上海凌恩生物现有PacBio测序平台,可以为广大科研用户提供三代HiFi测序服务项目。凌恩生物依托具有数十年组学研究经验的实验及生信分析团队,可提供个性化定制版解决方案,更好的服务组学科研,为您的学术研究提供更具性价比的服务与选择。
![](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/88bd7569e5467e4d989a8bad9f3bb81b.png)
期刊:Nature
影响因子:69.504
发表时间:2022年6月
发表单位:中国农业科学院深圳农业基因组研究所
一、研究背景
遗传力是遗传方差在表型方差中所占的比值,是杂交后代进行选择的一个指标。遗传力缺失是指遗传标记估计的遗传力以及通过GWAS发现的所有相关基因所贡献的遗传力总和均低于实际的遗传力,是复杂生物性状遗传分析面临的主要问题。图形泛基因组是指以参考基因组为框架,将其他个体材料基因组序列与之比对,存在差异的地方构成不同的分支,并随着新序列的加入不断扩展变化,最终构建出一个包含全部变异信息的复杂图形结构。研究利用图形泛基因组寻找番茄遗传力缺失的原因,提高番茄的育种能力。
二、实验设计流程
![](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/30af440bc10a573af0cab3c5e657fa87.png)
![](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/fda052dfb7d27a005bef087ddd24ac91.png)
三、研究结论
1. 图形泛基因组的组装
01、构建多个个体基因组
利用HiFi和Hi-C reads组装出主干基因组 (SL5.0),还组装了31个红果番茄的基因组,包括15份大果番茄(S. lycopersicum,BIG),8份樱桃番茄(S. lycopersicum var. cerasiforme, CER)和8份S. pimpinellifolium(PIM,现代栽培番茄的祖先)。这些高质量的基因组是构建番茄图形泛基因组的第一步。
02、构建图形泛基因组
以SL5.0为主干,将识别到的SNPs、Indels、SVs整合到SL5.0中,得到的番茄图形泛基因组(TGG1.0),其大小为1,007Mb。将之前研究中积累的番茄Illumina 短reads比对到TGG1.0,得到新的变异图谱命名为TGG1.1。
03、图形泛基因组优势
研究分别比较了来自图形泛基因组和线性基因组的 SNPs、Indels 和 SVs 性能指标,发现图形泛基因组在各方面明显优于线性基因组(图1c)。TGG1.1是迄今为止最全面、最准确的番茄基因组变异图谱之一。
![](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/792e89c104edef7fab401a3c43c621ca.png)
图1 番茄全基因组和图形泛基因组
2、利用图形泛基因组捕获缺失遗传力
为了评估图形泛基因组捕获缺失遗传力的能力,本研究使用 LDAK对 332 份番茄样本的 20323 个分子性状进行了遗传变异分析。证实了图形泛基因组通过包含可能的因果SVs来解决不完全的连锁和等位基因异质性,从而捕获缺失的遗传力。
![](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/b6cb4d63a3f264168efd0b6117946f7f.png)
图2 遗传变异对遗传力的贡献
3、图形泛基因组增强番茄育种能力
在GWAS中发现的重要遗传变异是标记辅助选择(MAS)育种的重要候选标记。利用图形泛基因组在番茄育种中的附加价值,以番茄果实可溶性固形物含量(SSC)为育种指标进行概念论证研究。利用 SVs 设计标记分析是有价值的,突出了图形泛基因组在植物育种中的优势。
基因组选择(GS)是指根据所有标记的基因组估计值来选择优良株系,而不考虑它们的影响程度。使用191种SVs遗传力大于SNPs遗传力的代谢物进行GS,基于SVs的GS准确性高于SNPs(图4d)。这表明使用SVs捕获缺失遗传力可以提高GS的准确性(图4e)。
![](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/0daef63c9777cee3d4b21de22a60fbf1.png)
图4 图泛基因组赋予MAS和基因组选择
四、实验结论
本研究构建了番茄的图形泛基因组,包含了广泛的番茄种质的遗传变异。并且利用图形泛基因组的SVs揭示了不完全连锁、等位基因异质性和基因座异质性在捕获缺失遗传力方面的重要性,提高番茄的育种能力。
Tip:
凌恩生物明星产品,种质资源数字化解决方案重磅来袭!一站式服务,打造种质资源农业育种全套分析流程!四大模块,全方位开展高质量农业育种研究!
·全基因组重测序/简化基因组标记开发;
·动植物群体核心SNP筛选;
·育种SNP芯片产业化;
·组学数据-育种高通量表型数据联合构建农业育种平台
![](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/043c936e2fa6d9dac97af4dbb8fe848d.png)
参考文献
Graph pangenome captures missing heritability and empowers tomato breeding.Nature volume 606, pages527–534 (2022)
——更多信息可以关注凌恩生物weixin公众号喔~