代谢组+基因组联合分析

最新推荐文章于 2025-01-06 17:06:24 发布
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分类专栏： 生物信息学 文章标签： 生物信息学 生物学
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本文链接：https://blog.csdn.net/aganlala/article/details/112878015
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本文探讨了代谢组学与全基因组关联分析的整合，如何通过结合定量代谢数据和大规模基因变异信息，深入理解疾病机制，提升复杂性状研究的效率。整合分析有助于揭示生物响应内外因素的分子细节，挑战在于有效整合多组学数据并应用于医学实践和药物研发。

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代谢组+基因组联合分析

简介

代谢组学是定量描述生物内源性代谢物对内外因变化应答规律的科学，能够直接反映生命体的终端和表型信息，近年来在疾病诊断和分型、生物标志物发现、药物研发、基因功能解析、代谢途径及调控机理等领域发挥着重要作用。全基因组关联分析(Genome-wide association study，GWAS) 常常用于疾病表型与相关变异位点研究，全基因组关联分析利用全基因组重测序或外显子测序技术获取数以百万计的SNP分子标记，与表型数据进行联合分析，从中筛选出与疾病相关的SNP，发现影响复杂性状的基因变异。虽然通过GWAS技术已经识别了大量相关的基因组变异位点，并在实践中发现了许多关联基因，但却仅能解释遗传性状的一小部分，因为表型获取的数据有限，且大部分不能量化，大大局限了GWAS在基因定位和功能研究上的应用。

代谢组学与基因组学数据的整合分析，可获得更多可量化的数据，获得更全面的分子特征，病理生理状态、药物作用或应激扰动的变化信息，揭示疾病分子机制。代谢组学与基因组数据的整合研究可广泛应用到基础医学、临床诊断以及药物研发等领域的各个方面。目前，多组学信息的有效整合仍然是难点，需要系统生物学和计算机技术的共同进步。

分析流程
在这里插入图片描述

参考文献

  1. Tabassum R, et al. Genetic architecture of human plasma lipidome and its link to cardiovascular disease[J]. Nature Communications, 2019, 10(1):1-14.
  2. Constanze P, et al. New natural products identified by combined genomics-metabolomics profiling of marine Streptomyces sp. MP131-18[J]. Scientific Reports, 2017, 7:42382.
代谢组数据分析（十四）：代谢物组间网络分析（spearman coefficient network）
专注生信领域
07-15 1915
代谢物网络分析是生物信息学前沿技术，它构建代谢物间复杂关系网络，为理解生物系统中代谢物相互作用提供全新视角。相较于传统单一代谢物相关性分析，它能揭示更复杂的相互作用模式。不同生物学状态下，代谢物相关模式差异显著，代谢物网络分析可精准识别这些差异，呈现不同状态下的相关性模式。它不仅能识别两两代谢物的直接关联，还能展示其在整个网络中的相互影响与协同作用，助力研究者深入了解特定生物学条件下代谢物相互作用变化，以及这些变化对代谢网络功能和稳定性产生的影响 。
代谢组数据分析（九）：代谢物与临床指标的相关性分析（spearman）
专注生信领域
06-24 2207
通过精心挑选特定的代谢物和临床指标进行Spearman相关性分析，我们成功地识别出了这两组数据之间显著的相关性模式。这一发现为我们深入理解代谢物与疾病之间的潜在联系提供了重要线索，并可能有助于发现新的生物标志物，从而在疾病的早期诊断和治疗中发挥关键作用。通过这种方法，我们能够揭示代谢物变化与临床指标之间的复杂关系，为精准医疗和个性化治疗策略的制定提供了科学依据。
代谢组数据分析（十三）：评估影响代谢物的重要临床指标
专注生信领域
07-04 885
通过相关性分析、线性回归以及方差分解方法，评估影响代谢物的重要临床指标。从分析结果可知，Liver fat 与 Chem_1000009181、Chem_100010917 不仅显著相关，线性回归的方差分解结果还显示 Liver fat 对这两个代谢物具有重要性得分。同时，这两个代谢物对人体临床指标虽 p 值大于 0.05，但解释变异性较高。综合来看，代谢物 Chem_1000009181 和 Chem_100010917 在 Liver fat 相关研究中或具重要性，它们与 Liver fat 关联紧密，
整理NAD+代谢相关基因
庐州月光的博客
04-18 4062
欢迎关注”生信修炼手册”!在ALS患者NAD+基因预后模型的文献中，提供了NAD+代谢相关基因的集合来自KEGG和Reactome两个数据库，本文主要介绍下从这两个数据库获取基因列表的方法1. KEGG在该数据库中，代谢通路hsa00760表示烟酸和烟酰胺代谢通路，链接如下https://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pathway+h...
MIMOSA2： 基于微生物组和代谢组数据的整合分析
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
02-13 8452
文章目录MIMOSA2： 基于微生物组和代谢组数据的整合分析MIMOSA2的工作原理MIMOSA2分析的主要步骤软件部署我们来看看MIMOSA2究竟做了什么？运行计算模式1：基于Greengenes OTU的结果和EMBL模型模式2：基于Greengenes OTU和AGORA模型模式3：基于ASV和EMBL模型模式4：基于ASV和AGORA模型结果说明表格1: 微生物对代谢物的贡献表格表格2：原...
蛋白质组学与转录组学联合分析
aganlala的博客
01-20 1万+
简介 蛋白质是生物体最终的功能执行着，其含量随着生物体的生长、环境应激反应、疾病发生发展的过程不断变化，因此，对蛋白质的解析意义重大。转录组是连接基因组和蛋白质组的中间模块，从DNA转录成mRNA，再翻译成蛋白质的过程中，涉及到一整套精细的表达调控机制，如转录调控，转录后调控，翻译调控，翻译后调控等。研究表明转录组和蛋白质组的相关系数并不高，表明在这个过程中，翻译和翻译后调控对蛋白质的表达具有非常重要的调控作用。 蛋白质组学与转录组学联合分析， 就是通过对转录组数据和和蛋白质组数据进行联合分析，挖掘mRNA
联合分析专题：带你了解转录组+代谢组联合分析在医学方向的研究思路
bioyigene的博客
05-15 6568
转录组+代谢组的多组学分析，可以同时实现从“因”和“果”两个层面来探究生物学问题，相互间进行验证，从海量的数据中筛选出关键基因、代谢物及代谢通路，深度解析生物系统的宏观发育过程，解释生物过程的复杂性和整体性。
【转录调控网络】代谢组学与其他组学的联合分析经典模式简介
小哲的博客
10-26 5487
多组学联合分析经典模式转录组学&代谢组学联合分析 转录组学&代谢组学联合分析 转录组是获得生物体内基因表达的重要方法，代谢组是生物体表型的基础和直接体现者。 转录组测序可以得到大量差异表达基因和调控代谢通路，但由于基因与表型之间很难之间关联，导致关键的信号通路难以确定，因此往往达不到预期的研究目的。代谢产物是生物体在内外调控下基因转录的最终结果，是生物体表型的物质基础。 在系统生物学研究时代，生物过程复杂多变，基因调控网络复杂。针对特定的生理、病理等表型进行研究，利用转录组的数据获得大量差异
代谢组+转录组分析为腰果树果实发育成熟过程中代谢网络提供见解
Biotree2012的博客
02-20 1341
基于此，作者研究了参与蔗糖代谢途径的潜在的关键基因，在簇2的基因中检测到15个与蔗糖代谢和淀粉水解相关的关键基因（包括4个蔗糖双向转运蛋白基因(SWEETS)、2个转移酶基因(INVS)、3个蔗糖合成酶基因(SUSS)、1个果糖激酶基因(Frk)、1个己糖激酶基因(HXK)、1个蔗糖磷酸酶基因(SPP)和3个β-淀粉酶基因(BAM)）。在“Nut”中，簇1的代谢物在整个果实发育过程中逐渐积累，簇2的代谢物在果实成熟后期富集，簇6的代谢物仅在发育早期有较高积累，簇2、簇3以及簇5的代谢物在发育中期积累较多。
转录组+代谢组联合分析，揭示盐胁迫对粘红酵母的类胡萝卜素产量的影响
muhamuha2020的博客
10-26 1345
类胡萝卜素是一组1100多种天然脂溶性色素分子，不仅可以用作天然着色剂，且具有促进健康的功效，在制药、食品、饲料和化妆品行业中已经有广泛的应用。人类无法合成类胡萝卜素，因此必须在食物中补充这些化合物。 粘红酵母ZHK是一种含油脂的红酵母，主要生产三种类胡萝卜素：圆酵母素、红酵母红素和β-胡萝卜素。相较于β-胡萝卜素，圆酵母素、红酵母红素的研究较少，近期有研究表明这两种类胡萝卜素具有很强的抗氧化性能、且表现出较强的维生素A原和抗前列腺癌活性。因此进一步提高圆酵母素和红酵母红素的产量具有商业应用价值。 尽管有大
基于转录组学与代谢组学联合...华南毛蕨类黄酮生物合成途径
11-02
【描述】"基于转录组学与代谢组学联合..."的方法是现代生命科学研究中的重要工具，它结合了基因表达水平的分析（转录组学）和细胞内小分子代谢物的研究（代谢组学）。转录组学通过检测所有RNA分子来推断基因活动状态...
基因组代谢网络（GEMS）与全基因组模型从入门到实践系列-----（2）文献案例详细讲解
微生物系统进化
07-27 4312
0 前言说明 本系列内容说明： 本系列是针对生物研究中的模型种类进行分析介绍，作为**微生物群落相互建模系列的组成一部分。分阶段的介绍代谢网络模型从入门的环境的搭建，到指导实际实验过程全流程分享。探讨基于现有生物模型对群落中的相互作用方式进行探究挖掘不同微生物间的进化**关系。 系列的目录文章地址：https://blog.csdn.net/qq_33980829/article/details/118958463 系列目的： 前期学习中网上缺少相关文章、文献、资料对生物模型的应用从基础到实践的进行总结。
代谢物表达值做关系网络图（cytoscape）
u014568902的博客
05-08 1万+
老师给了一份代谢数据，但是没有给网络关系文件，并且是第一次用cytoscape，记录一下流程： 1：数据缩略，其中绿色和红色是老师根据foldchange调的颜色，黄色是因为“；”前后两个代谢物在pubchem中ID一致并且 p值FC值趋势一致，所以两个代谢物放到了一起 2：ID查找： https://www.metaboanalyst.ca/MetaboAnalyst/home.xh...
GWAS理论 1-5 全基因组关联分析结果解读与经典案例介绍
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一、主要结果 二、结果可视化与后续分析建议 置换检验（Permutation test） bonferroni threshold 和 FDR 看我之前的简书文章有解释 可视化 理想结果 失败结果 受环境影响较大的，多年多点的重复，可以求blup值然后去除影响 问题结果1 问题结果...
代谢组分析
最新发布
大甘的博客
01-06 1591
是通过检测和分析生物体中所有小分子代谢物（metabolites，如糖、脂质、氨基酸、有机酸等）的组成和变化，研究生物系统在生理、病理或环境条件下的代谢状态和动态变化的科学技术。代谢物是基因组、转录组和蛋白组功能的最终表达，因此代谢组分析被认为是生物学研究的最后一个层次，提供了最接近表型的信息。
一文读懂多组学联合分析产品在医学领域的应用
Magigene的博客
09-12 1193
本研究记录了一组匹配的正常衰老（NA）和非传染性疾病老年人的多模式脑电图（EEG）数据，并收集了他们的粪便样本和尿液外泌体，通过整合宏基因组学、蛋白质组学和代谢组学分析，确定非传染性疾病的多组学特征和代谢途径。我们的研究首次描述了血毒症发展过程中血清外泌体的分子动力学特征，并提出了一些假设的分子机制，为正在进行的脓毒症斗争提供有帮助的诊断和治疗见解。例如，通过分析患者的基因组、转录组、蛋白质组和代谢组数据，可以发现与特定疾病相关的特定分子标志物，从而提高诊断的准确性和敏感性。影响因子：46.297。
皮尔逊相关分析——代谢组与转录组联合-R语言
ziixiaoshenwang的博客
03-19 1万+
数据 导入Rstudio dx <- read.csv("dx.csv",header = T,row.names = 1) gene <- read.csv("gene.csv",header = T,row.names = 1) 转换数据类型 gene1 <- as.matrix(gene) dx1 <- as.matrix(dx) 就某个基因与代谢物进行相关性分析 cor(dx1[(row.names='4-Pentenoic acid'),],gene1[(row.n
联合分析专题--动物篇（1）！！带你了解微生物多样性+代谢组联合分析在农学中的研究思路-动物篇
bioyigene的博客
07-13 516
整合微生物多样性与代谢组学数据，可以揭示菌群与代谢物之间的相关性，筛选存在差异的关键菌株。
代谢组学简介-百趣代谢组学资讯
Biotree2012的博客
08-01 1108
经过多年发展，BIOTREE现已拥有完善的非靶标代谢组学平台，包括UHPLC-QTOFMS、OrbitrapLC-MS、GC-TOF-MS、GC-Q-MS等，能够准确、快速地分析各种生物样本（血、尿、动物组织、唾液、羊水、细胞和细胞液、植物、微生物等）中的小分子代谢物。高通量靶标代谢组学整合了非靶标代谢组学和靶标代谢组学的技术优点，创造性实现了高通量、高灵敏度靶向代谢物检测，为定性、定量检测大批量、低丰度代谢物提供了高效的方法。靶标代谢组学是对非靶标代谢组学的延伸与验证，应用前景非常广阔。...
r语言 转录组代谢组联合分析
12-30
### 使用 R 语言进行转录组与代谢组整合分析 #### 数据准备 为了实现转录组和代谢组数据的有效整合，通常需要先对这两类数据分别进行预处理。对于转录组数据而言，这可能涉及读取测序文件、质量控制以及标准化表达量计算；而对于代谢组，则需完成峰识别、定量及归一化操作。 ```r library(DESeq2) # 对于 RNA-seq 的差异表达分析 library(metaX) # 针对 LC-MS/MS 类型的非靶向代谢谱型实验设计专用工具箱 ``` #### 典型相关分析 (CCA) 通过典型相关分析可以探索两套多维特征集之间的关系模式，在此场景下即指代基因表达水平同代谢物浓度间的潜在联系。这种方法能够找出最能代表双方变异性的线性组合，并使得这些组合间具有最大化的协方差[^1]。 ```r # 假设已有经过前处理后的两个数据框 exprs 和 metabo 分别存储着基因表达值和代谢产物丰度测量结果 cca_result <- cancor(exprs, metabo) # 查看 CCA 结果摘要信息 summary(cca_result) ``` #### 可视化展示 利用图形手段直观呈现所发现的相关规律有助于加深理解并辅助后续生物学解释工作。热图是一种常用的方式用于表示样本聚类情况下的变量关联强度分布状况。 ```r heatmap(as.matrix(scale(t(exprs))), Colv=NA, Rowv=NA, col=colorRampPalette(c("blue","white","red"))(75), scale="none", margins=c(8,9), cexRow=.6, cexCol=.6) heatmap(as.matrix(scale(metabo)), Colv=NA, Rowv=NA, col=colorRampPalette(c("green","yellow","purple"))(75), scale="none", margins=c(8,9), cexRow=.6, cexCol=.6) ``` #### 生物学意义解析 最后一步是要基于统计模型输出的结果去挖掘背后隐藏的实际生理机制或病理过程。比如可以通过查阅文献来验证某些特定路径上是否存在已知的功能模块受到共同调控的现象。
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