别再错过！三代宏基因组如何让微生物组研究效率翻倍

最新推荐文章于 2025-04-03 11:32:04 发布

SHANGHAILINGEN

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文章标签：测序组学

本文链接：https://blog.csdn.net/SHANGHAILINGEN/article/details/146947727

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随着测序技术的更新迭代，NGS宏基因组序列因其短读长的限制，存在着组装Contig太短、组装完整性差、基因不完整、基因簇破裂、污染率高等问题，已经不能满足科研工作者的需求。

三代宏基因组可以为复杂微生物群体样本中的单菌组装提供又长又准的序列，大幅提升组装效果，打造宏基因组完成图Complete MAGs新概念，并可为复杂微生物的多方向研究提供高效解决途径，同时三代测序这一优势还增强了对各种类型变异的检测，包括大插入缺失、复杂重排、结构变异、高GC含量区域和重复区域，已经在多个研究领域中取得了显著的成果。

图1 三代测序结合二代测序增强了结构变异（SVs）的检测和验证[1]

图2 基于三代测序的人类肠道微生物组包含高度多样化的噬菌体和CRISPR间隔序列[1]

例如，在叶际微生物的研究中[2]，研究者借助三代宏基因组技术，从水稻叶际样本中成功组装出26,067个重叠群（contigs），其中包含142个环状序列。三代长读长宏基因组分析的显著优势在于，其有潜力获取不可培养微生物的完整基因组序列。这些环状连续序列中，不仅有新发现的细菌染色体和大质粒，还包括被认定为新质粒或噬菌体的较小环状连续序列。此外，研究者们成功识别出一种此前未被分离培养的细菌—Candidatus Saccharibacteria，RRA8490的完整染色体。

图3 宏基因组中16S rRNA基因的系统发育概览[2]

近年来的研究表明，人类肠道微生物组与多种疾病存在关联，涵盖各类癌症、代谢性疾病、免疫性疾病以及神经系统疾病等。目前，三代宏基因组技术在肠道微生物研究中得到广泛应用，借助该技术，科研人员能够深入解析微生物的群落结构、物种构成、系统发育关系、基因功能以及代谢网络等关键信息。

通过三代测序与超深度二代测序混合组装的方法[3]，研究人员从人类粪便样本中成功组装出四个完整（呈环状且无间隙）的单物种基因组MAG（cMAGs），是相应物种的首个环状基因组。同时，在所有样本中还组装得到475个高质量的MAGs。其中，有234个MAGs对应的微生物目前尚未能通过培养获得，24个MAGs在现有的任何公共基因组数据库中都未曾出现过。此外，在对每个个体的分析中发现，有287个MAGs被归为低丰度（0.1 - 1%）的肠道物种，77个MAGs被归为超低丰度（<0.1%）的肠道物种。

图4 四个组装的完整（环状，无间隙）MAGs（cMAGs）的基因组图谱[3]

三代宏基因组除却能够组装得到很多高质量的微生物基因组之外，在基因预测和注释上具有巨大的优势，三代长读长不仅可以跨越全长的ARGs，还可以捕获基因周边的信息，从而显著增加了正确分类的可能性。关于这点，张彤教授团队新发表在Nature Communications（IF=14.7）[4]，上的文章给了一个很好的示例。

研究提出了一种名为Argo的新方法，即利用纳米孔长读长，在物种水平上快速识别和量化复杂环境宏基因组中的ARGs。通过使用模拟对宿主鉴定的性能进行基准测试，研究证实了长读长测序在准确性方面优于现有宏基因组分析策略的优势。随着三代长读长测序融入ARG环境监测的持续增长，利用三代宏基因组测序进行ARGs分析是一种趋势，可有效提高ARG以及其宿主的检测率。

图5 Argo在人类和非人灵长类动物粪便样本中的应用[4]

除却ARG这类抗性基因研究以外，生物合成基因簇（biosynthetic gene cluster，BGC）也是一类非常重要的基因集合类型，近年来受到广大研究者的关注。然由于短读测序技术的限制，难以从未培养的细菌中提取全长的BGC（生物合成基因簇）序列，因此无法确定BGC的多样性。三代宏基因组技术的应用解决了这一难题。

基于三代宏基因组，研究人员从anammox微生物组中获得了1040个生物合成基因簇（BGCs）[5]，其中58%为完整基因簇，呈现出丰富的多样性。这些基因簇大多与已知的BGCs亲缘关系较远，这表明所发现的BGCs很可能属于新型基因簇。在未被深入研究的谱系（如Chloroflexota和Planctomycetota）以及变形菌（Proteobacteria）中，其成员含有大量BGCs，展现出巨大的生物合成潜能。代谢组学分析结果显示，浮霉菌门成员拥有活性最强的BGCs，尤其是那些能够合成潜在生物燃料ladderane的BGCs。

图6 contig中BGCs的数量，及BGCs的长度分布[5]

综上，三代宏基因组可跨越长复杂区域，提升单菌基因组组装效果，获得更多高质量的MAGs，并可深入挖掘抗性基因/功能基因，解析质粒组（Plasmidom）和移动组（Mobileome）研究，助力微生态高水平研究！

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参考文献

[1] Short- and long-read metagenomics expand individualized structural variations in gut microbiomes. Nature communications, 2022.

[2] Uncovering microbiomes of the rice phyllosphere using long-read metagenomic sequencing. Communications Biology, 2024.

[3] Hybrid, ultra-deep metagenomic sequencing enables genomic and functional characterization of low-abundance species in the human gut microbiome. Gut Microbes, 2024.

[4] Species-resolved profiling of antibiotic resistance genes in complex metagenomes through long-read overlapping with Argo. Nature Communications, 2025.

[5] Biosynthetic potential of uncultured anammox community bacteria revealed through multi-omics analysis. Bioresource Technology, 2024.