Chemical Space Docking | 定义下一代虚拟筛选技术

传统基于结构的虚拟筛选会遍历化合物库中的所有分子，当化合物库较少时，自然是没有问题。但是，随着化合物库越来越大，发展到了化学空间（即超大规模化合物库），如 BioSolveIT 和 Enamine 联合打造的 Real Space 目前就达到了 230 亿的级别[3]，那现有的计算资源就彻底无法满足需求了。

为了适应化学空间的发展，化学空间对接应运而生。要理解这个概念，我们先回到九十年代初期，那是一个知识迸发的时代，前后诞生了多种对接算法，其中就有一种基于片段生长的对接算法 - FlexX。

FlexX 的基本原理是将化合物切割成不同的片段，将不同的片段放置在结合口袋中，最后将片段连接起来形成完整的分子。后来，FlexX 也成为高通量虚拟筛选的首要选择。

可随着化合物库的逐渐增大，从早期辉瑞的10的12次方到目前葛兰素史克的10的26次方，基于 FlexX 的筛选方法已经无法满足。因为归根到底 FlexX 会将每一个化合物切割成片段，然后在口袋进行片段生长构建完整的化合物，最后遍历化合物库的每一个分子。

但是，当化合物库进化成化学空间时，一切就不同了。因为基于组合化学方式构建的化合空间，都是由一些基本的构建块通过化学规则连接而成。高达两百多亿的化合空间，其实际的构建块可能就仅仅只有十万多个（如 Real Space）。

我们可以简单的将化学空间对接中的构建块理解成 FlexX 中