Ribo-seq的下游分析方法2---RiboDiff

1.安装RiboDiff
使用anaconda进行安装，以下两种都可以尝试，

conda create -n ribodiff python=2.7
conda activate ribodiff
conda install -c bioconda ribodiff
conda install -c bioconda/label/cf201901 ribodiff

2.在linux里面生成counts.txt 或者是quant.sf文件

• 用featureCounts生成counts.txt

featureCounts -T 20 -p -a ./gencode.v40.annotation.gtf  -o xx.counts.txt xx.bam

或者用salmon生成quant.sf

salmon quant -i ./index/ -l A \
-1 ./xx.fq.gz\
 -2 ./xx.fq.gz\
 --output xx_quant

3.1 —salmon
在R里面生成合成文件

ibrary(GenomicFeatures)
library(AnnotationDbi)
library(tximport)
library(DESeq2)
library(data.table)
library(tidyverse)
setwd("D:/RNASEQ/quant")
###############################1.counts.txt###################################3

t2s <- fread("t2s_h38_ensembl.txt", data.table = F, header = F); head(t2s)
colnames(g2s) <- c("geneid","symbol")
##找到所有quant.sf文件所在路径  导入salmon文件处理汇总
files <- list.files(pattern="*quant.sf",recursive=T, full.names <