bedtools 批量提取snp前后1000bp片段

最新推荐文章于 2023-10-11 11:54:54 发布
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本文介绍如何利用bedtools从SNP位置提取其前后1000bp的DNA序列。首先需要一个包含SNP染色体、位置信息的.txt文件，然后通过bedtools命令生成sig_sequence文件。
摘要由CSDN通过智能技术生成

准备条件
1 知晓snp位置，位于第 x 条染色体上 12345678 bp
2 生成 .txt 文件，文件格式如下

txt 文件格式

第一列表示 snp 染色体位置
第二列表示 snp 前 500 bp 位置
第三列表示 snp 后 500 bp 位置
要使用 tab 制表符分开
将文件命名(这里命名为sigpointforsequence.txt)
执行下面命令

bedtools getfasta -fi $GENOME(基因组绝对路径) -bed sigpointforsequence.txt -fo sig_sequence

得到 sig_sequence 文件如下

wt12138
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软件github地址：https://github.com/arq5x/bedtools2/比较好的介绍文档：https://www.jieandze1314.com/post/cnposts/151/总的来说，bedtools实用工具是一把瑞士军刀，用于广泛的基因组学分析任务。最广泛使用的工具支持基因组算法：即基因组集合论。例如，bedtools允许人们以广泛使用的基因组文件格式（如BAM、BED、GFF/GTF、VCF）从多个文件中交叉、合并、计数、补充和混洗基因组间隔。
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