现在比较准确,比较流行的RNA二级结构预测软件就是Vienna RNA。
我也是在使用这个软件进行大规模数据的二级结构预测。
可是现在在网上找到的资料,很少有能够清楚地写明在linux本地大型机中怎么运行Vienna RNA的傻瓜教程,包括Vienna RNA webserver的官网,其说明也不是很详细。
在附件中,我给出了 Current Protocols in Bioinformatics这本书中,给出的详细运行方法,这一章叫做RNA Secondary Structure Analysis Using the Vienna RNA Package。
说得很基础,有更进一步应用需求的人可以在其官网上查阅详细用法。地址http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/