配置Jupyter Notebook并安装R内核

使用 Conda 安装Jupyter Notebook

conda install -c anaconda jupyter

配置 Jupyter Notebook 远程控制

步骤 1：生成 Jupyter Notebook 配置文件

首先，您需要生成 Jupyter Notebook 的配置文件，这将用于配置远程访问选项。

生成配置文件：

在终端中执行以下命令以生成配置文件：

jupyter notebook --generate-config

生成密钥：

接下来，您需要生成一个密码的 hash 值，以保护 Jupyter Notebook。打开终端并执行以下步骤：

1. 启动 IPython：

ipython

2. 输入以下 Python 代码以生成密码的 hash 值：

from jupyter_server.auth import passwd
passwd()

输入您希望设置的密码并进行确认。系统将生成密码的 hash 值，将其保存以备后用。

步骤 2：修改配置文件

现在，您需要编辑 Jupyter Notebook 的配置文件以配置远程访问选项。

修改配置文件：

在终端中使用文本编辑器（例如，Vim）打开配置文件：

vim ~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

在文件末尾添加以下配置选项：

c.NotebookApp.open_browser = False
c.NotebookApp.password = 'your_password_hash_here'
c.NotebookApp.port = 8888
c.NotebookApp.allow_remote_access = True
c.NotebookApp.allow_root = True
c.NotebookApp.ip = '*'

• c.NotebookApp.open_browser = False：防止 Jupyter 自动在浏览器中打开。
• c.NotebookApp.password：将 ‘your_password_hash_here’ 替换为之前生成的密码的 hash 值。
• c.NotebookApp.port：随机选择一个未被使用的端口，用于 SSH 转发。
• c.NotebookApp.allow_remote_access = True：允许远程访问。
• c.NotebookApp.allow_root = True：允许以 root 用户身份运行 Jupyter Notebook。
• c.NotebookApp.ip = '*'：允许来自任何 IP 地址的连接。

步骤 3：运行 Jupyter Notebook

现在，您可以运行 Jupyter Notebook 服务器：

jupyter notebook

步骤 4：远程连接 Jupyter Notebook

在浏览器中输入以下 URL：

http://your_server_ip:8888

• your_server_ip 是运行 Jupyter Notebook 服务器的计算机的 IP 地址或域名。
• 8888 是之前配置的端口号。

访问此 URL 后，Jupyter Notebook 将要求您输入之前设置的密码。输入密码后，您将成功远程访问 Jupyter Notebook，以进行数据科学和编程工作。

⚠️****注意
在使用docker配置的服务器中，远程连接的端口号是映射出来的端口号，例如容器内的8888端口映射到1022，那么在浏览器中输入的地址应该是http://your_server_ip:1022

Jupyter Notebook 创建和更换内核

Jupyter Notebook 是一个强大的交互式计算工具，它允许您在同一个笔记本中使用不同的编程语言内核。本文档将指导您如何在 Jupyter Notebook 中创建新内核并在基础环境中更换内核。

步骤 1：在 Conda 中创建新的环境

首先，您需要在 Conda 中创建一个新的 Python 环境，以便在其中安装和配置新内核。

创建新环境：

在终端中运行以下命令来创建一个新的 Conda 环境：

conda create -n myenv python=3.8

替换 myenv 为您希望的环境名称，python=3.8 可以根据您的需求选择其他 Python 版本。

激活新环境：

激活新环境以确保您安装的软件包和内核将与该环境关联。

conda activate myenv

步骤 2：安装 ipykernel 并命名内核

在新环境中，您需要安装 ipykernel 包并为内核命名。

安装 ipykernel：

使用 Conda 安装 ipykernel 包：

conda install ipykernel

为内核命名：

为了在 Jupyter Notebook 中识别内核，您需要为内核命名。请注意，您可以将 myenv 替换为您的环境名称，custom_kernel_name 替换为您希望为内核选择的名称。

python -m ipykernel install --user --name custom_kernel_name

步骤 3：在 Jupyter Notebook 中更换内核

现在，您已经创建了新内核并安装了它，可以在 Jupyter Notebook 中更换内核了。

启动 Jupyter Notebook：

在终端中（base环境）运行以下命令以启动 Jupyter Notebook 服务器：

jupyter notebook

更换内核：

1. 在 Jupyter Notebook 中打开或创建一个笔记本。
2. 在菜单栏中选择 “Kernel”。
3. 在 “Change Kernel” 或 “Switch Kernel” 下拉菜单中，选择您刚刚创建的内核，即 custom_kernel_name。

现在，您可以在 Jupyter Notebook 中使用新创建的内核运行代码和分析数据。这使您能够轻松地切换和使用不同的编程环境，以满足您的项目需求。

Jupyter Notebook 中使用R内核

Jupyter Notebook 支持多种编程语言，包括 R。下面是如何在 Jupyter Notebook 中创建和更换到 R 内核的步骤。

步骤 1：创建新的 Conda 环境

首先，您需要创建一个新的 Conda 环境，以隔离 R 环境和依赖。

创建新环境：

在终端中运行以下命令以创建新的 Conda 环境，例如，命名为 r_env：

conda create -n r_env r-essentials r-base

步骤 2：安装IRkernel

激活新环境：

激活新创建的环境：

conda activate r_env

安装 IRkernel：

安装 IRkernel 包，它将使 R 内核可用于 Jupyter Notebook：

conda install -c conda-forge r-irkernel

步骤 3：在 Jupyter Notebook 中注册 R 内核

在 Jupyter Notebook 中注册 R 内核，以便您可以在笔记本中使用它。

激活新环境：

确保您在之前创建的 Conda 环境中：

conda activate r_env

启动 R：

在终端中运行 R：

R

在 R 中运行以下命令：

IRkernel::installspec(user = FALSE)

这将在 Jupyter Notebook 中注册 R 内核。

步骤 4：在 Jupyter Notebook 中更换 R 内核

现在，您可以在 Jupyter Notebook 中切换到 R 内核。

启动 Jupyter Notebook：

在终端（base环境）中运行以下命令以启动 Jupyter Notebook 服务器：

jupyter notebook

创建或打开笔记本：

在 Jupyter Notebook 用户界面中，创建新的笔记本或打开已存在的。

更换内核：

在笔记本的顶部菜单中，选择 “Kernel”，然后在 “Change Kernel” 或 “Switch Kernel” 下拉菜单中，选择 “R” 或其他已注册的 R 内核。

现在，您可以在 Jupyter Notebook 中使用 R 内核运行 R 代码和分析数据。这使您能够在 Jupyter 中结合多种编程语言来进行数据分析和编程工作。

注意事项

一般建议先安装mamba方便安装包

安装了mamba之后可以用mamba替代conda命令

conda install -c conda-forge mamba
conda install -c "conda-forge/label/broken" mamba
conda install -c "conda-forge/label/cf202003" mamba
conda install -c "conda-forge/label/mamba-alpha" mamba

注册 R 内核的时候出现的问题

报错

> IRkernel::installspec()
Error in IRkernel::installspec() : 
  jupyter-client has to be installed but "jupyter kernelspec --version" exited with code 127.
In addition: Warning message:
In system2("jupyter", c("kernelspec", "--version"), FALSE, FALSE) :
  error in running command

解决方法

安装jupyter-client

conda install -c conda-forge jupyter_client