并适当引用提供的资料。 需要注意的是，用户提到必须使用中文回答，并且行内数学公式用$...$，独立公式用$$...$$。不过ChIP-seq分析流程可能较少涉及数学公式，但如果有相关统计方法，可能需要提到，比如峰值调用中的统计模型。例如，MACS2使用泊松分布或负二项分布来识别显著富集区域，这时候可能需要公式。 另外，用户要求生成相关问题，我需要根据回答内容提出几个相关问题，比如各个步骤的详细方法、工具比较、数据标准等。 现在需要检查是否有遗漏的步骤。引用[1]中的步骤包括准备环境、质量控制、去接头、比对、过滤排序、峰值调用、基序分析。引用[3]补充了可视化的部分。可能还需要数据下载和预处理，比如使用SRA Toolkit下载数据，但用户提供的引用中没有提到，可能需要假设用户已有数据。或者根据引用[1]中的步骤1，准备环境可能包括软件安装和数据准备。 另外，是否需要解释每个工具的作用？比如FastQC用于质控，Trim Galore用于去接头和裁剪，Bowtie2用于比对，samtools处理SAM/BAM文件，MACS2用于峰值检测，MEME-ChIP用于基序分析。这些都需要在步骤中说明。 在回答时，需要按照逻辑顺序排列步骤，并引用对应的引用文献。例如，引用[1]中的步骤1到7，引用[3]中的可视化部分。同时，确保每个步骤的说明简洁明了，避免过于技术化，但足够详细让用户理解流程。 最后，生成相关问题需要考虑用户可能的后续疑问，比如各个步骤的详细参数设置、工具的比较（如为什么用Bowtie2而不用其他比对工具）、数据质控的标准、峰值调用的算法差异、可视化工具的选择等。 需要确保回答中没有错误，比如工具的正确使用顺序，以及引用对应的部分。例如，MACS2用于峰值调用是引用[1]提到的，而可视化部分引用[3]。同时，注意格式要求，如行内代码用反引号，步骤分点列出，使用中文等。 总结，回答的结构应该是： 1. 数据质控（FastQC） 2. 数据预处理（Trim Galore） 3. 序列比对（Bowtie2） 4. 后处理（samtools） 5. 峰值检测（MACS2） 6. 注释与富集分析 7. 可视化（IGV, UCSC） 8. 基序分析（MEME-ChIP） 9. 高级分析（可选） 每个步骤简要说明工具和目的，并添加引用。然后列出相关问题，如性能分析、工具选择、参数优化等。</think>### ChIP-seq生物信息学分析流程 ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）分析流程通常包含以下步骤，结合ENCODE标准及常用方法[^1][^2][^3]： --- #### **1. 数据质量控制** 使用`FastQC`评估原始测序数据质量，检查测序错误率、GC含量、重复序列等指标。低质量数据会导致后续分析误差，需特别关注Per base sequence quality和Adapter contamination模块。 ```bash fastqc SRR14879780_1.fastq SRR14879780_2.fastq ``` --- #### **2. 数据预处理** 通过`Trim Galore`自动去除接头序列并裁剪低质量碱基（通常质量值阈值设为$Q \geq 20$），处理后的数据保存为`.trimmed.fastq`： ```bash trim_galore --paired --quality 20 SRR14879780_1.fastq SRR14879780_2.fastq ``` --- #### **3. 序列比对** 使用`Bowtie2`将reads比对到参考基因组（如hg38），生成SAM/BAM文件。比对率需满足ENCODE标准（通常>70%）： ```bash bowtie2 -x hg38 -1 SRR14879780_1.trimmed.fastq -2 SRR14879780_2.trimmed.fastq -S aligned.sam ``` --- #### **4. 比对后处理** 利用`samtools`过滤低质量比对结果（如MAPQ < 30）并排序： ```bash samtools view -@ 8 -bS -q 30 aligned.sam | samtools sort -@ 8 -o sorted.bam ``` --- #### **5. 峰值检测** 使用`MACS2`识别显著富集区域。其核心算法基于局部泊松分布： $$ \lambda_{local} = \max(\lambda_{BG}, \lambda_{1kb} \times \frac{L}{1kb}) $$ 其中$\lambda_{BG}$为全局背景噪声，$L$为峰宽[^1]。 ```bash macs2 callpeak -t sorted.bam -c control.bam -f BAM -g hs -n output --broad ``` --- #### **6. 注释与富集分析** 通过`HOMER`或`ChIPseeker`对峰值进行基因注释，结合`DAVID`或`GREAT`分析功能富集。 --- #### **7. 可视化** - **IGV**：查看特定基因位点的reads分布（如TP53基因区域）[^3]。 - **UCSC Genome Browser**：生成可共享的基因组轨迹图。 --- #### **8. 基序分析** 使用`MEME-ChIP`预测转录因子结合基序，典型输出包括位置权重矩阵： $$ PWM_{i,j} = \log_2 \frac{p_{i,j}}{b_j} $$ 其中$p_{i,j}$为碱基$j$在位置$i$的频率，$b_j$为背景频率。 --- #### **9. 高级分析（可选）** - 差异结合分析（如`DiffBind`） - 与ATAC-seq或RNA-seq数据整合 ---
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