cellranger使用的初步探索:cellranger aggr(实验日记day4)

Recordarse1126

已于 2023-11-09 14:52:58 修改

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文章标签： linux 运维服务器

于 2023-11-09 14:46:12 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/Recordarse/article/details/134308863

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cellranger aggr --id=aggr \--csv=/home/yulab1/XiaoDi/miniconda/libraries.csv \--normalize=mapped

错误显示：[error] Pipestance failed. Error log at:

aggr/SC_RNA_AGGREGATOR_CS/PARSE_AGGR_CSV/fork0/chnk0-u62e24c59ca/_errors

Log message:

The column at position 3 of the CSV file "/home/yulab1/XiaoDi/miniconda/libraries.csv" is empty, which is not allowed.

解决方案：多了一个空白列，可以cat一下，发现有空白列，删除空白列运行以上代码即可成功

参考链接：

cellranger使用的初步探索（3）cellranger aggr - 简书 (jianshu.com)

Why do I have an error "Sequence and quality not separated by +" while running 10x Genomics Cloud Analysis? – 10X Genomics

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