SummarizedExperiment 对象访问、操作和转换

 SummarizedExperiment object

SummarizedExperiment for Coordinating Experimental Assays, Samples, and Regions of Interest

SummarizedExperiment 对象能够存储多个样本的观测值，同时存储用于描述观测值和样本的元数据（metadata）。SummarizedExperiment 能够紧密结合样本，观测值与对应的metadata，比如，如果在分析中删除了某个样本，则可同步删除与这个样本相关metadata。

SummarizedExperiment 对象

SummarizedExperiment 对象本身是一个 gene x sample matrix，这个 gene x sample matrix 储存在 assay中，同时在这个矩阵的基础上增加了对 gene 的注释信息 和 对 sample 的注释信息，也就是两个 metadata matrix。在这个gene x sample 矩阵中，行为 features name，例如：基因名、基因ID、SNP位点等，行的metadata为 DataFrame 对象，可以通过 rowData() 命令访问； 在这个DataFrame 对象中，行为基因名，列为基因的相关的注释信息，例如转录起始位点、终止位点、染色体信息等。列为 samples，列的metadata中包含对样本的一系列表型信息，比如年龄、大小、性别等，可以通过 colData() 访问。需要注意的是一个SummarizedExperiment 对象是允许同时包含多个 gene x sample matrix 的，也就是多个 assyas

SummarizedExperiment 对象还有一个子对象 - RangedSummarizedExperiment，两者的区别是，在 SummarizedExperiment 对象中，行的注释信息储存为 DataFrame 格式；而RangedSummarizedExperiment 中行的注释信息储存为 GRanges 格式，通过 rowRanges() 访问。

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用 ArchR 对 scATAC 数据分析，通过 getMarkerFeatures() 命令会得到一个对每个 peaks 分析后的统计信息，以该数据为例进行如下操作：

1. 访问 SummarizedExperiment 对象

marker_peaks_group <- getMarkerFeatures(
  ArchRProj = projHeme5, 
  useMatrix = "PeakMatrix", 
  groupBy = "predictedGroup",
  bias = c("TSSEnrichment", "log10(nFrags)"),
  testMethod = "wilcoxon"
)


# 1. SummarizedExperiment 对象，行为peaks，共49527个peaks；列为不同细胞类型，共27个
> marker_peaks_group
class: SummarizedExperiment 
dim: 495247 27 
metadata(2): MatchInfo Params
assays(7): Log2FC Mean ... AUC MeanBGD
rownames(495247): 1 2 ... 495246 495247
rowData names(4): seqnames idx start end
colnames(27): Adipocyte Chondrocyte 1 ... VSMC 1 VSMC 2
colData names(0)

# metadata: 分析使用的各种