bedtools 批量提取snp前后1000bp片段

最新推荐文章于 2023-10-11 11:54:54 发布
最新推荐文章于 2023-10-11 11:54:54 发布
阅读量1.5k 收藏 5
点赞数
文章标签： python java android
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/wt141643/article/details/116297080
版权
本文介绍如何利用bedtools从SNP位置提取其前后1000bp的DNA序列。首先需要一个包含SNP染色体、位置信息的.txt文件，然后通过bedtools命令生成sig_sequence文件。
摘要由CSDN通过智能技术生成

准备条件
1 知晓snp位置，位于第 x 条染色体上 12345678 bp
2 生成 .txt 文件，文件格式如下

txt 文件格式

第一列表示 snp 染色体位置
第二列表示 snp 前 500 bp 位置
第三列表示 snp 后 500 bp 位置
要使用 tab 制表符分开
将文件命名(这里命名为sigpointforsequence.txt)
执行下面命令

bedtools getfasta -fi $GENOME(基因组绝对路径) -bed sigpointforsequence.txt -fo sig_sequence

得到 sig_sequence 文件如下

wt12138
关注
根据SNP的位置从基因组提取上下游序列
weixin_30586257的博客
09-04 2445
代码如下： #!/usr/bin/perl -w use strict; die "perl $0 <vcf> <genome>" if(@ARGV == 0); #Author:yueyao@genomics.cn my $vcf=shift; my $genome=shift; my%hash; my $id;...
linux批量筛选序列变异位点,找变异流程之snp_call –WES学习之路
weixin_32374723的博客
05-13 2489
参考了许多WES的流程之后，终于学会了几个找变异软件的使用，记在这里备忘一下。学习不可囫囵吞枣，我还是把软件的各个参数理解下，也充实下内容，避免只有代码的尴尬。1、找变异的前处理这里主要是对bam文件进行排序，不知道用samtools和picard的差别在哪，但是，02样本用picard会报错的。对 mapping 得到的 bam 文件做完 Fix Mate Information、Sort 和 ...
Extract-Flanking:R脚本，用于提取SNP位置上下游的侧翼序列
03-13
Extract-Flanking:R脚本，用于提取SNP位置上下游的侧翼序列
perl应用：SNP的提取（2）：从对比序列中找到SNP位点并输出 a.pl
GRC
11-21 7972
我们从第一步中得到的是一个如下的文件： ##maf version=1 scoring=lastz.v1.02.00 # lastz.v1.02.00 --ambiguous=iupac --notransition --step=20 --nogapped --format=maf # # hsp_threshold = 3000 # gapped_threshold =
批量解压tar文件_批量提取基因上下游指定范围内的SNP标记
weixin_42334285的博客
12-23 208
我们在研究过程中，经常需要提取基因附近指定范围内的SNP标记进行下一步的分析验证，如果用Excel一个一个去根据位置筛选会非常麻烦，所以小编写了一个小工具，帮助大家批量提取基因上下游指定范围内的SNP标记。使用工具前，我们需要先安装bedtools。## 下载bedtools wget -c https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/...
利用python处理dna序列_利用Python编程提取基因组基因序列
weixin_39895167的博客
11-30 2868
生物技术。DOI：10.16660/j.cnki.1674-098X.2019.11.141利用Python编程提取基因组基因序列①庞雪原 张婷婷(东北农业大学生命科学学院 黑龙江哈尔滨 150036)摘要：当前分子细胞类中小型实验室缺乏生物信息或编程背景研究员，无法对基因组进行大数据挖掘。本文从生物信息学角度将Python编程应用于生命科学领域，利用循环遍历算法，和Python特有的字典...
寻找与疾病相关的SNP位点——R语言从SNPedia批量提取搜索数据
weixin_34269583的博客
03-08 940
   SNP是单核苷酸多态性，人的基因是相似的，有些位点上存在差异，这种某个位点的核苷酸差异就做单核苷酸多态性，它影响着生物的性状，影响着对某些疾病的易感性。SNPedia是一个SNP调査百科，它引用各种已经发布的文章，或者数据库信息对SNP位点进行描述，共享着人类基因组变异的信息。我们可以搜索某个SNP位点来寻找与之相关的信息，也可以根据相关疾病，症状来寻找相关的SNP。 初次使用SNPedia...
5、提取snp indel 位点
05-19
提取SNP和INDEL位点可以使用一些生物信息学工具。以下是几种常见的工具： 1. GATK（Genome Analysis Toolkit）：GATK是一款广泛使用的SNP和INDEL检测工具，它可以在多个样本中识别变异位点，并提供高质量的变异位点...
利用Python解决生物问题-根据指定基因ID提取序列
qq_44520665的博客
07-07 3669
根据指定id提取序列信息
python 基因序列提取_利用biopython批量下载基因序列
weixin_39966225的博客
12-10 1309
构建自己需要的blast库,需要下载所有自己需要的基因。利用biopython可以快速完成。1.首先，利用 “org.Hs.eg.db” 将自己的基因symbol转成accession中的id1 library(org.Hs.eg.db)2 symbol=c("PDCD1","CD274","IL4","IL7")3 accession =mapIds(org.Hs.eg.db,keys=x,co...
python 基因序列提取_科学网—简单的Python脚本提取对应位置基因序列（fasta文件） - 王彬忠的博文...
weixin_39657249的博客
02-09 689
最近，用Python脚本提取，在基因号已知，位置已知条件下，相对应位置的基因序列时发现，这样很简单但是很实用的脚本，在网上却比较难找。而且，能被找到的脚本，相对于具有初级编程能力的人而言，有点难。本人写了相对于初学者同样很简单脚本分享给大家。首先，我将fa文件处理为单行(嫌麻烦，没有写成scaffold_x一行，序列一行的样子，如图三)，将下面的序列处理(图一)：(补充)经过：import ref...
GWAS数据分析流程—SNP、Indel注释
weixin_44482816的博客
09-28 4528
SNP和Indel注释的两种方法：annovar、snpeff 推荐使用annovar
Linux：bed文件制作，提取上下游150bp序列
最新发布
caopei0111的博客
10-11 717
bed文件，seqkit subseq，重命名
GWAS数据分析流程—SNP、Indel提取
weixin_44482816的博客
09-28 8658
1、测序质量评估 ## conda安装fastqc fastqc *.fq.gz 2、合并评估报告 ## conda安装multiqc (可能会要求安装latex,为生成PDF文件所需) multiqc . 3、数据过滤(重复、接头等) ## conda安装fastp（fastp也会生成过滤前后的质量报告，如果需要的话，需要对报告文件重命名） fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz 4、下载参.
提取参考基因组某个位置的碱基
热门推荐
whenfree的博客
12-27 1万+
引言 参考基因组是现代遗传学的基石，更是生物信息学研究的基础。不论你研究的是DNA、RNA，还是蛋白，你都无法避开参考基因组而进行你的研究。在生物信息分析过程中，参考基因组最常用的一个场景就是序列比对---将测序的read比对回参考基因组上。那么，如果我们想知道参考基因组某个位置或者某个区域的碱基序列，我们应该如何快速的解决这个问题呢？本文将介绍三种解决方案。 参考基因组格式 参考基因组通常...
ped文件转bed文件【牛基因组信息】
Jasmine_X_C的博客
03-03 585
因此，你可以在命令行中添加--chr-set30来定义常染色体编号为1-29，X染色体为30，线粒体染色体为31。【代码2】plink --file snp--make-bed--out snp_bed --cow--chr 1-29,X,MT。【报错】plink --ped snp.ped --map snp.map --make-bed --outsnp_bed。【代码1】plink --file snp--make-bed--out snp_bed --cow--chr-set 30。
使用bedtools进行gwas基因注释
邓飞----育种数据分析之放飞自我
10-31 2932
软件github地址：https://github.com/arq5x/bedtools2/比较好的介绍文档：https://www.jieandze1314.com/post/cnposts/151/总的来说，bedtools实用工具是一把瑞士军刀，用于广泛的基因组学分析任务。最广泛使用的工具支持基因组算法：即基因组集合论。例如，bedtools允许人们以广泛使用的基因组文件格式（如BAM、BED、GFF/GTF、VCF）从多个文件中交叉、合并、计数、补充和混洗基因组间隔。
BED文件与bedtools简介
m0_70166478的博客
10-15 3050
python与生信
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值