Gephi绘制网络图初步探索

1. Gephi 基本功能简介

近期因为要绘制特效基因网络图，所以开始学习Gephi， Gephi是一款功能很强大的网络绘制软件，对于网络可视化很有效，可在官网下载： https://gephi.org/users/download/
自己之前主要是使用cytoscape绘网络，这两款软件可以说是各有特点，但是这篇笔记只讲Gephi，以后再总结cytoscape的使用

1.1 数据输入格式

Gephi软件的数据输入需要准备两份： (1) 边(edges)关系表格 (2) 点(node)表格

• 边关系表格
  边关系表格的格式如下，前两列列名必需为 source, target ， 第三列开始可以是其它的列值，我这里是Pearson系数，表征边关系的强弱
  
• 点表格
  点表格的第一列 id 是必需的，另外自己可以添加 label 列（点标签） 和 class 点集的分类（后续可根据分类为不同组的节点绘制不同颜色，同一组内的节点绘制同一种颜色）
  

1.2 Gephi界面初探

下载好JDK8,然后安装上Gephi， 打开Gephi就会出现以下界面：

我下载的时Gephi 0.9.2版本，此版本既有英文又有中文，图中的界面分为三块：

• 最左边上面的一列是外观(appearance)，我们可以在这里设置节点和边的颜色，大小等等属性
• 最左边下面的一列是布局(layout), 我们可以在这里设置整体网络的结构，可以是circular 等等
• 第二列中间最大的画面，写了一个 图 ， 这里就是我们修改网络时的展示界面
• 最右边的一列，右上角的 上下文(context) 主要就是网络的一些基本属性，例如网络的节点数目，边数目
• 最右边下面的那一列，过滤 用于过滤网络中的满足某些条件的节点和边， 统计用于表述网络属性，例如网络平均度，图密度，网络直径等等

1.3 数据导入

我先导入边文件，点击 文件 -> 打开

图的类型可以选择 混合的，有向图， 无向图
注意 当我们导入了边关系的表格之后， 再次导入点关系的表格时， 要选择 Append to existing workspace， 这样我们导入的边和点，就在同一个工作空间内了

2. 设置节点的属性

2.1 设置节点颜色

导入数据之后，外观这里会有如下界面显示，我们分别选择 节点 或者 边 就可以分别设置节点和边的属性(颜色，大小等等)。 点击调色盘图像可以设置颜色，调色盘旁边的同心圆可以设置节点大小（边没有这个设置) ， A一个下划线的图标 用于设置标签颜色， TT用于设置标签大小

• 统一的(unique) 指的是，对所有的节点实施同一种颜色设置
• partition 这里可以根据我们对节点的分类，对不同的分类中的节点上色，我之前导入的数据中有为每个节点标注了所属的class类(subnet1, subnet2, subnet3, subnet4 …)， 因此我点击之前我设置的class就会弹出 不同class的颜色配置
  
  选择class
  
  Gephi提供调色板，我们可以用调色板生成不同的颜色 ( 点击调色盘 - > 生成 )，会出现以下反转调色盘的界面，我点击Blue Ocean， 生成8种蓝色渐变色，再次点击确认，我们就为自己的不同分类的节点画上了渐变蓝色
  

2.2 设置节点大小

点击 节点 -> 第二个同心圆 - > Ranking -> 渲染方式选择 度 (这样它就会根据度的数目来设置节点的大小，如果一个节点的度数越多，那么它就越大，反之它就越小) 这里我选择最小尺寸20，最大尺寸50

2.3 设置布局

Gephi提供多种布局算法，也可以自己下载插件扩充布局样式( 工具 -> 插件 )，关于布局设置可以详见： https://gephi.org/tutorials/gephi-tutorial-layouts.pdf
我选择 Fruchterman Reingold 布局，点击运行，等网络稳定之后点击停止

可以看到咱们的网络已经初具雏形了

2.4 关于边的属性

我们的边也可以设置颜色，默认情况下，如果我们为节点分了类标注了不同的颜色，那么我们和节点直接相连的那些边的颜色是和源节点一样的。我们也可以为所有的边设置同样的颜色(点击统一的 unique 即可)， 也可以根据class分类为不同分类下的边设置不同的颜色(点击Partition -> 自己设置好的分类的那一列即可)。 边的粗细可以在预览(preview)里面更改。

3. 图的设置

我们中间最大的这个图的工作界面也有很多小的工具可以使用

最常用的就是：

• 左边那一列中类似于手的那个按钮：我们可以用来拖动图中的节点
• 左边那一列中小钢笔的按钮： 可以为我们的节点着色
• 下面那一行中的第一个小灯泡按钮，可以更改我们画布的背景色，这里我们颜色更改为黑色
  
• T字加粗的那个按钮，可以显示我们节点的标签
  另外还有标签字的粗细大小调整，这个就不详述了, 大家可以自己点击看看

4. 预览（preview）

图片在概览(overview)中绘制好后，我们就转到预览（Preview），来为图片最后的输出做一些调整和准备

点击预览按钮后，我们转到了预览界面， 此时一定要首先点击 刷新 按钮，否则预览画布中不会自动加载我们overview中的图。 在预览界面中 对网络做了调整之后，也一定要点击 刷新 按钮 才能使我们在预览中的更改生效。
现在我把预览中的背景变黑，并且调整节点的透明度为50，点击刷新

大功告成！ 此时还可以调整边的厚度(bold) 来更改边的粗细，我设置边的厚度为2，可以看到边确实边厚了

5. 导出

在Gephi中绘制好网络图后，点击 文件 -> 输出 选项这里可以设置我们输出文件的大小

注意 在输出这里Gephi有一个较大的bug, 那就是如果我们图中的数据节点较多，那么它可能在输出 PDF 和 SVG的时候 就只有边，而不导出节点，类似于下面这样

我查阅了一些Bug解决方案，但是对我的电脑没用，所以我直接通过设置选项中PNG图片的像素大小，来获取高分辨率的网络图了，虽然我的电脑不能解决，但是bug方案可能对别人的电脑有价值，所以也贴出来供大家参考：

• https://github.com/gephi/gephi/issues/1760 Nodes not exported to PDF
• https://github.com/gephi/gephi/issues/1759 Nodes not exported to PDF
• http://forum-gephi.org/viewtopic.php?t=6254 Nodes not exported to PDF
• https://github.com/gephi/gephi-plugins/pull/161 Nodes not exported to PDF

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6. 参考链接

• https://yulab-smu.github.io/clusterProfiler-book/chapter12.html#browsekegg clusterProfiler
• https://www.jianshu.com/p/86145943695a Gephi
• https://zhuanlan.zhihu.com/p/26718634 Gephi
• http://wencke.github.io/ GOplot
• https://mp.weixin.qq.com/s/Flibu9DFjUUmOM_FctPeSQ 桑基图
• https://gephi.org/tutorials/gephi-tutorial-layouts.pdf Gephi layout tutorial