freesurfer学习心得：一

最新推荐文章于 2024-05-31 10:53:38 发布
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分类专栏： 从头开始学核磁——从入门到放弃 文章标签： fMRI
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版权

系统 ubuntu 20.04LST
freesurfer version : 7.1.0
demo数据：tutorial_data.tar.gz
设置环境：export TUTORIAL_DATA=/home/clancy/Documents/tutorial_data
设置被试数据环境：export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/buckner_data/tutorial_subjs

开始练习。

freeview -v \
/Downloads/mri/T1.mgz

这是T1图像
在这里插入图片描述
这是brainmask图像
在这里插入图片描述
这是左半球的充气后的图像
在这里插入图片描述

clancy_wu
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Freesurfer是用于MRI图像处理和分析的一款开源软件，可以进行多种模态数据的预处理、皮层重建、volume与surface的互相 之间的配准等。Freesurfer许多功能都可以利用软件包中集成好的pipeline来实现，可以参考官网进行了解，也可以调用一些单独的命令来实现自己的需求，比如查看.mgz/.nii.gz等格式文件的信息时用到的mri_info等。具体介...
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Freesurfer学习笔记——Segmentations3.6
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FreeSurfer_Cortex_AutoQC:针对MRI的皮层分割的特定区域自动质量保证
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FreeSurfer Cortex AutoQC 针对MRI的皮层分割的特定区域自动质量保证 我们利用FreeSurfer（5.3版）处理的12000 T1体积的大型数据库来训练机器学习模型，以将每个皮层区域准确地标记为“通过”或“失败”。 我们使用此工具促进了解剖学上更准确的大规模多站点研究。 该工具提供了灵活性，可以预测每个感兴趣区域（ROI）左右叶的标签，或者根据每个ROI双边组合，从而形成单个标签。 对于Desikan-Killiany地图集的每个分隔区域，提取了所有可用的皮质测量值。 这组包括区域量度，包括体积（grayvol），表面积（surfavg），厚度（thickstd和thickavg），顶点数量（numvert）以及曲率量度，例如折叠指数（foldind），固有曲率指数（curvind），积分校正的高斯曲率（gauscurv），平均曲率指数（meancurv）以及
2022.5.27 Freesurfer入门练习：Recon All Parallel
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2022.5.27 Freesurfer入门练习：Recon All Parallel 参考资料：https://andysbrainbook.readthedocs.io/en/latest/FreeSurfer/FS_ShortCourse/FS_04_ReconAllParallel.html Because in the previous part, it take so many times to run a recon-all command, so use the parallel to ru
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FreeSurfer是一个软件包，用于分析和可视化来自横截面和纵向研究的神经影像数据。 它是由开发的。 FreeSurfer提供了用于结构和功能MRI的完整处理流，并包括用于线性和非线性配准，皮质和皮质下分割，皮质表面重建，...
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欧拉公式求长期率的matlab代码Freesurfer recon-all BIDS应用程序 描述 该应用程序使用Freesurfer实现表面重建。 它分别为每个主题重建表面，然后创建研究专用的模板。 如果有多个会话，则除非有指示将跨会话的数据...
ubuntu12.04下安装freesurfer文件 libXss.so.1.0.0；libjpeg.so.8.0.2
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ubuntu12.04下安装freesurfer必备来两个安装文件 ##**这里必须要说明一点，linux下的权限控制是非常严格的，基本上你放进usr/local 里的软件你没有权利在里边进行任何写的操作，所以建议把usr/local下边的freesurfer文件夹拷贝到home目录下面，这个目录下可以各种操作，其实freesurfer官方是建议安装到usr/local下的，但是我吃亏了。。。所以建议非linux大神，还是省事一些，放在home下边，跟desktop并列的目录下。然后你需要将 /etc/profile 中最后添加的那一行位置信息做相应的更改。log out**
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FreeSurfer的安装教程，如果有问题，欢迎留言，一定全力解决
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此构建上下文将创建一个构建到 的映像，该映像可以在 内或本地执行 Freesurfer 的 recon recon-all ( v6.0.1 )。 您必须阅读并同意许可协议和 。 获得许可证后，您可以在构建容器之前编辑manifest.json文件以包含...
Ubuntu系统下freesurfer的安装
ITman233的博客
10-02 1235
找到适合自己系统的版本，我下载的是tar.gz文件，其他的文件应该只是压缩方式不同。====================注册=======================================配置======================================下载===================（.bashrc文件是隐藏文件，可以在图形界面中显示隐藏文件，双击进入修改；找到主目录下的.bashrc文件，打开它，把下面的代码添加到文件末尾。有其他报错的话，应该都是这样处理。
平台搭建2：ubuntu12.04下安装freesurfer
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ubuntu12.04下安装freesurfer什么是freesurferFreeSurfer是美国MIT Health Sciences&Technology和Massachusetts General Hospital共同开发的磁共振数据处理软件。该软件是一款用于分析脑神经数据的工具集合，它提供了一系列的算法来量化人脑的功能、连接以及结构属性，能对高分辨率的磁共振图像进行三维重建，生成展平或胀平
Freesurfer安装使用+可视化
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FreeSurfer的安装 FreeSurfer只能在linux系统中进行安装 安装在自己的虚拟环境里面即可： （1）将压缩包放在/home/*/application/里面（自己建的） （2）运行命令 解压压缩包 当前路径：sudo tar -zxvf freesurfer安装包文件名 （3）改变freesurfer的文件权限：sudo chmod -R 777 ./freesurfer （4）配置全局环境变量：sudo gedit /etc/profile export FREESURFER_HO.
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freesurfer全过程梳理
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free surfer这一软件要解决的问题是，在3D体素空间，有些体素同时包含了两个或者两个以上的成分。例如同时包含灰质和白质，我们无法确定哪一个成分的贡献更大。为了解决这一问题，freesurfer采取的解决方案是将3D空间转化为2D表面积空间，划分灰质和白质的边界。freesurfer的核心命令是recon-all，今天我们来详细了解一下这一命令实现了哪些操作-----recon-all是一个重建表面积的过程，包含了freesurfer的全部预处理过程。
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07-25 2344
因一些原因需要学习FreeSurfer,然而教程比较少有些难懂,看了一段时间觉得可能要钻钻牛角尖才可以完成学习,所以开始记笔记(基本上是逐字逐句的读tutorial),如果有错误欢迎指正
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