Pymol 常用指令：mutation in Pymol

最近想尝试突变是否会改变蛋白质结构，想起来之前安装的Pymol有蛋白质可视化功能，所以小小记录一下。

tips: Pymol的fetch +ID只能可视化在RCSB PDB中有3D 结构的蛋白质。

OK，介绍 1b27蛋白质第73个残基由E变成W的过程

1. fetch 1b27

右下角S，出现序列

2. 找到73氨基酸E;  点show->stick; 点Color->red标红；可以看到该氨基酸E在Pymol被标记成红色而且可以显示侧链：

转一下：

3. 点Wizard->Mutagenesis->protein;

4. 点 右侧NO-MUTATION, 选择色氨酸 Trp W；Pick-#73 Glu, Color->yellow, 可以看到黄色是点突变以后Trp, 红色是原来的Glu. 点击Apply保存就只剩下黄色的Trp了。

5.现在我想放大查看

摁住鼠标右键，向左滑，然后左键调整角度

OK 看到了~

可以看到，做完点突变后，周围残基并没有发生构象上的变化，意味着pymol不会自动做能量最小化处理。

参考文档：

教程：Pymol, Chimera预测点突变蛋白结构 纽普生物