DAVID网站基因富集操作指南

最新推荐文章于 2024-05-17 10:05:35 发布
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分类专栏： 生物信息 文章标签： go
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版权

DAVID 操作指南

Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID)
官网：https://david.ncifcrf.gov/

  • 点击Start Analysis（开始分析）
    在这里插入图片描述
  • Step1 选择基因

方式一：直接粘贴基因名称
在这里插入图片描述
方式二：上传txt文件
在这里插入图片描述

  • Step2 选择基因名称类型：一般选择OFFICIAL GENE SYMBOL（基因官方名称）
  • Step2a 选择物种：如选择Homo sapiens（智人）
    在这里插入图片描述
  • Step3 选择列表类型：选择 Gene List（基因列表）
  • Step4 点击Submit List（提交列表）
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专栏目录
go分析和kegg分析_利用g:profiler基因注释网站进行GO注释分析
weixin_42303282的博客
12-31 2614
由于本人个人的一些原因，距离上次更新文章已经有很长时间了。在此向大家说一声抱歉。之前有关GO注释的文章里，有读者咨询，是否有批量查找基因GO注释的方法。本期，本人就给读者推荐一个非常实用的，完成基因GO批量注释的网站。 david在本人入行期间可谓称霸一方，目前搜索应用david网站（链接：https://www.molecularecologist.com/2016/05/poo...
DAVID 在线数据库进行 GO/ KEGG 富集分析
热门推荐
xiaobai1_1的博客
12-18 4万+
1、功能富集分析 随着高通量技术的发展，生物医学相关研究领域进入了组学时代，单个基因的研究已经不能满足研究人员的需要。然而，如此庞大的数据使得信息的有效提取和分析带来了新的挑战。以测序数据为例，测序结果分析往往会得到差异表达的基因或蛋白列表。但将这一长串基因或蛋白与某个待研究的生物学现象及其潜在机制联系起来是很困难的。应对这一挑战的一种方法就是将一个基因或者蛋白列表分成多个部分，从而减少分析的复杂...
DAVID网站进行富集分析
qq_27390023的博客
09-28 1316
DAVID是一个生物信息数据库，也是一款在线免费分析软件，可以为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。该数据主要用于差异基因的功能和通路富集分析。https://david.ncifcrf.gov/tools.jsp可以是各种id，数据来自于差异表达分析结果，注意选择物种和ID类型。 参考https://david.ncifcrf.gov/helps/functional_annotation.html#summary
DAVID富集分析详细步骤（啰嗦版）
sweet_yemen的博客
06-24 9383
第一步：进入DAVID网站后先择start analysis。 1.选择upload 2.在框框里粘贴要分析的目的基因集（也可以在下面以文件的形式上传） 3.在Step 2:Select Identifier中选择与你上传的基因集的格式 4.在Step 3：List Type中点第一个（就是要富集分析的基因集，第二个是支持自己上传背景基因集） 5.在step4：Submit List中点击Submit List 这里我用的是猪的基因数据，当提交的基因集中能够注释到的基因不足80%时，就会跳出这个...
使用David，让npm依赖管理从此无忧！
最新发布
gitblog_00024的博客
05-17 309
使用David，让npm依赖管理从此无忧！ 项目地址:https://gitcode.com/alanshaw/david-www 在软件开发的世界中，保持库和框架的最新状态是确保代码质量和安全性的关键步骤。而David——一个基于Node.js的web服务，就是这个任务的理想助手。它会告诉你你的项目npm依赖项何时过时，让你的项目始终保持更新，避免因依赖问题引发的潜在风险。 项目介绍 David...
分享一个基因功能富集的网站——DAVID
weixin_46500027的博客
04-20 3757
基因富集分析是在一组基因中找到具有一定基因功能特征和生物过程的基因集的分析方法，在研究差异表达基因、筛选基因的后续分析中经常使用。富集分析能够发现在生物学过程中起关键作用的生物通路, 并且帮助理解生物学过程的分子机制。它是快速调查目标基因集功能倾向性的方法之一。 进行基因功能富集的网站很多，下面我们先介绍其中一个，叫DAVID。 这个网站目前用中国的百度似乎搜索不到了，我们可以用谷歌搜索一下： ...
RNA-seq分析：Step8（富集分析）
沉香best的博客
08-28 2195
RNA-seq富集分析是一种用于分析基因表达数据中特定基因或通路是否富集的分析方法。其基本思想是比较不同基因对应的转录本/基因之间的表达差异及其对应的基因注释信息，通过统计学方法评估差异的显著性，从而确定是否存在某些特定的功能通路或基因集合富集的情况。常用的RNA-seq富集分析工具包括GOseq、KEGG（KEGG enrichment analysis）、DAVID（Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery）等。这
学习基因富集工具DAVID(2)
基博的博客
07-31 4920
学习DAVID基因富集，主要内容是如何操作网页完成pathways的基因富集，对数据利用excel和origin软件绘制①功能注释和count柱状图；②功能注释和pvalue的柱状图
学习DAVID数据库(1)
基博的博客
07-30 4060
在学习David，一个存储生物信息的在线数据库。文章根据B站提供的DAVID教学视频，记录了如何用DAVID进行基因ID转换。
david2869:网站
03-18
由于这里没有详细描述，我们可以推测“david2869”网站可能专注于展示设计、编码技术，尤其是CSS的应用，或者是一个教学平台，教人们如何使用CSS来美化网页。 【标签】：“CSS”表明该网站可能与网页设计和前端开发...
DAVID数据库使用教程.pdf
10-08
DAVID数据库是一个功能强大的生物信息学工具，主要用于基因功能注释、富集分析以及基因集合的可视化。在本教程中，我们将探讨如何充分利用这个数据库进行数据解析和生物学研究。 首先，DAVID数据库的核心功能包括...
david lowe SIFT论文 中文 翻译
09-13
《David Lowe的SIFT论文——基于局部尺度不变特征的目标识别》中文翻译 SIFT（尺度不变特征变换）是由David Lowe在1999年提出的，它是一种强大的图像处理技术，广泛应用于计算机视觉领域，如图像匹配、物体识别、3D...
davidglancharro:David G.Lancharro的网站
04-21
【标题】"davidglancharro:David G.Lancharro的网站"指的是一个以个人名字命名的网站，由David G. Lancharro创建和维护。这个网站可能包含了他作为IT专业人士的工作成果、项目展示、技术博客或者教程等内容，以此来...
davidbtrudmancpa:David B Trudman CPA的商业网站
04-19
【标题】"davidbtrudmancpa:David B Trudman CPA的商业网站" 涉及的是一个以个人名字命名的专业会计师事务所的在线平台。这个网站旨在为客户提供关于会计、财务咨询和税务服务的信息，同时展示David B Trudman CPA的...
自己的数据集做富集分析 自定义基因集做富集分析clusterprolifer
生信小博士的博客
11-04 2269
minGSSize和maxGSSize：背景基因注释到某个GO的geneset需要在此范围内才会输出该GO的结果。TERM2NAME ：df，第一列是term ID，第二列是相应term name。TERM2GENE： df，第一列是term ID（比如GO ID），第二列是mapped gene。，因此结果一模一样。背景注释到GO的geneset太小，会得到很小的p值，但结果可能不具参考性？背景注释到GO的geneset很大，一般p值也会增大。CC结果中，n和N不变，M和k随不同的GO类不同。
DAVID 功能注释数据库
qq_47054630的博客
03-20 1681
最近在做转录组分析时遇到个问题，由于本人是半路出家学习的生信，所以在做注释分析时主要采用的都是近几年比较主流的软件，比如Y叔的等软件，对于之前出现的软件几乎都不了解，所以当碰到近几年主流的软件无法进行注释的时候就无从下手了。注释、可视化和集成发现数据库（）为研究人员提供了一套全面的功能注释工具，以了解大型基因列表背后的生物学意义。这些工具由建立在大卫基因概念基础上的全面的大卫知识库提供支持，该知识库汇集了功能注释的多个来源。
go kegg_教你使用DAVID 进行 GO/ KEGG 富集分析
weixin_35879114的博客
12-30 2万+
富集分析相信大家都用的特别多，尤其在测序数据冗余的今天，不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析。分析结果可以揭示这个集合的基因具有什么样的功能偏好性，进而可以对其相应的生物学意义做出判断。今天给大家分享如何使用DAVID (the Database for Annotation，Visualization and Integrat...
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