超级增强子（Super enhancer）鉴定分析 结果解读 和 数据可视化

ROSE是最经典的超级增强子预测软件，由Richard A. Young大牛团队开发，源代码的网址如下

GitHub - stjude/ROSE: ROSE: RANK ORDERING OF SUPER-ENHANCERS

1. 软件的安装

ROSE是基于python编写的包，目前的最新版适用python3，根据github上的说明，ROSE依赖：

• samtools 
• R version > 3.4
• bedtools > 2
• python3

这里我们使用服务器进行下载 

wget https://github.com/stjude/ROSE/archive/refs/tags/1.3.1.zip
unzip 1.3.1.zip
cd 1.3.1

#或者
wget https://github.com/stjude/ROSE/archive/refs/tags/1.3.1.tar.gz
tar -zxvf 1.3.1.tar.gz

下载解压完成后可以看到目录和脚本

 

2  配置环境

export PATH=/public/home/user/software/rose/:$PATH

source ~/.bashrc #source一下

3 配置文件

目录annotation/里面只有人和小鼠的库，如果是其他物种需要先配置一下

如何配置 建议参考这个老哥写的

非模式物种ROSE超级增强子鉴定分析详解_rose 增强子分析-CSDN博客

3 ROSE  分析 命令参数如下

4 分析结果解读 

最后分析结果如下

**_AllEnhancers.table.txt​​​ ；包含了所有增强子的信息

*_​​SuperEnhancers.table.txt​​：包含了所有超级增强子的信息

*_Plot_points.png：所有增强子的散点图 如下

5 个性化 把所有样本的散点图汇总在一张图上，并且不是超级增强子的不显示颜色；如下