nature子刊| 宏基因组+代谢组经典研究思路

糖尿病前期是发展成糖尿病的最后一步，不健康饮食会导致炎症性免疫反应，损害胰岛β细胞，导致胰岛素不足，进而影响多种代谢途径，是该病发生的重要因素。近期发表于Nature Communications上的研究，评估了不同饮食干预对糖尿病前期患者口腔和肠道菌群、代谢物和细胞因子的影响。发现饮食干预可以影响宿主的菌群、心脏代谢谱和免疫反应，这些因素之间存在良好的相关性，可以用于开发新的治疗方式。

实验方法

225名前糖尿病患者随机分为两组：个性化餐后葡萄糖靶向饮食（PPT）或地中海饮食（MED），在干预期间以及干预停止后两周，定时提供龈下菌斑、粪便和血清样本进行宏基因组测序和非靶代谢分析。

图1 实验设计

实验主要结果

1、不同饮食干预下微生物组的变化

通过宏基因组分析两组粪便、龈下菌斑样本。肠道微生物组中，PPT饮食组受试者肠道微生物组丰富度和细胞脱落数量显著增加，而MED饮食组仅显著增加肠道微生物组多样性，PPT饮食组有19种肠道微生物组的相对丰度显著增加，MED饮食组仅有4种；口腔微生物组中，研究员通过对微生物组丰富度、多样性和人细胞脱落的大量数据检测，发现只有PPT饮食组的多样性显著增加，而MET饮食组无明显变化。

2、不同饮食干预下代谢物的变化

通过LC-MS测定血清样品中代谢物浓度。发现PPT饮食组有84种代谢物显著升高，2种代谢物显著降低。MET饮食组有27种代谢物显著增加，没有代谢物显著减少。

图2 PPT饮食对微生物组和代谢物的影响大于MED饮食

3、微生物组介导饮食干预

研究者探究了微生物组是否介导了饮食干预对血糖、代谢和免疫调控的影响。通过收集每组患者中所有显著变化的特征，发现微生物在饮食干预对血糖、代谢和免疫调控的影响中起着中介作用，分类相似的物种可以发挥不同的中介作用。

4、微生物组成变化与代谢产物变化有关

根据干预前和干预后肠道微生物相对丰度，通过之前所建立的模型预测血清代谢物的量化变动，发现肠道微生物组成变化与血清代谢物之间强相关。

图3 微生物组的群落变化与代谢物的变化有关

5、口腔微生物组比肠道微生物组更有活力

对比饮食干预前后微生物组成，发现肠道微生物组变化较大。进一步评估微生物菌株的遗传水平，发现口腔微生物组的遗传动态明显高于肠道微生物组。当肠道微生物群落由于饮食干预和疾病状况而发生更大的成分变化时，口腔微生物组在遗传菌株水平上更具动态性。

图4 口腔微生物组比肠道微生物组更有活力

结论

本研究通过对糖尿病前期患者进行追踪调查，证明了饮食干预可以影响宿主的微生物组和免疫调控，并且这些因素之间具有关联。通过定制影响微生物组的餐后血糖靶向饮食，使其产生预期的代谢结果，为糖尿病前期患者的饮食指导提供新的方向。

参考文献

Impact of dietary interventions on pre-diabetic oral and gut microbiome,metabolites and cytokines.Nature Communications,2023.

原文链接

Doi.org/10.1038/s41467-023-41042-x