测序比对软件的总结-star

github的说明书看这里：https://github.com/alexdobin/STAR/blob/master/doc/STARmanual.pdf

这里只做实际操作的简单介绍，里面的具体细节需要在github里面看。

1.安装
使用conda进行安装

conda install -c bioconda star

2.下载基因组的注释数据
GTF

wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_40/gencode.v40.annotation.gtf.gz

FASTA

wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_40/GRCh38.p13.genome.fa.gz

3.生成索引文件

STAR  --runMode genomeGenerate --genomeDir /star-h38-index\#输出的index的文件夹
 --genomeFastaFiles ./GRCh38.p13.genome.fa \#fasta文件
 --sjdbGTFfile ./gencode.v40.annotation.gtf\#gtf文件

生成结果如下：

(riboseq) [xx@login01 star-h38-index]$ ll -h
total 30G
-rw-r--r-- 1 med-zhouh med-chenh 4.2K Jul 11 18:10 chrLength.txt
-rw-r--r-- 1 med-zhouh med-chenh  11K Jul 11 18:10 chrNameLength.txt
-rw-r--r-- 1 med-zhouh med-chenh 6.8K Jul 11 18:10 chrName.txt
-rw-r--r-- 1 med-zhouh med-chenh 6.9K Jul 11 18:10 chrStart.txt
-rw-r--r-- 1 med-zhouh med-chenh  54M Jul 11 18:10 exonGeTrInfo.tab
-rw-r--r--