基因预测软件-Augustus安装过程

AUGUSTUS is a program that predicts genes in eukaryotic genomic sequences，一款真核生物基因组基因结构预测软件，因为公司用到了这个软件，第一次做这个工作，先重复人家工作，首先就是安装了。

发现这个软件依赖还算不少，网上有朋友列了一下有cmake、bamtools、hitslib、samtools、bcftools、tabx, 如果不是依赖的大部分软件还算熟悉，就等着有网后靠conda安装了，自己手动安吧，也算深入学习一下这个软件一些知识。还是先下载augustus看一下。

首先是官网及下载链接：

http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/

http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus-3.4.0.tar.gz

官网上提供了在线的链接地址：

http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/submission.php

make后报错,缺少mysql++

参考github的issue上的解决办法：

https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus/issues/156

针对第一条，我的gcc为版本为4.8，看第2和第3条，顺便学习了一下MySQL数据库， 我按照针对第3条进行了修改(也有网友对common.mk改成了ZIPINPUT = false)，然后再make编译，这个问题解决了，开始新的错误修正过程，这次是bam2hints, 如下图：

依赖的bam2hints，不存在或者没有指定正确的路径，后面还会发现缺少一个工

具filterBam，都是来自bamtools,那么安装 bamtools，先把bam2hints和filterBam一块解决了：

下载地址 https://github.com/pezmaster31/bamtoolscd bamtools
解压
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX= /public/home/myname/software/bamtools-2.5.2
make
echo 'PATH=$PATH:/public/home/myname/software/bamtools-2.5.2/src/' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

安装完成后，开始对Augustus软件目录下auxprogs/bam2hints/里面的Makefile进行修改，安装下图红框里面，修改你安装的bamtools软件里面相应的目录，

同样，对/auxprogs/filterBam/src/目录下的Makefile进行修改,如下图，在BAMTOOLS和LIBS处分别指定bamtools的路径和libbamtools.a的路径:

再进行make编译，发现又报错了，如下图，没有找到bgzf.h这个文件，这个问题待会一块说咋解决，先看我解决这个问题后，又接着遇见的一个问题，下图：

报错信息：/usr/bin/ld: cannot find -lhts，在/usr/bin/ld目录下找不到lhts库文件，

汇总一下，都是没有找到需要的文件，解决办法就是找到auxprogs/bam2wig/目录下的Makefile文件进行修改，给它指定文件所在位置，具体咋改的我就不展示了，你了解了make编译过程就自然会解决了，make编译原理详见我的公众号文章Linux安装软件必学之一make编译。

再从新make编译一下，没有报错了，提示我的安装工作很有可能完成了，我去/bin/目录下看了一下，如下图，运行了几个软件，都没有问题。

网上有人还举例了一些依赖软件我并没有安装，比如bcftools、tabx，我检测了下我的环境中也没有，先不管人家咋回事了，等到具体用到的时候，我会写一篇使用及结果解读的教程，安装问题需要补充的话再去补充。