Linux 安装 bedtools2

最新推荐文章于 2023-06-26 17:02:20 发布
最新推荐文章于 2023-06-26 17:02:20 发布
阅读量4.2k 收藏 8
点赞数 4
分类专栏： Linux 文章标签： bedtools liunx
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/YKenan/article/details/100558781
版权

Linux 安装 bedtools2

1. 安装依赖

yum install gcc-c++
yum install zlib-devel

2. 下载资源

wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.25.0/bedtools-2.25.0.tar.gz

3. 解压编译

tar -zxvf bedtools2-2.25.0.tar.gz
cd bedtools2-2.25.0
make clean
make all
# 或者 make

4. 添加环境变量

vim ~/.bash_profile

# 下面是文件内容，若有其他用 : 分割
PATH=$PATH:/home/bedtools2/bedtools2-2.25.0/bin
export PATH
# 文件添加内容完事

# 是文件生效
source ~/.bash_profile

5. 测试

bedtools -version

在这里插入图片描述

YKenan
关注
  • 4
    点赞
  • 踩
  • 8
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 3
    评论
专栏目录
Linux利用静态二进制文件安装bedtools2
HIJIRACHI的博客
06-14 373
Linux利用静态二进制文件安装bedtools2
生信技能-高通量测序工具bam、samtools、bedtools及conda的下载和安装
weixin_43664814的博客
03-15 2310
用于建立 index；基于 BWT 算法，将 reads 比对到参考基因组；最新版本 bwa-mem2，Intel实验室对计算效率进行了优化。
bedtools2:bedtools-用于基因组算术的瑞士军刀
04-13
bedtools-用于基因组算术的瑞士军刀 概括 总体而言，bedtools实用程序是瑞士军刀，可用于各种基因组分析任务。 使用最广泛的工具可以进行基因组运算：即在基因组上设定理论。 例如，bedtools允许人们以广泛使用的基因组文件格式（例如BAM，BED，GFF / GTF，VCF）与多个文件中的基因组间隔相交，合并，计数，互补和混洗。 尽管每个工具都设计为执行相对简单的任务（例如，将两个间隔文件相交），但可以通过在UNIX命令行上组合多个bedtools操作来进行相当复杂的分析。 表现 从2.18版开始，由于我们对用于处理按染色体和起始位置预先排序的数据集的算法进行了改进，因此bedtools可伸缩性大大提高。 正如您在下面的图中所看到的，与未排序数据的不良缩放相比，已排序数据的速度和内存消耗可以很好地缩放。 bedtools的当前版本相交速度与bedops软件包的bedmap一
linux安装bedtools2
AnnyYoung的后花园
01-12 1370
官网：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/installation.html $ wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.29.1/bedtools-2.29.1.tar.gz $ tar -zxvf bedtools-2.29.1.tar.gz $ cd bedtools2 $ sudo make $ sudo cp bin/bedtools /usr/loca
bedtools
dengleize6745的博客
11-23 213
转载于:https://www.cnblogs.com/pxy7896/p/10008211.html
bedWEB:一个简单的应用程序，可在云中使用bedtools
03-21
在传统的本地环境下，bedtools的使用可能需要安装特定的软件环境和依赖项，而bedWEB则将这些工具搬到了云端，使得用户无需安装任何软件，只需通过Web界面就能进行操作。 **bedtools工具集** bedtools 提供了一系列...
RefComp:BINF 6110项目2
03-20
5. **Shell**：标签为“Shell”，意味着这个项目可能使用Unix/Linux Shell脚本来完成。Shell脚本是一种命令行界面下的编程语言，可以自动化一系列的文件操作，如处理、移动、比较文件，非常适合于批量处理生物序列...
循环分析脚本
02-09
循环分析脚本 完整的分析流程 注意：将所有文件（包括.bedpe文件和hg38 gff文件）保留在一个目录中。...bedtools window -a anyLoops_AML_2.bed -b hg38.gff -w 15000 > mapped_anyLoops_AML_2.csv bed
Python库 | TFBS_footprinting-1.0.0b7-py2-none-any.whl
02-20
"none-any" 部分表示该轮子文件（wheel file）不针对特定的硬件架构或操作系统，这意味着它可以在任何支持Python 2.7的平台上运行，无论系统是32位还是64位，或者操作系统是Linux、Windows还是Mac OS。 TFBS_...
Linux下安装Python3.6及避坑指南
09-15
主要介绍了Linux下Python3.6的安装及避坑指南，非常不错，具有一定的参考借鉴价值,需要的朋友可以参考下
pybedtools:适用于Aaron Quinlan的BEDTools（生物信息学工具）的Python包装器以及更多内容
05-05
概述 广泛用于基因组间隔操纵或“基因组代数”。 pybedtools包装并扩展了BEDTools，并提供了Python内部的功能级操作。 请参阅完整在线文档，包括安装说明。 为什么要使用pybedtools？ 这是获取距基因间SNP小于5 kb的基因名称的示例： from pybedtools import BedTool snps = BedTool ( 'snps.bed.gz' ) # [1] genes = BedTool ( 'hg19.gff' ) # [1] intergenic_snps = snps . subtract ( genes ) # [2] nearby = genes . closest ( intergenic_snps , d = True , stream = True ) # [2, 3]
Linux安装deb软件包
热门推荐
会飞的鱼@的博客
05-11 2万+
Linux安装deb软件包1、判断系统版本（centos和ubuntu版本判断）2、ubuntu系列安装deb包：3、centos系列安装deb包 1、判断系统版本（centos和ubuntu版本判断） centos: ll /etc/ |grep yum ubuntu： deb属于ubuntu系统的安装包 2、ubuntu系列安装deb包： dpkg -i 包名.deb # 出现依赖问题 apt-get -f install # 重新安装包 dpkg -i 包名.deb 3、centos系列安装
基因数据处理40之bedtools的安装和使用
Keep Learning
05-30 4638
下载： 编译 3. 4.运行： bam变成bedhadoop@Master:~/xubo/data/snap$ bamToBed -i datatest.sorted.bam >datatest.sorted.bed5.记录：这里写代码片
CentOS7.9 无root安装 bedtools
最新发布
生物信息学专栏(BioMooc)
06-26 441
最新安装步骤 (202305)
高通量测序工具bedtools
fengleqi的博客
06-08 596
https://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/79797594
Trimmomatic、bowtie2、samtools和bedtools安装过程全记录（已全部安装成功）
qq_42940869的博客
11-08 6233
首先你需要有一个linux的环境 其次在linux系统下用浏览器打开trimmomatic的下载链接，下载最新版本对应的binary下载链接http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic下载完成后，将其解压到一个新的文件夹中，然后复制trimmomatic-0.39.jar的路径，打开终端，输入jar <路径>/trimmomatic-0.39.jar， 例如：jar /home/sai/workspace/go/src/pro
linux软件安装 rna-seq
生信小博士的博客
12-27 833
pre-step: download sratoolkit /fastx_toolkit_0.0.13/fastqc/bowtie2/bwa/MACS2/HOMER/QuEST/mm9/hg19/bedtools http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158900/ Download and install sratoolkit cd ~/biosof
安装pybedtools时的一些坑
ldy199911的博客
10-26 2410
首先pybedtools只能安装在Linux系统环境下，windows就不要尝试了； pybedtools的安装不要用pip，使用pip不会自动安装依赖包，会导致以下错误： 最好使用conda命令安装，具体的安装命令如下： conda install --channel conda-forge --channel bioconda pybedtools 其余的信息可参见：pybedtools documentation — pybedtools 0.8.2 documentation ...
在Linux系统下如何用bedtools软件进行基因区间注释
05-28
首先需要安装bedtools软件，可以通过以下命令安装： ``` sudo apt-get install bedtools ``` 安装完成后，可以使用bedtools进行基因区间注释。以下是一个示例命令： ``` bedtools intersect -a genes.bed -b regions.bed -wa -wb > output.txt ``` 其中： - `genes.bed`是待注释的基因区间文件； - `regions.bed`是注释信息的区间文件； - `-wa -wb`表示输出两个文件的交集，并包含两个文件的所有列； - `output.txt`是输出文件。 此命令将基因区间文件和注释信息文件进行比较，输出重叠区域的信息。可以根据需要调整参数，例如使用`-f`参数设置最小重叠比例。
评论 3
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值