使用ROSE鉴定超级增强子

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ROSE是最经典的超级增强子预测软件，由Richard A. Young大牛团队开发，源代码的网址如下

http://younglab.wi.mit.edu/super_enhancer_code.html

在下面这篇文章中介绍了超级增强子的定义和发现过程，文章标题如下

Master Transcription Factors and Mediator Establish Super-Enhancers at Key Cell Identity Genes

发表在cell杂志上，链接如下

https://www.cell.com/fulltext/S0092-8674(13)00392-900392-9)

首先通过Oct4, Sox2, Nanog这3种转录因子的chip数据去识别小鼠胚胎干细胞中的增强子区域，鉴定到了8794个增强子区域。对于这些增强子，根据区域内对应的Med1这种转录激活通用辅助因子的chip_seq reads的密度进行排序，发现呈现两极分化趋势，示意如下

其中绝大部分的增强子对应的Med1的水平都很低，少部分增强子对应的Med1的水平非常高。除了Med1之外，还比较了其他几种转录因子或者组蛋白修饰的数据