蛋白质柔性对接介绍

Flexible docking（柔性对接） 是蛋白质-蛋白质对接中常见的计算方法之一，用于模拟两种蛋白质的结合过程。在对接过程中，除了刚体的运动（刚体的平移和旋转），还允许蛋白质的某些部分（如柔性环区、侧链）进行构象调整，从而提高对接的准确性。

与传统的刚性对接不同，柔性对接不仅考虑了蛋白质整体的移动，还允许局部的构象变化，以更好地模拟真实的生物分子对接过程。Rosetta 中的柔性对接算法能够优化蛋白质的侧链和主链，以模拟蛋白质之间的结合过程。

柔性对接的步骤

1. 刚体对接：首先，通过刚体的平移和旋转来寻找蛋白质复合物的合理初始对接位置。
2. 侧链优化：在初始位置的基础上，优化蛋白质接触区域的侧链构象，调整氨基酸的χ角以减少碰撞并提高结合稳定性。
3. 局部最小化：进一步优化主链和侧链的构象以获得全局最低能量状态，同时允许某些部分的柔性调整。
4. 打分和筛选：使用 Rosetta 打分函数评估对接结果，并筛选出最优结构。

PyRosetta 中使用 Flexible Docking

PyRosetta 提供了对柔性对接的支持，通过一系列 mover 和 task 操作可以实现柔性对接。下面展示了一个 PyRosetta 的柔性对接示例代码：

柔性对接的示例代码

import pyrosetta
from pyrosetta import rosetta

# 初始化 PyRosetta
pyrosetta.init()

# 加载需