生物信息学在感染和疫苗研究中的应用

生物信息学在感染和疫苗研究中的应用

简介

微生物无处不在，如土壤中、淡水中、海水中，乃至海底下、空气中均有。大多微生物存在于人体皮肤、口腔、呼吸道、肠道和生殖道。尽管微生物似乎到处都有，人体却很少因为微生物的侵如后引起感染。有时候就算引起了感染，也因为感染十分轻微而不引起任何症状。但是，其中也有极少部分微生物能直接引起疾病，如细菌、立克次氏体、病毒、螺旋体等。一种微生物是否为宿主的无害伴侣或侵犯机体引起疾病取决于微生物本身的特点和人体的防御能力。而疫苗是指用各类病原微生物制作的用于预防接种的生物制品，如疫苗也是战胜各种感染或者传染疾病的重要手段之一，如新型冠状病毒肺炎the Corona Virus Disease 2019（COVID-19）。

生物信息学在感染和疫苗研究中的应用
生物信息学是一个新兴领域，它通常被定义为计算分子生物学。计算表示运用计算机科学的知识，分子生物学表明是在细胞水平进行研究。生物信息学就是通过计算机的方法研究细胞中的分子，结构以及它们如何相互作用。生物信息学是一个高度跨学科的领域，它涉及的学科包括统计学，概率学，信息学和计算机科学，机器学习和生物学等等。在感染病研究中，通过生物信息学的手段可以快速分析微生物的种类，解析基因组构成，进化关系，以及跟踪病毒的变异。此外，也为疫苗的研发提供坚实的数据基础。

如：SARS-CoV-2的全长基因组结构图及SARS-CoV-2与宿主细胞受体ACE2的相互作用示意图。

应用举例

• 微生物组学分析：对病原体进行鉴定或者发现新的病原体，以及细菌或者病毒的耐药机制研究。
• 变异检测：对病原体基因组变异进行进行分析，检测病原体的突变特征；以及对SNP基因型分析和DNA序列分析，用于检测与疾病或药物反应有关的新型SNP。
• 全基因组关联分析：从遗传层面挖掘与易发生感染相关的遗传因子。
• 荟萃分析：通过整合表型和环境或遗传因素，挖掘与感染性疾病发生有关的因素。
• 生物标志物和靶标发现：确定用于测量药物功效和作用机制的疾病标志物和生物标志物，以及疫苗研发。

参考文献：

1. Uddin M, et al. SARS-CoV-2/COVID-19: Viral Genomics, Epidemiology, Vaccines, and Therapeutic Interventions[J]. Viruses. 2020 May 10;12(5):526.