circos 学习手册（十四）

刻度线、网格以及标签(二)

2. 刻度线 —— margins

如果你绘制的刻度线比较密集，那么你画出来的图像中刻度线可能会重叠在一起，并且刻度标签也可能发生重叠

为了解决这个问题，你可以在相邻的刻度之间设置很小的间隔

2.1 最小刻度线间隔

tick_separation 参数控制两个刻度之间的最小距离，这个参数只能应用在刻度线，无法在标签中设置，标签有其自己的参数可以设置

<ticks>
  # 应用于所有刻度
  tick_separation = 3p
  ...

  <tick>
  # 特定分组的最小刻度间距
  tick_separation = 2p
    ...
  </tick>
  ...
</ticks>

这个参数主要用于在缩放图像时自动调整刻度

因为 circos 支持局部调整大小，该参数被用于自动显示或隐藏刻度，该值应该始终保持在 2-3 个像素，保证你的刻度线不会乱串

注意：刻度线间隔只会在每个 <tick> 块内部检查是否重叠，而不会在 <tick> 块之间检查

刻度线厚度对刻度间距没有影响，刻度之间的距离是根据位置计算的

来看一个例子

chromosomes_units           = 1000000
chromosomes_display_default = no
chromosomes                 = hs1;hs2;hs3:0-100;
chromosomes_scale  = hs1:0.5;hs2:1;hs3:6.5

<ticks>
radius               = dims(ideogram,radius_outer)
multiplier           = 1e-6

label_offset   = 5p
thickness      = 4p
size           = 20p
# ticks must be separated by 10 pixels in order to be displayed
tick_separation      = 15p

<tick>
spacing        = 0.25u
color          = red
show_label     = no
label_size     = 12p
format         = %.2f
</tick>

<tick>
spacing        = 0.5u
color          = blue
show_label     = no
label_size     = 12p
format         = %.2f
</tick>

<tick>
spacing        = 1u
color          = green
show_label     = no
label_size     = 12p
format         = %.2f
</tick>

<tick>
spacing        = 5u
color          = black
show_label     = yes
label_size     = 20p
format         = %d
</tick>

<tick>
spacing        = 10u
color          = black
show_label     = yes
label_size     = 24p
format         = %d
</tick>

</ticks>

image.png

在这个例子中，绘制了 3 条染色体，根据放大倍数的不同，由于某些位置的刻度间隔接近 tick_separation 参数值而被压缩了

0.25u 和 0.5u 刻度线没有出现在 hs1，0.25u 的刻度线没有出现在 hs2

image.png

在这张图中，我们只绘制了 1 号染色体，并将 100-110Mb 区域放大 10 倍

因此刻度线的间距所表示的距离相应的减小了 10 倍，所以，原先看不出来的红色刻度线也全部显示出来了

2.2 ideogram 边缘的最小刻度

想要压缩染色体边缘的刻度，可以使用 min_distance_to_edge 参数

该参数既可以在 <ticks> 块中设置全局间距，也可以在 <tick> 块中设置局部间距

<ticks>
min_distance_to_edge = 10p
...
<tick>
min_distance_to_edge = 5p
...
</tick>
...
</ticks>

3. 刻度线 —— label margins

与刻度线类似，可以调整刻度标签之间的间距，增加可读性

如果没有绘制刻度线，那么相应的刻度标签也不会被绘制，因此，压缩刻度线也就压缩了刻度标签

使用 label_separation 参数控制标签分隔，该参数与 tick_separation 类似，不会绘制与另一个标签之间距离小于此距离的标签

<ticks>

  tick_separation  = 2p
  label_separation = 5p
  ...

  <tick>
  tick_separation  = 5p
  label_separation = 10p
    ...
  </tick>

  ...

</ticks>

标签与刻度线边距的机制是一样的，这里不再赘述

如果要关闭重叠检查，可以将其设置为 0

3.1 染色体边缘的最小标签距离

使用 min_label_distance_to_edge 参数控制，与刻度线参数 min_distance_to_edge 一样

3.2 压缩分组中第一和最后一个刻度

使用 skip_first_label 和 skip_last_label 参数

<ticks>
skip_first_label = yes
skip_last_label  = yes
...
<tick>
skip_first_label = no
...
</tick>
...
</ticks>

该参数的目的是减少染色体边缘附近的标签混乱

作用与 min_label_distance_to_edge 类似

chromosomes_units           = 1000000
chromosomes_display_default = no
chromosomes        = hs1;hs2;hs3:0-100;hs4:100-150
chromosomes_scale  = hs1:0.5;hs2:1;hs3:4;hs4:8

image.png

4. 刻度线 —— offsets

刻度及其标签的径向位置可以通过 offsets 参数控制

4.1 刻度线偏移

偏移参数 offsets 可以在 <ticks> 和 <tick> 块内设置

其单位可以是像素点 p，或相对值 r(相对于 ideogram 的厚度)

该参数可以同时应用于刻度及其标签，只移动刻度不移动标签那不是乱套了吗

<ticks>
...
offset = 2p
...
  <tick>
  offset = 1p
  ...
  </tick>
</ticks>

4.2 刻度标签偏移

设置了刻度的偏移就是同时设置了标签的偏移，但是标签有其独立的偏移参数 label_offset，设置该值并不会影响刻度线

其相对值为相对于刻度的大小

<ticks>
...
label_offset = 0.4r
...
  <tick>
  label_offset = 2p
  ...
  </tick>
</ticks>

下面的例子，设置偏移为 0

offset               = 0p

image.png

5. 网格(grids)

你可以对任何刻度添加径向网格，网格将会绘制在高亮的最上层，其他数据的后面

网格的径向起始和终止位置可以在 <ticks> 和 <tick> 块内设置

show_grid  = yes

<ticks>

 grid_start     = 0.5r
 grid_end       = 0.975r
 grid_color     = black
 grid_thickness = 2p
 ...
 <tick>
  spacing = 1u
  ...
  grid           = yes
  grid_color     = grey
  grid_thickness = 1
  grid_start     = 0.55r
  grid_end       = 0.95r
 </tick>
 <tick>
  spacing = 5u
  ...
  grid           = yes
  grid_color     = dgrey
  grid_thickness = 2
  grid_start     = 0.6r
  grid_end       = 0.925r
 </tick>
 <tick>
  spacing = 10u
  ...
  grid           = yes
  grid_color     = black
  grid_thickness = 2
 </tick>
</ticks>

图片长这样

image.png