联合分析专题--动物篇（1）！！带你了解微生物多样性+代谢组联合分析在农学中的研究思路-动物篇

微生物多样性

16S rDNA是细菌基因组中编码核糖体RNA（rDNA）的DNA序列，不同种属细菌的16S rDNA序列之间存在一定的差异，可以用于检测和鉴定各种不同的致病菌，在微生物群落的系统进化与分类研究中也具有重要作用。

代谢组

代谢组学是生物体被扰动后（如基因改变或环境改变），通过对生物体内所有小分子代谢物进行定性定量分析，发现其代谢物种类/数量及其变化规律，并寻找代谢物与生理病理变化相对关系的科学。通过对比实验组和对照组的代谢产物来寻找有意义的差异代谢物。

联合分析

整合微生物多样性与代谢组学数据，可以揭示菌群与代谢物之间的相关性，筛选存在差异的关键菌株。

联合分析案例

下面分享三篇农学领域联合分析的文章（动物篇），供各位老师参考。

文章一

文章题目：16s+代谢组联合分析发现食粪行为可改善盲肠免疫微环境

发表期刊：Oxidative Medicine and Cellular Longevity

影响因子：7.31

使用技术：微生物多样性+代谢组

研究概述

食粪行为是动物以粪便为食包括以自己的粪便和其他动物的粪便为食，以满足自身营养需求。报道显示禁止食粪可导致体重减轻或生长迟缓，对于家兔这种具有食粪习性的动物而言，在软粪中含有大量的细菌蛋白质和营养物质，通过食用软粪可延长饲料通过消化道的时间，提高饲料的消化吸收效率，同时有助于维持消化道正常菌群，缓解营养性疾病。近年来，越来越多的研究报告表明，粪便对兔的生长发育和免疫调节具有重要意义。然而，在兔软粪便中起关键作用的微生物群和代谢物仍然未知。微生物组和代谢组的联合分析可以更好地识别关键的调控代谢途径，确定关键的微生物群，并解释生物生长发育、环境反应、生理状态和病理反应的分子机制。

本研究采用高通量测序技术和气相色谱-质谱仪（GC-MS）对伊普吕兔软硬粪便的盲肠内容物、微生物多样性、SCFAs和细胞因子进行分析。随后，通过对家兔的共粪性预防治疗，验证了软性粪便对盲肠免疫微环境的影响，筛选出在调节家兔生长发育和免疫功能中发挥重要作用的关键微生物群及其代谢物，证实了食粪行为不仅可以帮助家兔获得更多的益生菌和SCFAs，而且对改善盲肠免疫微环境具有重要作用。

技术路线

文章二

文章题目：辐照大理石牛肉中关键微生物和代谢物的特性研究

发表期刊：Meat Science

影响因子：5.209

使用技术：微生物多样性+代谢组

研究概述

高度大理石花纹牛肉的特点是大量肌内脂肪（IMF）的沉积。由于其高嫩度、风味特征、蛋白质含量、低胆固醇水平以及其丰富的营养价值，消费者对这种牛肉的需求量很大。然而，富含IMF的大理石牛肉产品由于微生物污染而容易变质，这对消费者健康构成重大威胁，进而可能对商业企业造成重大经济损失。深入了解辐照大理石牛肉中微生物和代谢物的变化有助于阐明辐照对延长肉类保质期的有益影响。

本研究发现，关键细菌与代谢物之间存在显著的相关性。肉芽孢杆菌、乳酸菌和白葡萄珠菌通过影响氨基酸和脂质代谢影响辐照大理石牛肉核心代谢物的积累。对微生物群和代谢物的表征，以及了解它们之间的相关性，有助于更好地理解辐照有助于维持肉质的机制。

技术路线

文章三

文章题目：尿液代谢组学和微生物多样性联合分析揭示了圈养大熊猫自然交配行为下降的生理机制

发表期刊：Frontiers In Microbiology

影响因子：6.064

测序技术：微生物多样性+代谢组

研究概述

自然交配行为的下降是圈养大熊猫数量增长不良的主要原因。然而，其影响因素和潜在机制的数据尚不清楚。据推测，自然交配行为的下降可能与圈养造成的心理压力有关，圈养压力限制了它们对配偶的自由选择。为了验证这一假设，作者采用超高效液相色谱-质谱（UHPLC/-MS）结合16S rDNA测序技术进行尿液代谢组学和微生物组学分析，探索圈养大熊猫自然交配行为下降的生理机制。结果表明，交配能力的下降可能与精氨酸生物合成、神经递质合成的异常有关。此外，在自然交配行为较低的类群中，厚壁菌门、变形菌门、放线菌门以及不动杆菌、魏氏菌和假单胞菌属的细菌相对丰度显著降低。这些发现有助于了解圈养大熊猫的环境诱导配偶选择机制，并且作者基于这些发现提出了基于尿液微生物确定大熊猫性欲的新策略，该方法对提高圈养大熊猫的自然繁殖成功率具有重要意义。

技术路线