富集分析不求人，零代码可视化GO/KEGG分析结果

已于 2024-04-24 16:11:30 修改
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分类专栏： 测序 云平台教程 文章标签： 云平台 富集分析 生信
于 2024-04-24 16:10:19 首次发布
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版权

01

爱基百客云平台小工具使用

首先，打开爱基百客官网：http://www.igenebook.com；点击菜单栏最右侧“云平台”按钮。

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弹出云平台界面（下图），输入账号、密码和验证码方可登录；进入云平台，可以轻松实现多种组学数据的分析和可视化，实现真正的“零代码、无门槛、操作简单”！

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登陆后，如下图，我们进入到小工具专栏。当前云平台已上线了32款小工具供大家使用，包括基础绘图，高级绘图，差异检验，聚类分析，序列处理等子模块，本着用户至上的理念，平台小工具将会持续更新维护，积极接受用户的反馈和意见。

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1.1 

爱基百客云平台之富集分析

上期我们讲到了

最低0.47元/天 解锁文章
go kegg_「免费工具」3分钟搞定GO/KEGG富集分析
weixin_36079559的博客
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在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAVID与KOBAS 3.0。DAVID是一个生物信息数据库，其整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。目前DAVID数据库主要用于差异基因的功能和通路富集分...
功能富集分析 | GO| KEGG
BioinfoDu
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我们《复现SCI文章系列教程》专栏现在是免费开放，推出这个专栏差不多半年的时间，但是由于个人的精力和时间有限，只更新了一部分。后续的更新太慢了。因此，最终考虑后还是免费开放吧，反正不是什么那么神秘的东西。原本就是一个套路的文章，此外，这篇文章也相对比较简单。在此章节以前，还有一个WGCNA的分析，你若需要可以看**WGCNA分析 | 全流程分析代码**SCI文章复现 | GEO文章套路，数据下载和批次效应处理差异分析和PPI网路图绘制教程在前的教程中，我们已经获得差异基因(2.4 差异分析。
2024年 生物信息学 之 富集分析（GO+KEGG）之 四、富集分析结果可视化 - 富集圈图
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2024年 生物信息学 之 富集分析（GO+KEGG）之 四、富集分析结果可视化 - 富集圈图
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【代码】KEGG富集分析可视化。
富集分析——GO、KEGG
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GO、KEGG
☞GO和KEGG富集倍数（Fold Enrichment）如何计算 enrich factor qvalue
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比如说，某一类功能基因的总数是100个，其中差异基因有10个，那么只有实验只是影响了该功能基因的10%，但是如果该实验一共只鉴定到20个差异基因，那么这10个差异基因就占所有差异基因的50%，因此，需要同时考虑差异基因在所有功能分类中的分布，得到的结果才是准确的。其中，a为功能A中差异基因的数量，b为非差异基因的数量，c为所有功能分类中差异基因的总数量，d为非差异基因的总数量，n为识别到的所有差异基因的数目。今天我们来聊聊怎么来展示GO富集分析的结果，下面是一个GO富集分析的结果表。
【R语言】——基因GO/KEGG功能富集结果可视化（保姆级教程）
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weixin_54004950的博客
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上期“原来基因功能富集分析这么简单”介绍如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析。注：DAVID导出来的“%”这列为“Gene ratio”；上面只展示“BP”的数据，其余“CC”和“MF”也是类似格式，故不一一列举。好了本次分享就到这里，下期将分享使用R clusterProfiler包对基因进行GO/KEGG功能富集分析，敬请期待。关注“在打豆豆的小潘学长”公众号，发送“富集分析1”获得完整代码包和演示数据。图5 KEGG富集分析柱状图。图6 KEGG富集分析气泡图。
GO和KEGG富集分析结果的可视化
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**Gene_Ontology**：查看GO分析的富集结果，包括BB（生物过程）、MF（分子功能）和BP（细胞成分）三个富集分析。- **Step 3: List Type: Gene List**：确认列表类型为基因列表。- **Pathways**：查看通路分析的富集结果，特别是KEGG通路分析。- **Step 1: Enter Gene List**：输入基因列表。- **Step 4: Submit List**：提交基因列表。- **Start Analysis**：开始分析。
二、差异基因富集GO\KEGG–超全可视化！
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09-08 2754
主要是对差异基因进行富集可视化！本文没有过多的话语，直接上代码教程！
ggkegg | 对KEGG数据进行可视化
BioinfoDu
12-26 1568
在这个例子中，我们通过 ggfx 突出显示了由其 LFC 着色的重要边(KO) ，点大小对应于网络中的度，并且我们显示了重要 KO 名称的边标签。我们可以评估从多个物种基因组中推断出的 KO 的完整性。在这里，我们将从 PATRIC 服务器获得的 MIDAS 流水线注释文件中可用的 EC 编号映射到 KO，并计算随机获得的物种的完整性。包，一个用于绘制KEGG富集通路的R包，实用性也很强,以及作者提供了详细的帮助文档（PS：我们也基于机器翻译，整理了ggkegg的帮助文档，后面会提供给大家）。
GO和kEGG富集分析
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09-18 4391
GO（Gene Ontology，基因本体）富集和 KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因与基因组百科全书）富集分析能够从不同角度揭示基因的功能和生物学意义提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考图片很多,这里就不再一一展示了,有兴趣的朋友可以自己常以跑一下,了解一下它们之间的区别,需要数据的话私我领取!!!
go分析和kegg分析_生信分析中GSEA分析(GO/KEGG富集分析)的重要性
weixin_39622587的博客
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各位医学方的朋友，大家好。我是Flyman！做过下游分析的小伙伴都知道富集分析的重要性，生信类文章大家总会在最后一步针对我们前面筛选出来的差异基因做一下GO/KEGG富集分析，研究一下他们参与到什么信号通路上或者参与什么生物学过程？富集分析的本质是什么呢？实际上就是一个超几何分布，超几何分布是统计学上一种离散概率分布。它描述了从有限N个物件(其中包含M个指定种类的物件)中抽出n个物件，成功抽出该指...
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BioinfoDu
02-19 1792
我们《复现SCI文章系列教程》专栏现在是免费开放，推出这个专栏差不多半年的时间，但是由于个人的精力和时间有限，只更新了一部分。自己认为，我们原始获得数据，已经是进行标准化后的数据了，应该是作者上传时就已经处理过。根据文章分析流程，将DEGs和WGNCA分析获得的结果去交集，获得的交集基因进行后续分析。我们在自己做分析时，或在写论文时，其实这些参数可以写进论文中，对读者是比较友好的。在差异分析中，我们获得600多个DEGs，在WGCNA分析中，与纤维化相关的模块为。不知道，能力有限的原因？
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DAVID(https://david.ncifcrf.gov/home.jsp)是一个生物信息数据库，整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表(成百上千个基因ID或者蛋白ID列表)提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。DAVID目前的工具可以实现以下功能1.识别富集的生物条目，尤其是GO条目2.发现功能相关的基因集合3.聚类冗余的注释条目4.寻找其他功...
GO、KEGG富集分析实例讲解
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GO、KEGG富集分析实例讲解，数据库使用方法讲解
go kegg_GO/KEGG功能富集分析( 科研猫 出品：2/4)
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原标题：GO/KEGG功能富集分析( 科研猫 出品：2/4)在 上一期中 给大家讲解了GO和KEGG的基本概念和内涵，并且给大家介绍了DAVID这一神奇网站。今天我们就把GO/KEGG功能富集分析的详细教程按部就班地呈现给大家。Step1：打开DAVID官网：https://david.ncifcrf.gov/点击左侧功能菜单：Functional Annotation 进入到如下页面中，页面中的...
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当我们手头有转录组测序后的差异分析数据后，想更进一步的去分析这些差异基因在信号通路富集情况，其中一种办法是使用KEGG网站进行信号通路富集分析。
GO、GSEA富集分析一网打进
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生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-se...
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12-20 2471
给大家推荐一个进行在线GO富集分析的网站 GOrilla:http://cbl-gorilla.cs.technion.ac.il/ 可以针对几种比较常见的动植物进行GO富集分析。1、第一步是选定物种，下拉列表中的物种涉及了以下几种：Arabidopsis thaliana 拟南芥Saccharomyces cerevisiae 酿酒酵母Caenorhab...
GO/KEGG富集分析需要那些数据？
05-01
进行GO/KEGG富集分析需要以下数据： 1. 基因列表：需要一个包含感兴趣的基因列表的文件，可以是基因名...5. 可视化工具：需要使用一个可视化工具来展示富集分析结果。常用的工具包括EnrichmentMap、REVIGO、GOplot等。
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