蛋白质互作网络分析

简介

蛋白质互作网络(protein protein interaction network,PPI network)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系,对了解生物系统中蛋白质的工作原理,了解疾病等特殊生理状态下生物信号和能量物质代谢的反应机制,以及了解蛋白之间的功能联系都有重要意义。在生物医药领域有助于从系统的角度研究疾病分子机制、发现新药靶点等等。

STRING数据库

STRING数据库是常用的蛋白质互作网络数据库STRING数据库,STRING数据库收录多个物种预测的和实验验证的蛋白质-蛋白质互作的数据库,包括直接的物理互作和间接的功能相关。结合差异表达分析结果和数据库收录的互作关系对,构建差异表达蛋白互作网络。分析过程中将差异表达蛋白映射到STRING数据库中,获得差异蛋白的相互作用关系信息。由于STING数据库除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用生物信息学的方法预测的结果。再从上述的搜索结果中筛选出适合的蛋白对,并采用恰当的生物信息学分析软件对相互作用结果进行可视化分析,最终生成直观的蛋白质互作网络结果图。

一般分析流程

蛋白互作网络分析流程

SQL Server 中,`EXISTS` 是一个用于检查是否存在符合特定条件的记录的逻辑运算符。`EXISTS` 返回一个布尔值,即 `TRUE` 或 `FALSE`,表示查询结果集是否包含匹配条件的记录。下面是 `EXISTS` 的详细用法: 1. 基本语法: ```sql SELECT column_name(s) FROM table_name WHERE EXISTS (SELECT column_name FROM table_name WHERE condition); ``` 2. 示例: 假设有两个表,分别为 `customers` 和 `orders`, `customers` 表中包含了所有客户的信息,而 `orders` 表中包含了所有的订单信息。我们需要查询所有已经下过订单的客户的姓名和地址,可以使用以下 SQL 语句: ```sql SELECT customerName, address FROM customers WHERE EXISTS (SELECT * FROM orders WHERE orders.customerID = customers.customerID); ``` 在上面的 SQL 语句中,`EXISTS` 子查询中的条件是查找 `orders` 表中的所有记录,其中 `orders.customerID = customers.customerID` 表示连接两个表的条件,即匹配两个表中的 `customerID` 列。如果 `EXISTS` 子查询返回 `TRUE`,则 `customerName` 和 `address` 列的值会被返回。 3. 注意事项: - `EXISTS` 子查询必须包含一个 `SELECT` 语句,该语句必须返回一个结果集。 - `EXISTS` 子查询中的条件必须使用外部查询中的列或表。 - `EXISTS` 子查询中的 `SELECT` 语句可以是任何有效的 T-SQL 查询语句,包括 `SELECT *`。 - `EXISTS` 子查询中的条件可以包含任何有效的 T-SQL 表达式和运算符。 - `EXISTS` 的性能比使用 `JOIN` 进行连接查询要高,特别是在查询大型数据集时。
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